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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000319

染色体: Chr02 坐标: 4004863-4005674 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000319
名称SmilChr02G000319
描述dirigent protein 22-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向4004863 - 4005674 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012763
GeneID131012763
locus_tag-
NCBI NameLOC131012763
原始查询LOC131012763

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述dirigent protein 22-like
产物dirigent protein 22-like
ArabidopsisAT2G21100 (AT2G21100)
Disease resistance-responsive (dirigent-like protein) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816645]
identity=33.8; qcov=0.841; evalue=1.95e-25; confidence=low
RiceOs12g0174700
-
identity=35.4; qcov=0.835; evalue=1.84e-23; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF03018 (Dirigent)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012763

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057796768.1
2 Cell wall 细胞壁 0.20000 XP_057796768.1
3 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057796768.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796768.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796768.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:4004979 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 25 A3,A4,A5,B115,B121,B46,B54,B69,B7,B75,C16,C27,C3,C37,C39,C43,C46,C63,C7,C71,C72,C8,C86,D5,D6
Chr2:4004995 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B21
Chr2:4004997 CAG C 2bp_deletion frameshift_variant 29 A25,B10,B101,B106,B11,B125,B133,B135,B137,B15,B2,B25,B26,B29,B47,B65,B67,B85,B87,B99,C14,C18,C34,C48,C59,C65,C77,C79,C8
Chr2:4005014 TAC T 2bp_deletion frameshift_variant 73 A1,A10,A11,A2,A23,A24,A3,A5,B109,B112,B12,B120,B121,B124,B125,B128,B133,B14,B140,B19,B20,B21,B22,B24,B27,B30,B31,B34,B46,B5,B60,B66,B70,B74,B78,B89,B9,B90,B92,B93,B94,B95,C1,C11,C15,C16,C17,C2,C21,C25,C28,C32,C37,C42,C44,C5,C50,C52,C58,C60,C62,C64,C66,C68,C69,C71,C73,C76,C78,C87,D11,D3,D4
Chr2:4005031 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,B40,C78,D10
Chr2:4005045 CAT C 2bp_deletion frameshift_variant 4 B107,B40,C78,D10
Chr2:4005045 CAT C 2bp_deletion CDS_variant 4 B107,B40,C78,D10
Chr2:4005049 A ACG 2bp_insertion frameshift_variant 4 B107,B40,C78,D10
Chr2:4005049 A ACG 2bp_insertion CDS_variant 4 B107,B40,C78,D10
Chr2:4005053 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B121,C37,C71
Chr2:4005091 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:4005112 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,B40,C78,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796768.1
176 aa
N
1
88
176
Dirigent
C
PF03018 Dirigent 30-173 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796768.1 Pfam PF03018 Dirigent Family 30 173 3.6e-36 124.8 Dirigent-like protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940785.1
CAAAACTCAAAATAATCTTGCATTTGATTTCTCAAATTTCAAGGTTATGGCATCAATCAAAATCACATTATCCATGCTTCTATTTCTTACCATTTTTACATATTCTCAGGCAAAGTTAAGGCATCACAAAGAGACAGAAATGACACTCTACTACAAAGATTATGCCGGCGGCCCAAATGCGACATCAATCCCGATACCGGGCCCGTCGACCGGGCCCCTAAATTTCACCATGTTTGGAGCCATGTTTGTCGTAGACGACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012763
ATGGCATCAATCAAAATCACATTATCCATGCTTCTATTTCTTACCATTTTTACATATTCTCAGGCAAAGTTAAGGCATCACAAAGAGACAGAAATGACACTCTACTACAAAGATTATGCCGGCGGCCCAAATGCGACATCAATCCCGATACCGGGCCCGTCGACCGGGCCCCTAAATTTCACCATGTTTGGAGCCATGTTTGTCGTAGACGACCCGGCAGTCGAAGACATTGAGGACGCCTCGGCCCCAATTATTGCAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796768.1
MASIKITLSMLLFLTIFTYSQAKLRHHKETEMTLYYKDYAGGPNATSIPIPGPSTGPLNFTMFGAMFVVDDPAVEDIEDASAPIIARGRGVYIISALDGSHAQLLMSVVFINGKYKGSTLEIQGSYAQFEPVAEAAVVGGTGKFRLARGYATYEILSYDPVSGYSVTRSNITVLHY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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