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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000360`

染色体: Chr02 坐标: 4643473-4647673 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000360`
名称	SmilChr02G000360
描述	threonine--tRNA ligase, chloroplastic/mitochondrial 2
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	4643473 - 4647673 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012722`
GeneID	`131012722`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012722`
原始查询	`LOC131012722`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	threonine--tRNA ligase, chloroplastic/mitochondrial 2
产物	threonine--tRNA ligase%2C chloroplastic/mitochondrial 2
Arabidopsis	`AT2G04842` (EMB2761) threonyl-tRNA synthetase, putative / threonine-tRNA ligase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815029] identity=77.8; qcov=0.943; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0538000` (LAS) - identity=80.8; qcov=0.875; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004829 (threonine-tRNA ligase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005739 (mitochondrion); GO:0006435 (threonyl-tRNA aminoacylation); GO:0009570 (chloroplast stroma)
KEGG	smil00970 (Aminoacyl-tRNA biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00587 (tRNA-synt_2b); PF03129 (HGTP_anticodon); PF07973 (tRNA_SAD)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012722

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057796699.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057796699.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057796699.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057796699.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057796699.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:4643666`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	43	A19,A6,A7,A8,B102,B120,B127,B131,B132,B32,B38,B39,B52,B53,B54,B62,B69,B70,B73,B76,B81,B86,B9,C11,C12,C15,C18,C24,C25,C3,C4,C51,C55,C63,C65,C67,C69,C75,C81,C83,C86,C9,D2
`Chr2:4643852`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	52	A1,A15,A16,A19,A20,B1,B11,B114,B115,B119,B121,B123,B129,B136,B138,B18,B19,B28,B29,B3,B30,B42,B43,B48,B50,B53,B59,B65,B74,B82,B84,B87,B90,C29,C30,C36,C38,C39,C41,C43,C49,C50,C51,C54,C55,C57,C59,C71,C74,D6,D8,D9
`Chr2:4644078`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B112,B15,B16,D10
`Chr2:4644430`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	165	A14,A18,A19,A2,A21,A22,A23,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B10,B101,B102,B106,B108,B109,B110,B111,B113,B119,B12,B120,B122,B123,B124,B126,B127,B128,B129,B13,B130,B131,B132,B133,B134,B138,B139,B140,B15,B16,B17,B2,B20,B21,B23,B24,B25,B26,B29,B30,B32,B33,B34,B35,B37,B38,B39,B45,B46,B47,B50,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B58,B6,B60,B61,B62,B63,B67,B69,B70,B71,B72,B73,B75,B76,B78,B8,B80,B81,B82,B83,B85,B86,B87,B89,B9,B91,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C15,C16,C18,C2,C22,C23,C24,C25,C26,C29,C3,C31,C32,C34,C35,C36,C37,C4,C40,C41,C42,C44,C45,C46,C49,C5,C51,C52,C53,C55,C58,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C70,C72,C74,C75,C76,C81,C82,C83,C84,C86,C9,D1,D2,D4,D6,D7,D9
`Chr2:4644606`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B108,B15,C13,C23,C48
`Chr2:4645310`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr2:4645399`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B134,B95
`Chr2:4645505`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B46,C13,C74
`Chr2:4645607`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B68
`Chr2:4646760`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B127,B137,C52
`Chr2:4646786`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C76
`Chr2:4647185`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B125,B90,C21,C34,C73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796699.1

665 aa

332

665

tRNA_SAD

tRNA-synt_2b

HGTP_anticodon

PF07973 tRNA_SAD 193-245 aa PF00587 tRNA-synt_2b 351-557 aa PF03129 HGTP_anticodon 569-656 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057796699.1`	Pfam	`PF07973`	tRNA_SAD	Domain	193	245	7.1e-11	42.6	Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain
`XP_057796699.1`	Pfam	`PF00587`	tRNA-synt_2b	Domain	351	557	3.6e-50	171.2	tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T)
`XP_057796699.1`	Pfam	`PF03129`	HGTP_anticodon	Domain	569	656	1.8e-20	73.6	Anticodon binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940716.1
GGTTTTGGACTATCACAAATAAATACAAATAATTAGAAATATGGAATAATTACAAAAACCAATATAAATAAAAAATTAAATAAAGAAGAAGAAGACGACGACGCAGCTTCAATTTCCACCACACACACACACACAGCATTCTCTTTTTCTTGGCCAATGGCCATTTTGGTGGGTAGCAGTAGCAGGATTTGTCTAATGGAAGCGGCTTTATCTCTCTCTCTATCGCTCTCGAAGCCTGCTCATAGGCTCCTCCACCATTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012722
ATGGCCATTTTGGTGGGTAGCAGTAGCAGGATTTGTCTAATGGAAGCGGCTTTATCTCTCTCTCTATCGCTCTCGAAGCCTGCTCATAGGCTCCTCCACCATTTCTCTCCCAGATGCACTCTCTTCTCCCTCAATCCTCATTTGCATCGCCACCATGCTCTGCCGAGGAGGCCCCGATTCTCCGCCGTCGCTACTCAACTCACAGAGACTCCCCCGCCCACTGCTGCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCTTGTTCTCCCCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057796699.1
MAILVGSSSRICLMEAALSLSLSLSKPAHRLLHHFSPRCTLFSLNPHLHRHHALPRRPRFSAVATQLTETPPPTAAPPPPPPLVLPTNQSSQRLLRIRHTCAHVMAMAVQKIYPEAKVTIGPWIDNGFYYDFDVEPLTDQDLKKIKKEMDRIIGRNLPLVREEVSRDEAEKRIMAINEPYKMEILESIKEEPITIYHIGDEWWDLCAGPHVESTGNINRKAVELESVAGAYWRGDVTKPMLQRVYGTAWENEEQLKAYLH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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