当前解析结果
SmilChr02G000319| 统一新 Gene ID | SmilChr02G000319 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G000319 |
| 描述 | dirigent protein 22-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 4004863 - 4005674 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131012763 |
|---|---|
| GeneID | 131012763 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131012763 |
| 原始查询 | LOC131012763 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | dirigent protein 22-like |
| 产物 | dirigent protein 22-like |
| Arabidopsis | AT2G21100 (AT2G21100)Disease resistance-responsive (dirigent-like protein) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816645] identity=33.8; qcov=0.841; evalue=1.95e-25; confidence=low |
| Rice | Os12g0174700- identity=35.4; qcov=0.835; evalue=1.84e-23; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03018 (Dirigent) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131012763 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057796768.1 |
| 2 | Cell wall | 细胞壁 | 0.20000 | XP_057796768.1 |
| 3 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057796768.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057796768.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057796768.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:4004979 |
T |
TG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 25 | A3,A4,A5,B115,B121,B46,B54,B69,B7,B75,C16,C27,C3,C37,C39,C43,C46,C63,C7,C71,C72,C8,C86,D5,D6 |
Chr2:4004995 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B21 |
Chr2:4004997 |
CAG |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 29 | A25,B10,B101,B106,B11,B125,B133,B135,B137,B15,B2,B25,B26,B29,B47,B65,B67,B85,B87,B99,C14,C18,C34,C48,C59,C65,C77,C79,C8 |
Chr2:4005014 |
TAC |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 73 | A1,A10,A11,A2,A23,A24,A3,A5,B109,B112,B12,B120,B121,B124,B125,B128,B133,B14,B140,B19,B20,B21,B22,B24,B27,B30,B31,B34,B46,B5,B60,B66,B70,B74,B78,B89,B9,B90,B92,B93,B94,B95,C1,C11,C15,C16,C17,C2,C21,C25,C28,C32,C37,C42,C44,C5,C50,C52,C58,C60,C62,C64,C66,C68,C69,C71,C73,C76,C78,C87,D11,D3,D4 |
Chr2:4005031 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B107,B40,C78,D10 |
Chr2:4005045 |
CAT |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 4 | B107,B40,C78,D10 |
Chr2:4005045 |
CAT |
C |
2bp_deletion | CDS_variant | 4 | B107,B40,C78,D10 |
Chr2:4005049 |
A |
ACG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 4 | B107,B40,C78,D10 |
Chr2:4005049 |
A |
ACG |
2bp_insertion | CDS_variant | 4 | B107,B40,C78,D10 |
Chr2:4005053 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B121,C37,C71 |
Chr2:4005091 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr2:4005112 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B107,B40,C78,D10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057796768.1PF03018
Dirigent 30-173 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057796768.1 |
Pfam | PF03018 |
Dirigent | Family | 30 | 173 | 3.6e-36 | 124.8 | Dirigent-like protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。