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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000264

染色体: Chr02 坐标: 3422626-3423363 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000264
名称SmilChr02G000264
描述uncharacterized SmilChr02G000264
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向3422626 - 3423363 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012667
GeneID131012667
locus_tag-
NCBI NameLOC131012667
原始查询LOC131012667

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012667

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057796639.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057796639.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796639.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796639.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057796639.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:3422767 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 1 C46
Chr2:3422767 G GA 1bp_insertion CDS_variant 1 C46
Chr2:3422778 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 9 B113,B132,B61,B72,B8,B84,C3,C43,C47
Chr2:3422826 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B60,D7
Chr2:3422827 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 161 A1,A10,A11,A14,A15,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A25,A4,A8,A9,B1,B10,B102,B104,B105,B107,B109,B110,B112,B115,B118,B119,B12,B121,B122,B123,B125,B128,B131,B134,B135,B136,B137,B138,B140,B15,B16,B17,B19,B20,B21,B22,B23,B24,B26,B28,B29,B30,B32,B33,B35,B36,B38,B39,B4,B42,B43,B44,B45,B48,B49,B5,B51,B52,B53,B54,B56,B58,B60,B62,B64,B66,B67,B68,B69,B7,B71,B72,B73,B74,B75,B76,B77,B78,B79,B82,B84,B86,B88,B9,B90,B91,B92,B93,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C12,C13,C14,C15,C17,C18,C19,C2,C20,C22,C23,C25,C26,C27,C28,C3,C30,C31,C32,C35,C38,C40,C41,C42,C43,C44,C45,C48,C49,C50,C51,C53,C54,C55,C60,C61,C62,C63,C64,C66,C67,C68,C72,C74,C76,C77,C79,C8,C80,C85,C86,C87,D2,D3,D7
Chr2:3422828 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 60 A10,A11,A2,A21,A25,A4,B1,B102,B105,B109,B115,B123,B128,B137,B19,B20,B22,B24,B28,B30,B32,B33,B36,B38,B39,B42,B43,B52,B54,B60,B62,B64,B68,B74,B77,B86,B9,B90,B92,B97,B98,C1,C14,C15,C19,C2,C22,C26,C45,C53,C55,C61,C62,C63,C74,C76,C8,C80,C85,D3
Chr2:3422843 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr2:3422993 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr2:3423008 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 10 A19,A21,A4,B102,B125,B21,B52,B7,B95,C27
Chr2:3423183 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr2:3423239 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B94
Chr2:3423239 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XR_009097414.1
GACTCGCTTAATTACGGACGAAAAAGGAGTAAATTGGAATTTTACCTACACCTGTAAATCTGGAATATTCGAAGAAATGCCGATATTCACTCCCCCACTCATCAAACTTATTCTATCGAAAATTAGGAAACTGCAGCAAAAAAATCAAATCGACAACCACCATTCCCAATTCCATATCTCGACGGCGCGGAAAGTTTGTAAGGGAGTTTTGAGTCGGCGATCCTGTTCGTTGTTAAAGAGATTGGTGAACAACGAGGTCC...
XM_057940656.1
CGCGTTGACAAAGTCTGACTCGCTTAATTACGGACGAAAAAGGAGTAAATTGGAATTTTACCTACACCTGTAAATCTGGAATATTCGAAGAAATGCCGATATTCACTCCCCCACTCATCAAACTTATTCTATCGAAAATTAGGAAACTGCAGCAAAAAAATCAAATCGACAACCACCATTCCCAATTCCATATCTCGACGGCGCGGAAAGTTTGTAAGGGAGTTTTGAGTCGGCGATCCTGTTCGTTGTTAAAGAGATTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012667
ATGCCGATATTCACTCCCCCACTCATCAAACTTATTCTATCGAAAATTAGGAAACTGCAGCAAAAAAATCAAATCGACAACCACCATTCCCAATTCCATATCTCGACGGCGCGGAAAGTTTGTAAGGGAGTTTTGAGTCGGCGATCCTGTTCGTTGTTAAAGAGATTGGTGAATTTTGATTCAGCAACGAGGTCCTTTGATTCAGCTGCTATGGACTTCTTGAGATTCAAGCTCACAATCCAATTTAAGAAGATGGAAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796639.1
MPIFTPPLIKLILSKIRKLQQKNQIDNHHSQFHISTARKVCKGVLSRRSCSLLKRLVNFDSATRSFDSAAMDFLRFKLTIQFKKMEREFWLAPAFGGQNLQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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