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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000314

染色体: Chr02 坐标: 3947546-3949819 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000314
名称SmilChr02G000314
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12620-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向3947546 - 3949819 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012730
GeneID131012730
locus_tag-
NCBI NameLOC131012730
原始查询LOC131012730

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12620-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12620-like
ArabidopsisAT1G12700 (RPF1)
RNA processing FACTOR [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837825]
identity=32.5; qcov=0.977; evalue=1.43e-96; confidence=low
RiceOs06g0152500
-
identity=33.3; qcov=0.776; evalue=8.66e-68; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012730

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057796709.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057796709.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796709.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796709.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796709.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:3947626 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B39,B56,B96,C42
Chr2:3947644 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B118,B56,B96
Chr2:3947698 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A19,B104
Chr2:3947713 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,B104,B137
Chr2:3947735 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B137
Chr2:3947756 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A19,B104,B58,C23,C67
Chr2:3947816 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B101,B103,B137,B99,C71
Chr2:3947826 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 20 A11,A15,B10,B101,B103,B104,B108,B137,B17,B42,B58,B74,B99,C23,C25,C50,C53,C71,C81,C85
Chr2:3947866 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B103,B99,C71
Chr2:3947875 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B101,B103,B121,B99,C71
Chr2:3948035 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B92,C23,C5,C54,C9
Chr2:3948081 TTA T 2bp_deletion frameshift_variant 4 B125,B60,C21,C71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796709.1
526 aa
N
1
263
526
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
C
PF13812 PPR_3 54-86 aa PF13041 PPR_2 77-122 aa PF01535 PPR 78-107 aa PF01535 PPR 188-212 aa PF13812 PPR_3 209-260 aa PF12854 PPR_1 215-244 aa PF13041 PPR_2 216-263 aa PF01535 PPR 219-248 aa PF13812 PPR_3 239-299 aa PF12854 PPR_1 246-278 aa PF13041 PPR_2 250-299 aa PF01535 PPR 253-283 aa PF12854 PPR_1 281-310 aa PF13041 PPR_2 285-333 aa PF01535 PPR 288-318 aa PF13812 PPR_3 310-365 aa PF13041 PPR_2 321-369 aa PF01535 PPR 324-351 aa PF13812 PPR_3 343-400 aa PF12854 PPR_1 353-381 aa PF01535 PPR 359-388 aa PF13041 PPR_2 363-404 aa PF13812 PPR_3 380-434 aa PF12854 PPR_1 386-417 aa PF13041 PPR_2 390-439 aa PF01535 PPR 393-423 aa PF13812 PPR_3 414-470 aa PF12854 PPR_1 421-454 aa PF01535 PPR 429-458 aa PF13041 PPR_2 432-473 aa PF13812 PPR_3 448-492 aa PF12854 PPR_1 456-489 aa PF13041 PPR_2 460-501 aa PF01535 PPR 463-493 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796709.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 54 86 2.3e-57 191.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057796709.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 77 122 1.5e-132 432.4 PPR repeat family
XP_057796709.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 78 107 9.4e-81 261.3 PPR repeat
XP_057796709.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 188 212 9.4e-81 261.3 PPR repeat
XP_057796709.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 209 260 2.3e-57 191.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057796709.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 215 244 1.7e-105 345.1 PPR repeat
XP_057796709.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 216 263 1.5e-132 432.4 PPR repeat family
XP_057796709.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 219 248 9.4e-81 261.3 PPR repeat
XP_057796709.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 239 299 2.3e-57 191.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057796709.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 246 278 1.7e-105 345.1 PPR repeat
XP_057796709.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 250 299 1.5e-132 432.4 PPR repeat family
XP_057796709.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 253 283 9.4e-81 261.3 PPR repeat
XP_057796709.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 281 310 1.7e-105 345.1 PPR repeat
XP_057796709.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 285 333 1.5e-132 432.4 PPR repeat family
XP_057796709.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 288 318 9.4e-81 261.3 PPR repeat
XP_057796709.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 310 365 2.3e-57 191.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057796709.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 321 369 1.5e-132 432.4 PPR repeat family
XP_057796709.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 324 351 9.4e-81 261.3 PPR repeat
XP_057796709.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 343 400 2.3e-57 191.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057796709.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 353 381 1.7e-105 345.1 PPR repeat
XP_057796709.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 359 388 9.4e-81 261.3 PPR repeat
XP_057796709.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 363 404 1.5e-132 432.4 PPR repeat family
XP_057796709.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 380 434 2.3e-57 191.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057796709.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 386 417 1.7e-105 345.1 PPR repeat
XP_057796709.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 390 439 1.5e-132 432.4 PPR repeat family
XP_057796709.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 393 423 9.4e-81 261.3 PPR repeat
XP_057796709.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 414 470 2.3e-57 191.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057796709.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 421 454 1.7e-105 345.1 PPR repeat
XP_057796709.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 429 458 9.4e-81 261.3 PPR repeat
XP_057796709.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 432 473 1.5e-132 432.4 PPR repeat family
XP_057796709.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 448 492 2.3e-57 191.7 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057796709.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 456 489 1.7e-105 345.1 PPR repeat
XP_057796709.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 460 501 1.5e-132 432.4 PPR repeat family
XP_057796709.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 463 493 9.4e-81 261.3 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940726.1
ACCCTTCTTTCTCGCAAGCGCCGCCCAACACTCTCCCTTTCTTCACATTAAATCTCACCGCCAATTAAGGATGATGAGCAGAAGAGCTGCTGTTTCTGCAATCGATCTCATTCATGGAAGAGTATTTCTCAATCGATGGTCGCATAAATCGGGTATTCTCTCTCCTCCATTCTCTCTCTTCTCTTCCAAGGCTTTTCAACCTAAGCAGCCCAGAATCGATTTCAATTGTGTTAAAAAGCTTGACGATGCTATTGAATTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012730
ATGATGAGCAGAAGAGCTGCTGTTTCTGCAATCGATCTCATTCATGGAAGAGTATTTCTCAATCGATGGTCGCATAAATCGGGTATTCTCTCTCCTCCATTCTCTCTCTTCTCTTCCAAGGCTTTTCAACCTAAGCAGCCCAGAATCGATTTCAATTGTGTTAAAAAGCTTGACGATGCTATTGAATTGTTTCAAAAAATGAAGAGTATGCAGCCGAAGCCTTCTTTTCTAATGTACAACAATCTTTTGAGTGTTACTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796709.1
MMSRRAAVSAIDLIHGRVFLNRWSHKSGILSPPFSLFSSKAFQPKQPRIDFNCVKKLDDAIELFQKMKSMQPKPSFLMYNNLLSVTAKIEQYSFALDVFDEMLRIGVPVNEYTMTIAVNCCCLLKDMNSGFSIMGFFFKIGYEPNVATIGTLIKGLFLDNKEAEAVKLFEKVLHLNLCKPNGVMILHVIDGLCKVGHVIAAREWLLRLESSGWRADVWCYSALIDGFCKGGMVDDAFKLVSMMVGKGIAPNVFTYNALIE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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