Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000423`

染色体: Chr02 坐标: 5414594-5417561 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000423`
名称	SmilChr02G000423
描述	protein JASON-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	5414594 - 5417561 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012806`
GeneID	`131012806`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012806`
原始查询	`LOC131012806`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein JASON-like
产物	protein JASON-like
Arabidopsis	`AT1G06660` (JASON) aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837176] identity=42.6; qcov=0.63; evalue=1.74e-07; confidence=low
Rice	`Os06g0670100` - identity=58.6; qcov=0.269; evalue=7.82e-06; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012806

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057796791.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057796791.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057796791.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057796791.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057796791.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:5416711`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C80
`Chr2:5416711`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C80
`Chr2:5416718`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XR_009097458.1
GAACAGTCATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAATCAATTGTATTCCTATTAAGATTTCTCCACACAACGATTTCGAAATCAATTGAAGTTGAAGACATTCATCATTATACAAGTAAATGGTATGGCGTGGTTTTTAGGAGTGAAGAAGAAGGAAGGTGAAAGATGGGCGTATTAGGGTTCCTGAGGAGAGTGGTAGCTGCAACTATGGGCTGTTTTCTCGGTTGTTTTGGAGTGAAAGACTCGCAC...

XM_057940808.1
TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAATCAATTGTATTCCTATTAAGATTTCTCCACACAACGATTTCGAAATCAATTGAAGTTGAAGACATTCATCATTATACAAGTAAATGGTATGGCGTGGTTTTTAGGAGTGAAGAAGAAGGAAGGTGAAAGATGGGCGTATTAGGGTTCCTGAGGAGAGTGGTAGCTGCAACTATGGGCTGTTTTCTCGGTTGTTTTGGAGTGAAAGACTCGCACTCTCGTCTCAAAACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012806
ATGTCTGAAGCAATTGATATTAAGGAGCTCAAGGATGAGGCCAAGTTCCTGAAAGCATGTGGAACTTTGCTTGAGACTCCTGTTGAAATTCATAAAGTCTCTCGTAAAAGGCTGGATACAGATGCTCACAAAGAAGAACTCAATCCATTGATGACCTGTGCATCCATTGAGAAACTGAAACTAAAGGATCCACTTGATGAATCTTCAACGCCTGTTAAAACTTGTGGAAAATGGGTAACTGGTGAAGGTTTTTTGAAACT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057796791.1
MSEAIDIKELKDEAKFLKACGTLLETPVEIHKVSRKRLDTDAHKEELNPLMTCASIEKLKLKDPLDESSTPVKTCGKWVTGEGFLKLYNDKTEVSAQDTLSIGRRFLR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器