Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000395`

染色体: Chr02 坐标: 4888513-4920138 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000395`
名称	SmilChr02G000395
描述	protein PAT1 homolog 2-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	4888513 - 4920138 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012714`
GeneID	`131012714`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012714`
原始查询	`LOC131012714`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein PAT1 homolog 2-like
产物	protein PAT1 homolog 2-like
Arabidopsis	`AT3G22270` (AT3G22270) Topoisomerase II-associated protein PAT1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821797] identity=51.3; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0517300` - identity=51.1; qcov=1.05; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000290 (deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA); GO:0000932 (P-body); GO:0003723 (RNA binding); GO:0033962 (P-body assembly)
KEGG	smil03018 (RNA degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012714

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057796687.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057796687.1`
3	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.60000	`XP_057796687.1`
4	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.40000	`XP_057796687.1`
5	P-body	P-body	0.40000	`XP_057796687.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:4888787`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A1,B11
`Chr2:4888823`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B83
`Chr2:4889090`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B106
`Chr2:4889188`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C12
`Chr2:4889328`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B72,B91,C76
`Chr2:4889329`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C6
`Chr2:4889365`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C6
`Chr2:4889368`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C6
`Chr2:4889455`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C6
`Chr2:4889478`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B71,B93,C62
`Chr2:4889519`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C6
`Chr2:4889716`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A7,C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940705.1
ACTTTCTCTCTCTAGTAAACACACACACACGCACATACAAATATAGAATCGAGTCTAACCGCTCACTGTGTGAACTGTGTGAATATCTCAGTGGGTTGAGTCTTTGTCTTGTCTGCTGCTAAAACCCTAATTGCGGGGAATCTCAAAGCGAAGGGGTGCTGGAGTGTTAATCATCCTCTCCGCCTCCGTGATTGGAGTTAGGTGTTGATTAATTGCGTGATTATGGAGAGATCCGACGGCAAGGATTTCAACGACTTCAC...

XM_057940704.1
GAGACAAATCCAGACACACTTTATTATATACGCACAAAAAATATTACTTTCTCTCTCTAGAAAAAACACACACACGCACATACAAATATAGAATCGAGTCTAACCGCTTACTGTGTGAACTGTGTGAATATCTCAGTGGGTTGAGTCTTTGTCTTGTCTGCTGCTAAAACCCTAATTGCGGGGAATCTCAAAGCGAAGGGGAGCTGGAGTGTTAATCATCCTCTCCGCCTCCGTGATTGGAGTTAGGTGTTGATTAATTG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131012714
ATGGAGAGATCCGACGGCAAGGATTTCAACGACTTCACCGACTTCTCCAGCAGCTCGGCTTCTGGTAGTGCGATGTTTGACGCGTCCCAGTATGCCTTCTTCGGTAAGGAGGCAATGGATGAAGTGGAATTGGGGGGTTTGGAGGATGATGAAGAGGTTGTACGTTCGATTGGGGGAGGATTTTGTGGTGAAGAGGAATTGAATGAGTATCATTTGTTCCAGAAAGACGAGGGCTCAGGAGTAGGATCTTTGTCTGATAT...

LOC131012714
ATGTCTGACTCAGAATGCTATGAAGAAAATAAGAGATGGTCATCACAGCCCCACCTGTCCTCAATGTTTCTCTCAGAATCTAAACCATTATATAGAACATCATCCTACCCTCAGCAACAGCCGCAGCTGCTTCACGCTTCAAGCGAGCCTATTTTACCCCCTAAGTCATCATTCACTTCTTTCCCTCCACCAGGTTCTCAAAAAACTTCTTTCAATTTGTCATCTCTTTCTAGTGGACCTCAATCGCCATTCTCTGCACA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057796687.1
MERSDGKDFNDFTDFSSSSASGSAMFDASQYAFFGKEAMDEVELGGLEDDEEVVRSIGGGFCGEEELNEYHLFQKDEGSGVGSLSDIDDLATTFAKLNKVVSGPRHPGVIGDRGSGSFSRESSSATEWTRDTDFPEWFDHHMSDSECYEENKRWSSQPHLSSMFLSESKPLYRTSSYPQQQPQLLHASSEPILPPKSSFTSFPPPGSQKTSFNLSSLSSGPQSPFSAQNNSLLSNSTLNWSSLPVGFQYNANMNLMSPNI...

XP_057796688.1
MSDSECYEENKRWSSQPHLSSMFLSESKPLYRTSSYPQQQPQLLHASSEPILPPKSSFTSFPPPGSQKTSFNLSSLSSGPQSPFSAQNNSLLSNSTLNWSSLPVGFQYNANMNLMSPNISHNNHLQNHWISHAGVLHGDHSILLDNILQHQYHNGLLPPQLLSPQQPRRHLSFQPSLAQLSALQSQMFNSVPSSSDWCKYRLTQKSKSKSKSSQKGKHSVRFSNQGSDASIHRSDSNFPQIKSKHMTADEIESILKMQHA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器