当前解析结果
SmilChr02G000304| 统一新 Gene ID | SmilChr02G000304 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G000304 |
| 描述 | GDSL esterase/lipase At2g04570-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 3839067 - 3841394 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131012700 |
|---|---|
| GeneID | 131012700 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131012700 |
| 原始查询 | LOC131012700 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | GDSL esterase/lipase At2g04570-like |
| 产物 | GDSL esterase/lipase At2g04570-like |
| Arabidopsis | AT2G04570 (AT2G04570)GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814999] identity=64; qcov=0.977; evalue=4.43e-167; confidence=high |
| Rice | Os09g0132900 (OsGELP98)- identity=56; qcov=0.955; evalue=8.56e-133; confidence=high |
| GO | GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00657 (Lipase_GDSL) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131012700 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057796674.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057796674.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057796674.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057796674.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057796674.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:3839290 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B11,B62,B65,B84 |
Chr2:3839295 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C28 |
Chr2:3839315 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | B18 |
Chr2:3839315 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B18 |
Chr2:3839344 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B123,B28 |
Chr2:3839366 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B101 |
Chr2:3839366 |
GC |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B101 |
Chr2:3840227 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B123,B139,B18,B71,D10 |
Chr2:3840275 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B136,C16,C46,C51,C63 |
Chr2:3841086 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B28 |
Chr2:3841128 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C35 |
Chr2:3841294 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B102,B106,B111,B97,D3 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057796674.1PF00657
Lipase_GDSL 31-343 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057796674.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 31 | 343 | 7.8e-33 | 115.1 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。