Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000209`

染色体: Chr02 坐标: 2743985-2745712 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000209`
名称	SmilChr02G000209
描述	uncharacterized SmilChr02G000209
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	2743985 - 2745712 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012616`
GeneID	`131012616`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012616`
原始查询	`LOC131012616`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DNA repair metallo-beta-lactamase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839631]; symbol=AT1G27410; hit=AT1G27410; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	DNA repair metallo-beta-lactamase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839631]; symbol=AT1G27410; hit=AT1G27410; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT1G27410` (AT1G27410) DNA repair metallo-beta-lactamase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839631] identity=43.2; qcov=0.941; evalue=8.27e-39; confidence=medium
Rice	`-` -
GO	GO:0003684 (damaged DNA binding); GO:0006303 (double-strand break repair via nonhomologous end joining); GO:0031848 (protection from non-homologous end joining at telomere); GO:0035312 (5'-3' DNA exonuclease activity); GO:0036297 (interstrand cross-link repair)
KEGG	-
Pfam	PF07522 (DRMBL)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012616

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057796583.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057796583.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057796583.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057796583.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057796583.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:2744223`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	7	A16,A5,B15,B9,C1,C16,D3
`Chr2:2744244`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	148	A1,A10,A13,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A3,A5,A9,B1,B100,B101,B102,B106,B107,B109,B11,B110,B112,B113,B114,B115,B117,B12,B120,B125,B128,B13,B131,B134,B137,B138,B139,B15,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B24,B25,B26,B29,B30,B31,B32,B33,B38,B39,B4,B40,B41,B44,B45,B46,B47,B48,B49,B50,B51,B52,B55,B58,B60,B62,B63,B66,B67,B69,B7,B70,B72,B74,B78,B79,B80,B81,B82,B84,B85,B87,B9,B91,B94,B95,B99,C1,C12,C14,C15,C16,C17,C19,C20,C24,C25,C26,C27,C28,C3,C30,C31,C35,C36,C39,C4,C42,C45,C46,C47,C49,C5,C50,C53,C57,C58,C59,C60,C62,C63,C65,C7,C70,C71,C72,C76,C78,C79,C8,C82,C84,C85,C86,C87,D11,D2,D3,D4,D6,D7,D9
`Chr2:2744383`	`CCG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	53	A11,A15,A20,A22,A4,A8,B1,B105,B108,B115,B119,B12,B123,B125,B136,B14,B140,B24,B30,B33,B35,B42,B43,B56,B68,B7,B76,B78,B8,B90,B92,B96,C10,C2,C21,C23,C24,C28,C33,C38,C39,C40,C41,C44,C50,C57,C73,C77,C80,C81,C85,D10,D11
`Chr2:2744392`	`C`	`CCT`	2bp_insertion	frameshift_variant	53	A11,A15,A20,A22,A4,A8,B1,B105,B108,B115,B119,B12,B123,B125,B136,B14,B140,B24,B30,B33,B35,B42,B43,B56,B68,B7,B76,B78,B8,B90,B92,B96,C10,C2,C21,C23,C24,C28,C33,C38,C39,C40,C41,C44,C50,C57,C73,C77,C80,C81,C85,D10,D11
`Chr2:2744487`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B49
`Chr2:2744562`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C6
`Chr2:2744630`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A24,B40,B76,C78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796583.1

202 aa

101

202

DRMBL

PF07522 DRMBL 8-119 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057796583.1`	Pfam	`PF07522`	DRMBL	Domain	8	119	8.4e-11	42.7	DNA repair metallo-beta-lactamase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940600.1
CCCTCTGAAATATGATTCTAGTTTTTGTGGTTATTTTCGTTCCATTATGTAGTAGACTCGAACTGGCTATAGTACTCATGCTGCCTCTTACCGTAATCTTAGACAAGCTGTTCTGTTCATATAAGAAGTTCAAATGAGGAATCGACTACCGTGAAGATTTGTGGTTTTCTTGTTTTGTTTTGTGTTAAATGAGTACTAGAGGATGTTTCAATTTTCAACCTAGATTTTCACTCATTAATTCTTCAAGAAATGAAGGAAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012616
ATGCATCTCCTTGGATTTCACGAAAACTTCGCGACCCAGACTTCTATTACTAGAGTTCGTGCCGTCCCTCATTACAGTTTTAGCAGTGACACTCTTAAAGAGCTGAATGAATTCCGCGGCCCAACAATAGGTATTATGCCATCTGGCATGCCGTGGTCTGTGGCCCGGAAAGATGGAAATATGTCTGGCGGTTCTGCATCTCACGTAAAGAAAAAAGAGTGCAGCAGGAATACCGGAAGTTTGGGTGGTAATTTAGGAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057796583.1
MHLLGFHENFATQTSITRVRAVPHYSFSSDTLKELNEFRGPTIGIMPSGMPWSVARKDGNMSGGSASHVKKKECSRNTGSLGGNLGSVTKYYEVPYSTHSCYSEIQEFIELLRPVNIKGIVSSRSCCIDPRYYFGHLCGPEQALWRVQQKLDYEEGLRRAEVADIKPITECVIHVSRRKWKNDHIEFFGMRTQLVEEVEPWS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器