Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005606`

染色体: Chr01 坐标: 72606431-72607348 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005606`
名称	SmilChr01G005606
描述	protein FAR-RED IMPAIRED RESPONSE 1-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	72606431 - 72607348 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012723`
GeneID	`131012723`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012723`
原始查询	`LOC131012723`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein FAR-RED IMPAIRED RESPONSE 1-like
产物	protein FAR-RED IMPAIRED RESPONSE 1-like
Arabidopsis	`AT4G15090` (FAR1) FRS (FAR1 Related Sequences) transcription factor family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827173] identity=34.2; qcov=0.957; evalue=1.66e-51; confidence=low
Rice	`Os11g0681300` - identity=41.4; qcov=0.895; evalue=1.34e-70; confidence=medium
GO	GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF03101 (FAR1); PF10551 (MULE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012723

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057796703.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057796703.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057796703.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057796703.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057796703.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:72606679`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B104,C60,C86
`Chr1:72606693`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B95
`Chr1:72606697`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B95
`Chr1:72606700`	`G`	`GGC`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B95
`Chr1:72606700`	`G`	`GGC`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B95
`Chr1:72606702`	`A`	`ATT`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B95
`Chr1:72606702`	`A`	`ATT`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B95
`Chr1:72606714`	`TTC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B95
`Chr1:72606714`	`TTC`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B95
`Chr1:72606717`	`A`	`ATG`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B95
`Chr1:72606717`	`A`	`ATG`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B95
`Chr1:72606730`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B95

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796703.1

305 aa

152

305

FAR1

MULE

PF03101 FAR1 32-104 aa PF10551 MULE 225-296 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057796703.1`	Pfam	`PF03101`	FAR1	Domain	32	104	2.3e-08	35.3	FAR1 DNA-binding domain
`XP_057796703.1`	Pfam	`PF10551`	MULE	Domain	225	296	1.2e-19	71.1	MULE transposase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940720.1
ATGGGTGACTTACATGATGTATTTGATGAGATGGTGCGAGAAAGTCCGAAATCGGGCATGTCGTTCGATTCTGCAGAAAGACTCTATGAGGCCTACAATTTGTTTGCAAAGGAACAAGGTTTTTGCGCGGTTTGTAGAAGTATTTCTAGTTCTAGTAAGTATGTTGTGATGTCATGTGATCGATTCGGGAAGTTGGATTACAAGAAACATACGAAAAAGACGGACTGTCGTGCACATATTAATGCTATCAGACGGGATTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012723
ATGGGTGACTTACATGATGTATTTGATGAGATGGTGCGAGAAAGTCCGAAATCGGGCATGTCGTTCGATTCTGCAGAAAGACTCTATGAGGCCTACAATTTGTTTGCAAAGGAACAAGGTTTTTGCGCGGTTTGTAGAAGTATTTCTAGTTCTAGTAAGTATGTTGTGATGTCATGTGATCGATTCGGGAAGTTGGATTACAAGAAACATACGAAAAAGACGGACTGTCGTGCACATATTAATGCTATCAGACGGGATTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057796703.1
MGDLHDVFDEMVRESPKSGMSFDSAERLYEAYNLFAKEQGFCAVCRSISSSSKYVVMSCDRFGKLDYKKHTKKTDCRAHINAIRRDSGKWEVSTVHLDHNHELDPNMSALMAGHRSLPMSVKRQLEANDIAGVPICKSVRLAQVQAGGPRNLGANARDCRNYINERRRLRLGEGDAHAIHKLFRTLQGQDARFFHLMDIDEDFRLPSVMWIHPRSIAAYQDFHDVVSFDTTYLINQYQMPLATVVGVNHHHQSILLGCAL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器