当前解析结果
SmilChr02G000283| 统一新 Gene ID | SmilChr02G000283 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G000283 |
| 描述 | septum-promoting GTP-binding protein 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 3621862 - 3626647 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131012681 |
|---|---|
| GeneID | 131012681 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131012681 |
| 原始查询 | LOC131012681 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | septum-promoting GTP-binding protein 1-like |
| 产物 | septum-promoting GTP-binding protein 1-like |
| Arabidopsis | AT3G21700 (SGP2)Ras-related small GTP-binding family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821724] identity=59.7; qcov=0.975; evalue=2.55e-100; confidence=high |
| Rice | Os07g0522900- identity=62.6; qcov=0.611; evalue=2.68e-76; confidence=high |
| GO | GO:0003924 (GTPase activity); GO:0005525 (GTP binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00071 (Ras); PF08477 (Roc) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131012681 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057796656.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057796656.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057796656.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057796656.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057796656.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:3622318 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B115,B42,B43,C38 |
Chr2:3626134 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B122,B2 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057796656.1PF08477
Roc 97-210 aa
PF00071
Ras 97-260 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057796656.1 |
Pfam | PF08477 |
Roc | Domain | 97 | 210 | 5.3e-18 | 66.1 | Ras of Complex, Roc, domain of DAPkinase |
XP_057796656.1 |
Pfam | PF00071 |
Ras | Domain | 97 | 260 | 1.3e-21 | 77.6 | Ras family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。