Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000382

染色体: Chr02 坐标: 4780702-4783956 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000382
名称SmilChr02G000382
描述protein JASON-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向4780702 - 4783956 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012737
GeneID131012737
locus_tag-
NCBI NameLOC131012737
原始查询LOC131012737

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein JASON-like
产物protein JASON-like
ArabidopsisAT1G06660 (JASON)
aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837176]
identity=37.7; qcov=0.944; evalue=1.3e-66; confidence=medium
RiceOs02g0168300
-
identity=34.1; qcov=0.646; evalue=5.39e-31; confidence=low
GOGO:0007142 (male meiosis II)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012737

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057796718.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057796718.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057796718.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796718.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796718.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:4780918 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C3
Chr2:4781090 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B36
Chr2:4781102 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,C42,C53
Chr2:4781260 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,C42
Chr2:4781463 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A3,B46,B8,B94
Chr2:4781756 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr2:4781862 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C1,C51
Chr2:4781878 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B120,B7,C20,C58
Chr2:4782255 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B32
Chr2:4782255 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr2:4782262 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C2,C32,C68
Chr2:4783355 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B65,C51

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940735.1
CCCAACAGTCATCTCTCTTTCTCTCTCTCAATCAATTGTATTCCTTTTAAGATTTCTCCACACAACGATTTCGAAATCAATTGAAGTTGAAGACATTCATCATTATACAAGTAAATGGTATGGCGTGGTTTTCAGGAGTGAAGAAGAAGGAAGGTGAAAGATTGGGCGTATTAGGGTTCCTGAGGAGAGTGGTAGCTGCAACTATGAGCTGTTTTCTCGGTTGTTTTGGAGTGAAAGACTCGCACTCTCGTCTCAAAACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012737
ATGGCGTGGTTTTCAGGAGTGAAGAAGAAGGAAGGTGAAAGATTGGGCGTATTAGGGTTCCTGAGGAGAGTGGTAGCTGCAACTATGAGCTGTTTTCTCGGTTGTTTTGGAGTGAAAGACTCGCACTCTCGTCTCAAAACAACTCCTGAGAAGGAGCGCCTGGTTTTTCGCGATAGGAATGCACTGTCATCGCTATTTGTTGCCGATGGTTTACTAGAATCAGAAGATGATTTAATTCGAAAGACTGAGGAAGGTTGGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796718.1
MAWFSGVKKKEGERLGVLGFLRRVVAATMSCFLGCFGVKDSHSRLKTTPEKERLVFRDRNALSSLFVADGLLESEDDLIRKTEEGWGPMSEEIDIKELKDEAKFLKACGTLLETPVEIRKVSRKRLDTDAHKEELNPLMTCASIEKLKPKDPLDESLTPVKTCGKWVTGEGFLVGTPSSGLPAGDDTRRDSTSSTQSDDNDGAITPNDVTDEAHRSAVSPEALGATVQRTNKSVRFECHSDRSSENSVQRMKQSGSSGDS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器