Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000376

染色体: Chr02 坐标: 4752498-4755998 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000376
名称SmilChr02G000376
描述uncharacterized membrane protein At3g27390
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向4752498 - 4755998 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012727
GeneID131012727
locus_tag-
NCBI NameLOC131012727
原始查询LOC131012727

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826880]; symbol=AT4G12680; hit=AT4G12680; species=arabidopsis; confidence=high
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826880]; symbol=AT4G12680; hit=AT4G12680; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT4G12680 (AT4G12680)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826880]
identity=66.1; qcov=0.904; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0300500
-
identity=58.4; qcov=0.849; evalue=1.49e-161; confidence=high
GOGO:0010228 (vegetative to reproductive phase transition of meristem)
KEGG-
PfamPF28741 (At3g27390_C); PF28744 (At3g27390_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012727

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057796706.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.60000 XP_057796705.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057796705.1
4 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057796705.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796706.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:4752969 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B15,C18,C20
Chr2:4753502 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:4753504 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,B44
Chr2:4754123 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,C7
Chr2:4754236 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:4754388 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr2:4754471 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,D3
Chr2:4754509 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B15,C18,C20,C34
Chr2:4754544 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B45
Chr2:4754920 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:4754964 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B21,C64,C66
Chr2:4755135 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,C52

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796705.1
568 aa
N
1
284
568
At3g27390_N
At3g27390_C
C
PF28744 At3g27390_N 19-273 aa PF28741 At3g27390_C 359-539 aa
XP_057796706.1
470 aa
N
1
235
470
At3g27390_N
At3g27390_C
C
PF28744 At3g27390_N 19-273 aa PF28741 At3g27390_C 359-418 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796705.1 Pfam PF28744 At3g27390_N Domain 19 273 1.1e-121 406.0 At3g27390, N-terminal domain
XP_057796705.1 Pfam PF28741 At3g27390_C Domain 359 539 2.5e-91 304.7 At3g27390, C-terminal domain
XP_057796706.1 Pfam PF28744 At3g27390_N Domain 19 273 6.8e-122 406.6 At3g27390, N-terminal domain
XP_057796706.1 Pfam PF28741 At3g27390_C Domain 359 418 1.2e-25 90.6 At3g27390, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940722.1
AAAATATAGAATTATTAATTAAGATTGCGGCCCAAGTAGCCCAACAAGAATTGGGCGACCAAAAAAAGCTAAACATAGTTTAAAAGATAAAAAAAAAATAGAAAATAATATTAAGGTCCAAGGTTGTCTTGTCTAGTCAGCAGGTTCCCGCCAAAATGACGCGTGCTCACCTGCTTTTCGCGGGAATCCCACTTCCGCCGCGACACGTGGCGCGAGCCCATCTCCCCCGCTGCCACCAAGCGGTTTCTTTCCCACAAAGA...
XM_057940723.1
AAAATATAGAATTATTAATTAAGATTGCGGCCCAAGTAGCCCAACAAGAATTGGGCGACCAAAAAAAGCTAAACATAGTTTAAAAGATAAAAAAAAAATAGAAAATAATATTAAGGTCCAAGGTTGTCTTGTCTAGTCAGCAGGTTCCCGCCAAAATGACGCGTGCTCACCTGCTTTTCGCGGGAATCCCACTTCCGCCGCGACACGTGGCGCGAGCCCATCTCCCCCGCTGCCACCAAGCGGTTTCTTTCCCACAAAGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131012727
ATGGAGGTGCCAATTGGGTTCGCCGCCAAGTGTTGGAGCTTCATCTCCTTCTTGCCCTTCTTCTTCTCTCTCTTCATTCTTGGCTTTCTCAAAGGGTTGATTGTATGTCCAATTGCTGTCACCATCATAGCAGTTGGAAACTCTGCAGTTGTAATAGGCCTCTGGCCTGCACATTTTCTCTGGACATACTACTGTGTCTCAAAAAGCAAAAGAGTTGGATGGATTTTGAAGATTCTAGTGTTGGTTTCATTGCCTCTCCC...
LOC131012727
ATGGAGGTGCCAATTGGGTTCGCCGCCAAGTGTTGGAGCTTCATCTCCTTCTTGCCCTTCTTCTTCTCTCTCTTCATTCTTGGCTTTCTCAAAGGGTTGATTGTATGTCCAATTGCTGTCACCATCATAGCAGTTGGAAACTCTGCAGTTGTAATAGGCCTCTGGCCTGCACATTTTCTCTGGACATACTACTGTGTCTCAAAAAGCAAAAGAGTTGGATGGATTTTGAAGATTCTAGTGTTGGTTTCATTGCCTCTCCC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057796705.1
MEVPIGFAAKCWSFISFLPFFFSLFILGFLKGLIVCPIAVTIIAVGNSAVVIGLWPAHFLWTYYCVSKSKRVGWILKILVLVSLPLPLILWPVMAMVGSILGGVGYGFFAPLIATFEAVGADVTYKCYHCFIDGCFSTVEGSCTVVRDFTDFCFHSYFSYMDELSKDVNEDEKPIDIELWRLPGCFLVSSVAILVDVPLITAVALWKSPYMLFRGWKRLLEDLIGREGPFLETVCVPFAGLAILLWPLAVLGAVLAAFFS...
XP_057796706.1
MEVPIGFAAKCWSFISFLPFFFSLFILGFLKGLIVCPIAVTIIAVGNSAVVIGLWPAHFLWTYYCVSKSKRVGWILKILVLVSLPLPLILWPVMAMVGSILGGVGYGFFAPLIATFEAVGADVTYKCYHCFIDGCFSTVEGSCTVVRDFTDFCFHSYFSYMDELSKDVNEDEKPIDIELWRLPGCFLVSSVAILVDVPLITAVALWKSPYMLFRGWKRLLEDLIGREGPFLETVCVPFAGLAILLWPLAVLGAVLAAFFS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器