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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000185

染色体: Chr02 坐标: 2336804-2337958 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000185
名称SmilChr02G000185
描述uncharacterized SmilChr02G000185
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向2336804 - 2337958 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012601
GeneID131012601
locus_tag-
NCBI NameLOC131012601
原始查询LOC131012601

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012601

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057796568.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796568.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796568.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057796568.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057796568.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:2337051 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 16 A10,B107,B132,B45,B5,B54,B77,B88,C14,C36,C53,C72,C9,D10,D11,D8
Chr2:2337065 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B103,C81
Chr2:2337084 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 5 A10,B132,B5,C53,D10
Chr2:2337084 GC G 1bp_deletion CDS_variant 5 A10,B132,B5,C53,D10
Chr2:2337097 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,C75,C81,C9
Chr2:2337126 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 21 A14,B100,B106,B138,B17,B61,B75,B81,B83,B93,C30,C32,C35,C41,C43,C51,C54,C68,C71,D3,D4
Chr2:2337132 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr2:2337136 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B102,B55,B57,B72,C13
Chr2:2337146 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 9 A7,B18,B86,C1,C26,C47,C75,C82,C86
Chr2:2337151 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B102,B55,B57,B72,C13
Chr2:2337177 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 6 A18,B122,B6,B88,C22,C67
Chr2:2337184 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B88,C14,C72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940585.1
TTAATCTTTATGTATTGAAATAAACGTAATTTCCATACTATGTGTTAATGCAATGTATTAACTATTTCCATGTCTATGTAGTTGATTCCAAAATCTTTTCATACACAATATGAAGATTACTTCAGCCAGAGCATGCAATTCAGATTCCTACCAAATCTAATTTTCTCTATAACCGTGGAGAAAATTCTCTTTGCCAATACGAACATGCTCATGTGGGCATTGACAAAAGGGGTTCAAACGTGTGTTGAAAAATTGAAGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012601
ATGCAGCAAATGAAGCATTTCAGCAACCACCCTGACTTCCAAATACCTCACTCACCGATGTATGCATATCCTGAAGCACCACCACACCAGCCAGCGGCTCCAACAGAACTCCAGCAAGCACCTGCAGCAGAACCTCAGCCAGCAGTTGAACCAAATAAAAATCTGGTAATTCGGTTCAAACATAATAAGAGCACAGACTACAAAGTGTCAATGCGCCAAGCTTTCCATGACGCATACTTGTATGGGAGACACGAAGCACG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796568.1
MQQMKHFSNHPDFQIPHSPMYAYPEAPPHQPAAPTELQQAPAAEPQPAVEPNKNLVIRFKHNKSTDYKVSMRQAFHDAYLYGRHEARVQYEGEEQIWSVEVGLRREWSPIIELKTGWKEFVRASPFVKGLNYKGIFDAQNDVILFQEDV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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