当前解析结果
SmilChr02G000231| 统一新 Gene ID | SmilChr02G000231 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G000231 |
| 描述 | STOREKEEPER protein-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 2987045 - 2988294 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131012639 |
|---|---|
| GeneID | 131012639 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131012639 |
| 原始查询 | LOC131012639 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | STOREKEEPER protein-like |
| 产物 | STOREKEEPER protein-like |
| Arabidopsis | AT4G00270 (AT4G00270)DNA-binding storekeeper protein-related transcriptional regulator [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827164] identity=25.4; qcov=0.694; evalue=2.42e-18; confidence=low |
| Rice | Os09g0451700- identity=35; qcov=0.289; evalue=1.26e-17; confidence=weak |
| GO | GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04504 (GeBP-like_DBD) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131012639 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057796605.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057796605.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057796605.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057796605.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057796605.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:2987555 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C16,C30,C5 |
Chr2:2987649 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A4 |
Chr2:2987718 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C69 |
Chr2:2987759 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 3 | A4,B102,B73 |
Chr2:2987759 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 3 | A4,B102,B73 |
Chr2:2987827 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C69 |
Chr2:2987834 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C20,C9 |
Chr2:2987895 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 22 | A15,B101,B103,B105,B121,B30,B34,B65,B66,B77,B78,B86,C25,C31,C41,C51,C59,C60,C64,C66,D2,D6 |
Chr2:2987922 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B26,B54 |
Chr2:2987943 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B122,C53,C81 |
Chr2:2988023 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | C41 |
Chr2:2988023 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C41 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057796605.1PF04504
GeBP-like_DBD 147-237 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057796605.1 |
Pfam | PF04504 |
GeBP-like_DBD | Domain | 147 | 237 | 2.4e-28 | 99.4 | Glabrous-enhancer-binding protein-like family, DBD domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。