当前解析结果
SmilChr02G000282| 统一新 Gene ID | SmilChr02G000282 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G000282 |
| 描述 | vascular-related unknown protein 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 3615066 - 3617227 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131012682 |
|---|---|
| GeneID | 131012682 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131012682 |
| 原始查询 | LOC131012682 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | vascular-related unknown protein 1-like |
| 产物 | vascular-related unknown protein 1-like |
| Arabidopsis | AT3G21710 (AT3G21710)uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821725] identity=36; qcov=1.04; evalue=2.67e-19; confidence=low |
| Rice | Os07g0524000- identity=35; qcov=0.574; evalue=1.3e-09; confidence=low |
| GO | GO:0010089 (xylem development) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF27761 (VUP_C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131012682 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057796657.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057796657.1 |
| 3 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.20000 | XP_057796657.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057796657.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057796657.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:3615454 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B107 |
Chr2:3616827 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C26,C75 |
Chr2:3617006 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B5,B88 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057796657.1PF27761
VUP_C 149-169 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057796657.1 |
Pfam | PF27761 |
VUP_C | Domain | 149 | 169 | 2e-12 | 46.8 | Vascular-related unknown protein C-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。