Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000225`

染色体: Chr02 坐标: 2940737-2943803 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000225`
名称	SmilChr02G000225
描述	uncharacterized SmilChr02G000225
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	2940737 - 2943803 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012633`
GeneID	`131012633`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012633`
原始查询	`LOC131012633`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03004 (Transposase_24); PF13952 (DUF4216)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012633

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057796599.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057796599.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057796599.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057796599.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057796599.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:2940878`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B40,C78,C87
`Chr2:2940937`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A16
`Chr2:2941711`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B133,B15,B33,C39
`Chr2:2941935`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B15,C45,D3
`Chr2:2942241`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B37,C16,C44,D8
`Chr2:2942295`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B21,B40,B76,C78,C87
`Chr2:2942302`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B37,C44,D8
`Chr2:2942305`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B117
`Chr2:2942464`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C32
`Chr2:2942550`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A8,B46,C74
`Chr2:2942566`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C68
`Chr2:2942586`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796599.1

355 aa

178

355

DUF4216

PF13952 DUF4216 197-270 aa

XP_057796600.1

353 aa

176

353

Transposase_24

PF03004 Transposase_24 146-281 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057796599.1`	Pfam	`PF13952`	DUF4216	Domain	197	270	8.7e-20	71.8	Domain of unknown function (DUF4216)
`XP_057796600.1`	Pfam	`PF03004`	Transposase_24	Family	146	281	5.5e-17	62.9	Plant transposase (Ptta/En/Spm family)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940616.1
TTGAAAAAAACTGTGAAAAATAAAGCCAAGGTAGAGGGATCAATGACAAATGCCTACCTTGTTGAAGAAGCCACTGCATTTTGTTCTTATTACTTCGAAGAACATGTAAGAACAAAGCAGCGGAACGTTCCTCGTAACTTTGCCGGTAGTTCATCATCAGGTGGTATGGAAGAACACCATGATACGTTGTTTGTTTTCAAGAATGTCGGTAGAGGGTTTGGAAAAAAGTCAACAAGATTTTTAAGCAAGGATGAGTATGA...

XM_057940617.1
AAAAACTGTGAAAAATAAAGCCAAGGTAGAGGGATCAATGACAAATGCCTACCTTGTTGAAGAAGCCACTGCATTTTGTTCTTATTACTTCGAAGAACATGTAAGAACAAAGCAGCGGAACGTTCCTCGTAACTTTGCCGGTAGTTCATCATCAGGTGGTATGGAAGAACACCATGATACGTTGTTTGTTTTCAAGAATGTCGGTAGAGGGTTTGGAAAAAAGTCAACAAGATTTTTAAGCAAGGATGAGTATGATGCTG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131012633
ATGACAAATGCCTACCTTGTTGAAGAAGCCACTGCATTTTGTTCTTATTACTTCGAAGAACATGTAAGAACAAAGCAGCGGAACGTTCCTCGTAACTTTGCCGGTAGTTCATCATCAGGTGGTATGGAAGAACACCATGATACGTTGTTTGTTTTCAAGAATGTCGGTAGAGGGTTTGGAAAAAAGTCAACAAGATTTTTAAGCAAGGATGAGTATGATGCTGCACATTTGTATGTCTTAAACAATTGTTCAGAGATAAC...

LOC131012633
ATGAGCACCCAGCCACTTGGTAGCACCTCTACTTCTAGTGATGAGATCCCACAGCAGCAGCCGCAGCAGCAGCCTGCATCGTCACATATCTCTCGGTCAGGCGAGAATATCACTGTTCTTCCTAATGGGAAGATTTTATGCACTTTAACTAATGGGATTTTACGACCAACCAATAAAATCCGGCGTTACACATCACATACTTTTCAAGCATACATAGAGGTCACCGGCACCTCATGGAAGGCGCTTACTGAAGACACGAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057796599.1
MTNAYLVEEATAFCSYYFEEHVRTKQRNVPRNFAGSSSSGGMEEHHDTLFVFKNVGRGFGKKSTRFLSKDEYDAAHLYVLNNCSEITEIYTRLFVDEINAKYPNISPNQLQIKLNKEFPDWFKLYVADPNNRVENSDLKSLSLKPFQRVTSFQGFYVNGFKFHTIEYGSKKSTYNSGLCVKGLELDYYGRLVEVVVLEYSGVPTKTITLFKCEWFDPRPSGTLVDRDFKLVSINQRRRYDNYEPFILSTQASQVFYCTYP...

XP_057796600.1
MSTQPLGSTSTSSDEIPQQQPQQQPASSHISRSGENITVLPNGKILCTLTNGILRPTNKIRRYTSHTFQAYIEVTGTSWKALTEDTIEVYFNRFVNAFEWDPSMYSREVIRTAWIRMARIAYKDFVSATKKLVLIEKKTPAYLKEHVETAWKAYWDLPEVKRISEQASKNRRSEPCGPGTGIAIHHGGSRSAIDHAEHLAREKNIPVDCAAYDTFLRIHRKEGLYTGIRSEAHAVEIESRIQDIQATQDRDPTPEEVHAI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器