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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000304

染色体: Chr02 坐标: 3839067-3841394 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000304
名称SmilChr02G000304
描述GDSL esterase/lipase At2g04570-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向3839067 - 3841394 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012700
GeneID131012700
locus_tag-
NCBI NameLOC131012700
原始查询LOC131012700

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述GDSL esterase/lipase At2g04570-like
产物GDSL esterase/lipase At2g04570-like
ArabidopsisAT2G04570 (AT2G04570)
GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814999]
identity=64; qcov=0.977; evalue=4.43e-167; confidence=high
RiceOs09g0132900 (OsGELP98)
-
identity=56; qcov=0.955; evalue=8.56e-133; confidence=high
GOGO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds)
KEGG-
PfamPF00657 (Lipase_GDSL)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012700

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057796674.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796674.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796674.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796674.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057796674.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:3839290 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B11,B62,B65,B84
Chr2:3839295 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C28
Chr2:3839315 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B18
Chr2:3839315 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B18
Chr2:3839344 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B123,B28
Chr2:3839366 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B101
Chr2:3839366 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B101
Chr2:3840227 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B123,B139,B18,B71,D10
Chr2:3840275 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B136,C16,C46,C51,C63
Chr2:3841086 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr2:3841128 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr2:3841294 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B102,B106,B111,B97,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796674.1
352 aa
N
1
176
352
Lipase_GDSL
C
PF00657 Lipase_GDSL 31-343 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796674.1 Pfam PF00657 Lipase_GDSL Family 31 343 7.8e-33 115.1 GDSL-like Lipase/Acylhydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940691.1
AAATTAATTCATTACTACAATATTCATACCACCATGAAAATCTCATATGCATGGCCGCACCTTTTCCTCCTGCTCGCCGCCACGGCGACGGCCAAAGTCCCGGCGATGGCCAAAGTTCCGGCCATCGTCGTCTTCGGCGACTCGTCGGTCGACGCCGGGAACAACAACCAGATTCCGACGATCGCCCGGAGCAATTTCCTGCCCTACGGCCGTGACTTTTCCGGTGGAAAGGCCACCGGAAGGTTTTCAAACGGCCGGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012700
ATGAAAATCTCATATGCATGGCCGCACCTTTTCCTCCTGCTCGCCGCCACGGCGACGGCCAAAGTCCCGGCGATGGCCAAAGTTCCGGCCATCGTCGTCTTCGGCGACTCGTCGGTCGACGCCGGGAACAACAACCAGATTCCGACGATCGCCCGGAGCAATTTCCTGCCCTACGGCCGTGACTTTTCCGGTGGAAAGGCCACCGGAAGGTTTTCAAACGGCCGGATCGCCACCGACTTCATATCGGAGGCGTTCGGGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796674.1
MKISYAWPHLFLLLAATATAKVPAMAKVPAIVVFGDSSVDAGNNNQIPTIARSNFLPYGRDFSGGKATGRFSNGRIATDFISEAFGLRPTVPAYLDPAYNISDFAVGVTFASAGTGYDNATSDVLGVIPMWKELEYYKEYQKRLRAYLGDGKTIYTISNSLYIISIGTNDFLENYYAFNSQRRTQYTVDGYQQYLVGLARNFIVNLHGLGARKISLGGLPPMGCMPLERAQNLQNGNECMETYNIVAMSFNQKLYDLTRE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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