当前解析结果
SmilChr01G005597| 统一新 Gene ID | SmilChr01G005597 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G005597 |
| 描述 | UDP-glycosyltransferase 76F2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 72585811 - 72589177 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131012707 |
|---|---|
| GeneID | 131012707 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131012707 |
| 原始查询 | LOC131012707 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | UDP-glycosyltransferase 76F2-like |
| 产物 | UDP-glycosyltransferase 76F2-like |
| Arabidopsis | AT3G55700 (AT3G55700)UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824736] identity=48.9; qcov=0.931; evalue=3.61e-72; confidence=high |
| Rice | Os07g0240600 (OsEnS-102)- identity=48.9; qcov=0.883; evalue=3.65e-71; confidence=high |
| GO | GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00201 (UDPGT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131012707 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057796682.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057796682.1 |
| 3 | Peroxisome | 过氧化物酶体 | 0.40000 | XP_057796682.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057796682.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057796682.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:72585992 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C69 |
Chr1:72585992 |
GC |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C69 |
Chr1:72586018 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B117 |
Chr1:72586020 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 36 | A14,A18,A5,B109,B118,B120,B123,B126,B127,B128,B134,B14,B140,B35,B60,B61,B65,B69,B79,B84,B96,C12,C13,C17,C21,C27,C28,C30,C33,C38,C54,C56,C57,C64,C66,C70 |
Chr1:72586041 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B17,B50,B52,C20 |
Chr1:72586054 |
T |
TC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 33 | A14,A15,A5,B109,B118,B120,B123,B127,B128,B134,B14,B140,B35,B60,B61,B65,B69,B79,B96,C12,C13,C17,C21,C27,C28,C30,C33,C38,C54,C56,C64,C66,C70 |
Chr1:72586135 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 145 | A1,A11,A13,A14,A19,A21,A3,A4,A5,A8,A9,B1,B100,B101,B103,B104,B106,B108,B109,B110,B111,B115,B118,B120,B121,B123,B125,B126,B127,B128,B129,B13,B132,B134,B135,B138,B139,B14,B140,B15,B2,B21,B23,B24,B26,B27,B31,B32,B33,B34,B35,B36,B4,B41,B42,B43,B44,B47,B51,B53,B54,B57,B58,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B67,B68,B69,B71,B74,B78,B79,B82,B86,B87,B89,B90,B91,B92,B94,B96,B98,B99,C1,C10,C12,C13,C14,C15,C16,C17,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C26,C27,C28,C29,C30,C32,C33,C36,C38,C40,C42,C44,C46,C54,C56,C58,C59,C6,C61,C62,C64,C66,C67,C68,C70,C73,C75,C76,C8,C80,C81,C82,C83,C84,C86,C9,D1,D2,D4,D6 |
Chr1:72586138 |
AAG |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 5 | A7,B25,C26,C35,C87 |
Chr1:72586138 |
AAG |
A |
2bp_deletion | CDS_variant | 5 | A7,B25,C26,C35,C87 |
Chr1:72586142 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B21,B42,B43,B99 |
Chr1:72586156 |
TGC |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C1 |
Chr1:72586156 |
TGC |
T |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | C1 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057796682.1PF00201
UDPGT 90-230 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057796682.1 |
Pfam | PF00201 |
UDPGT | Family | 90 | 230 | 1.3e-26 | 94.2 | UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。