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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000231

染色体: Chr02 坐标: 2987045-2988294 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000231
名称SmilChr02G000231
描述STOREKEEPER protein-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向2987045 - 2988294 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012639
GeneID131012639
locus_tag-
NCBI NameLOC131012639
原始查询LOC131012639

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述STOREKEEPER protein-like
产物STOREKEEPER protein-like
ArabidopsisAT4G00270 (AT4G00270)
DNA-binding storekeeper protein-related transcriptional regulator [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827164]
identity=25.4; qcov=0.694; evalue=2.42e-18; confidence=low
RiceOs09g0451700
-
identity=35; qcov=0.289; evalue=1.26e-17; confidence=weak
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF04504 (GeBP-like_DBD)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012639

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057796605.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796605.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796605.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057796605.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057796605.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:2987555 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C16,C30,C5
Chr2:2987649 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A4
Chr2:2987718 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C69
Chr2:2987759 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 3 A4,B102,B73
Chr2:2987759 TC T 1bp_deletion CDS_variant 3 A4,B102,B73
Chr2:2987827 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C69
Chr2:2987834 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C20,C9
Chr2:2987895 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 22 A15,B101,B103,B105,B121,B30,B34,B65,B66,B77,B78,B86,C25,C31,C41,C51,C59,C60,C64,C66,D2,D6
Chr2:2987922 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,B54
Chr2:2987943 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B122,C53,C81
Chr2:2988023 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C41
Chr2:2988023 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796605.1
346 aa
N
1
173
346
GeBP-like_DBD
C
PF04504 GeBP-like_DBD 147-237 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796605.1 Pfam PF04504 GeBP-like_DBD Domain 147 237 2.4e-28 99.4 Glabrous-enhancer-binding protein-like family, DBD domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940622.1
ATATTTCAAACCCTACTCTCCATCTTCTCGCCTCATCACACACAGAGAGACTATGGCTCCCAAATCCTCCTTTCTCTCTCATCAGCCCTCCAAAGACGAAGACGAGAGAGAGGAATCATCCTCCGGTGAAGAAGAAGAAAAAGAAGACGAATCAGAGCCGCAATCTTCCTCCGACGACGAAACGGAGGCGGGCTCCTCCTCCGAGGAAGCCCCAAATCGACGAACCCTAGAAAGTCTCAATTCCCCAATATCAGCTGCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012639
ATGGCTCCCAAATCCTCCTTTCTCTCTCATCAGCCCTCCAAAGACGAAGACGAGAGAGAGGAATCATCCTCCGGTGAAGAAGAAGAAAAAGAAGACGAATCAGAGCCGCAATCTTCCTCCGACGACGAAACGGAGGCGGGCTCCTCCTCCGAGGAAGCCCCAAATCGACGAACCCTAGAAAGTCTCAATTCCCCAATATCAGCTGCCAAATCGGCCTCGCGAGGTAACAGATTGGATTCCGACGCCGATTCCGACGGCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796605.1
MAPKSSFLSHQPSKDEDEREESSSGEEEEKEDESEPQSSSDDETEAGSSSEEAPNRRTLESLNSPISAAKSASRGNRLDSDADSDGSPSNYMLQPIRKGSVSSSKRSRDEIQEDLLRSYKSSRIEEKKSPSTPAGGGGGGGGLGCINRLWSNEDEIAVLNGMIEFKTAKGFDPNADMGAFHSFIKGKLKVDFSRDQLRTKITRMKKRFLNALKKGADPVFSKPHEDTAFVLSKRIWGKSENAKKKVEKDVVDEREAVERE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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