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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000361

染色体: Chr02 坐标: 4647722-4651347 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000361
名称SmilChr02G000361
描述uncharacterized SmilChr02G000361
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向4647722 - 4651347 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012718
GeneID131012718
locus_tag-
NCBI NameLOC131012718
原始查询LOC131012718

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述DNAJ heat shock N-terminal domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815071]; symbol=AT2G05230; hit=AT2G05230; species=arabidopsis; confidence=high
产物DNAJ heat shock N-terminal domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815071]; symbol=AT2G05230; hit=AT2G05230; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G05230 (AT2G05230)
DNAJ heat shock N-terminal domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815071]
identity=47.8; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0510000 (OsDjC18)
-
identity=40.2; qcov=1.02; evalue=8.18e-159; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF00226 (DnaJ); PF11926 (DUF3444); PF23551 (Zn_ribbon_20)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012718

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057796692.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796692.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796692.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057796692.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057796692.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:4648041 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr2:4648128 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C53
Chr2:4648262 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B115,B20,B37,B91
Chr2:4648268 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B125,B90,B92,C21,C73
Chr2:4648350 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,A22,B58,C28,C71
Chr2:4648859 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:4648974 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B125,B90,B92,C21,C73
Chr2:4649008 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr2:4649039 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr2:4649051 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B102,B36
Chr2:4649158 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,A22,B58,C28,C71
Chr2:4649170 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796692.1
702 aa
N
1
351
702
DnaJ
Zn_ribbon_20
DUF3444
C
PF00226 DnaJ 66-127 aa PF23551 Zn_ribbon_20 159-193 aa PF11926 DUF3444 416-621 aa
XP_057796693.1
702 aa
N
1
351
702
DnaJ
Zn_ribbon_20
DUF3444
C
PF00226 DnaJ 66-127 aa PF23551 Zn_ribbon_20 159-193 aa PF11926 DUF3444 416-621 aa
XP_057796694.1
702 aa
N
1
351
702
DnaJ
Zn_ribbon_20
DUF3444
C
PF00226 DnaJ 66-127 aa PF23551 Zn_ribbon_20 159-193 aa PF11926 DUF3444 416-621 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796692.1 Pfam PF00226 DnaJ Domain 66 127 5.8e-19 68.7 DnaJ domain
XP_057796692.1 Pfam PF23551 Zn_ribbon_20 Domain 159 193 1.8e-13 51.0 Zinc beta-ribbon domain
XP_057796692.1 Pfam PF11926 DUF3444 Family 416 621 8.8e-75 251.6 Domain of unknown function (DUF3444)
XP_057796693.1 Pfam PF00226 DnaJ Domain 66 127 5.8e-19 68.7 DnaJ domain
XP_057796693.1 Pfam PF23551 Zn_ribbon_20 Domain 159 193 1.8e-13 51.0 Zinc beta-ribbon domain
XP_057796693.1 Pfam PF11926 DUF3444 Family 416 621 8.8e-75 251.6 Domain of unknown function (DUF3444)
XP_057796694.1 Pfam PF00226 DnaJ Domain 66 127 5.8e-19 68.7 DnaJ domain
XP_057796694.1 Pfam PF23551 Zn_ribbon_20 Domain 159 193 1.8e-13 51.0 Zinc beta-ribbon domain
XP_057796694.1 Pfam PF11926 DUF3444 Family 416 621 8.8e-75 251.6 Domain of unknown function (DUF3444)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940710.1
TTTCTTTTTTTCCTCTCTTGCATCTTAAATATTTGCTATCTAGCTAAAAATCTTATAATATAATATTCTAAAATTAACTTTTCCTCTGTTTTGATTTATTCTTTAATTTCTTTACTTTTGCTTTGGTAAGGGGTGCGCACAGCGCACACGGCGCACAATTGGTTTAGTCAATATTAAATATTAATTCTCTTACTTTCACTCATATTAATAATAATATTATTAATATTTATTAATTATCAATAACTTAAATTTTTTTTTTT...
XM_057940709.1
ACTTTTCCTCTGTTTTGATTTATTCTTTAATTTCTTTACTTTTGCTTTGGTAAGGGGTGCGCACAGCGCACACGGCGCACAATTGGTTTAGTCAATATTAAATATTAATTCTCTTACTTTCACTCATATTAATAATAATATTATTAATATTTATTAATTATCAATAACTTAAATTTTTTTTTTTGATCTTTTTTGGAGGAAGTTTATTTTTATTATATATAGATATTAACATATTTTTAACTGCTGCGTATTGTTGTAGT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131012718
ATGGAATCCTACACGGAGGAAGCTTTAAGAGCTAAAGCCATTGCGGAAAAGCAGTTTTTGGCGAGAGACTTTGTTGGTGCGAGGAGTTATGCTGCAAAAGCTCAAAAGCTGTGTCCTGAACTGGAGGGGATATCGCAGATGGTGGCCACATTTGGAGTCTACATTGCTTCTGAGGCTAAAGCCAACGGAGAACTCGATTTCTATTCAATTCTTGGACTGGATCCATCTGCAGACAGGTCCAAAGTAAAGAAACAGTATAA...
LOC131012718
ATGGAATCCTACACGGAGGAAGCTTTAAGAGCTAAAGCCATTGCGGAAAAGCAGTTTTTGGCGAGAGACTTTGTTGGTGCGAGGAGTTATGCTGCAAAAGCTCAAAAGCTGTGTCCTGAACTGGAGGGGATATCGCAGATGGTGGCCACATTTGGAGTCTACATTGCTTCTGAGGCTAAAGCCAACGGAGAACTCGATTTCTATTCAATTCTTGGACTGGATCCATCTGCAGACAGGTCCAAAGTAAAGAAACAGTATAA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057796692.1
MESYTEEALRAKAIAEKQFLARDFVGARSYAAKAQKLCPELEGISQMVATFGVYIASEAKANGELDFYSILGLDPSADRSKVKKQYKKMAVLLHPDKNRTVGADGAFRLVSEAWTLLSDTVKRSSYDQRRNLFAGYSTGAGAYDNCSKFPAPPSRMDSFWTVCTSCHVQYEYLRKYVNKRLSCKNCRGVFIAVETGLAPINGAFPYSNYSYMPENGYPSHGCGVSVVPKTTYHAPSGPTGHHSGHKPVSNISFQGNSSVD...
XP_057796693.1
MESYTEEALRAKAIAEKQFLARDFVGARSYAAKAQKLCPELEGISQMVATFGVYIASEAKANGELDFYSILGLDPSADRSKVKKQYKKMAVLLHPDKNRTVGADGAFRLVSEAWTLLSDTVKRSSYDQRRNLFAGYSTGAGAYDNCSKFPAPPSRMDSFWTVCTSCHVQYEYLRKYVNKRLSCKNCRGVFIAVETGLAPINGAFPYSNYSYMPENGYPSHGCGVSVVPKTTYHAPSGPTGHHSGHKPVSNISFQGNSSVD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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