Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000472

染色体: Chr02 坐标: 6458344-6465931 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000472
名称SmilChr02G000472
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62680, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向6458344 - 6465931 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012845
GeneID131012845
locus_tag-
NCBI NameLOC131012845
原始查询LOC131012845

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62680, mitochondrial-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62680%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT1G62670 (RPF2)
rna processing factor 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842564]
identity=29.3; qcov=0.932; evalue=3.15e-98; confidence=low
RiceOs10g0495200 (Rf4)
-
identity=27.6; qcov=1.03; evalue=2.46e-79; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012845

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.60000 XP_057796819.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.40000 XP_057796819.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796819.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796819.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796819.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:6458402 CTT C 2bp_deletion frameshift_variant 10 B11,B133,B19,B21,B25,B8,C1,C51,C77,D11
Chr2:6458464 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B64,B8,B83,C21,D1
Chr2:6458530 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B64,B8,B83,C21,D1
Chr2:6458555 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B137
Chr2:6458599 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:6458695 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B52,B74
Chr2:6458754 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B71,C30,C32
Chr2:6458764 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B29,B8,D11
Chr2:6458845 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 9 A4,B102,B77,B9,B95,C10,C14,C38,C51
Chr2:6458859 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr2:6458962 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 7 B23,B53,B65,B71,C32,C6,D3
Chr2:6458971 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,B131,B56,B96

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796819.1
660 aa
N
1
330
660
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR
PPR_long
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR
C
PF13041 PPR_2 59-107 aa PF01535 PPR 64-90 aa PF23276 TPR_24 163-269 aa PF01535 PPR 179-207 aa PF13812 PPR_3 201-256 aa PF12854 PPR_1 205-238 aa PF13041 PPR_2 210-257 aa PF01535 PPR 213-240 aa PF13812 PPR_3 233-274 aa PF12854 PPR_1 242-273 aa PF01535 PPR 247-274 aa PF13812 PPR_3 285-342 aa PF13041 PPR_2 296-344 aa PF01535 PPR 300-329 aa PF13041 PPR_2 331-380 aa PF01535 PPR 334-361 aa PF17177 PPR_long 352-496 aa PF13812 PPR_3 355-411 aa PF13041 PPR_2 369-414 aa PF01535 PPR 370-399 aa PF12854 PPR_1 397-430 aa PF01535 PPR 404-434 aa PF13041 PPR_2 409-450 aa PF13812 PPR_3 425-481 aa PF12854 PPR_1 432-465 aa PF13041 PPR_2 436-485 aa PF01535 PPR 439-468 aa PF12854 PPR_1 469-500 aa PF13041 PPR_2 471-519 aa PF01535 PPR 474-504 aa PF13812 PPR_3 494-551 aa PF12854 PPR_1 502-535 aa PF13041 PPR_2 506-554 aa PF01535 PPR 509-539 aa PF12854 PPR_1 537-565 aa PF01535 PPR 544-565 aa PF13812 PPR_3 573-625 aa PF12854 PPR_1 574-606 aa PF13041 PPR_2 578-626 aa PF01535 PPR 581-611 aa PF13041 PPR_2 613-658 aa PF01535 PPR 616-646 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796819.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 59 107 1.5e-142 464.3 PPR repeat family
XP_057796819.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 64 90 1.1e-85 276.8 PPR repeat
XP_057796819.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 163 269 4.3e-36 124.5 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057796819.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 179 207 1.1e-85 276.8 PPR repeat
XP_057796819.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 201 256 9.5e-63 208.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057796819.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 205 238 4.7e-111 362.9 PPR repeat
XP_057796819.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 210 257 1.5e-142 464.3 PPR repeat family
XP_057796819.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 213 240 1.1e-85 276.8 PPR repeat
XP_057796819.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 233 274 9.5e-63 208.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057796819.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 242 273 4.7e-111 362.9 PPR repeat
XP_057796819.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 247 274 1.1e-85 276.8 PPR repeat
XP_057796819.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 285 342 9.5e-63 208.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057796819.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 296 344 1.5e-142 464.3 PPR repeat family
XP_057796819.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 300 329 1.1e-85 276.8 PPR repeat
XP_057796819.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 331 380 1.5e-142 464.3 PPR repeat family
XP_057796819.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 334 361 1.1e-85 276.8 PPR repeat
XP_057796819.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 352 496 5.9e-34 118.0 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057796819.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 355 411 9.5e-63 208.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057796819.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 369 414 1.5e-142 464.3 PPR repeat family
XP_057796819.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 370 399 1.1e-85 276.8 PPR repeat
XP_057796819.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 397 430 4.7e-111 362.9 PPR repeat
XP_057796819.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 404 434 1.1e-85 276.8 PPR repeat
XP_057796819.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 409 450 1.5e-142 464.3 PPR repeat family
XP_057796819.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 425 481 9.5e-63 208.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057796819.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 432 465 4.7e-111 362.9 PPR repeat
XP_057796819.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 436 485 1.5e-142 464.3 PPR repeat family
XP_057796819.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 439 468 1.1e-85 276.8 PPR repeat
XP_057796819.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 469 500 4.7e-111 362.9 PPR repeat
XP_057796819.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 471 519 1.5e-142 464.3 PPR repeat family
XP_057796819.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 474 504 1.1e-85 276.8 PPR repeat
XP_057796819.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 494 551 9.5e-63 208.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057796819.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 502 535 4.7e-111 362.9 PPR repeat
XP_057796819.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 506 554 1.5e-142 464.3 PPR repeat family
XP_057796819.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 509 539 1.1e-85 276.8 PPR repeat
XP_057796819.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 537 565 4.7e-111 362.9 PPR repeat
XP_057796819.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 544 565 1.1e-85 276.8 PPR repeat
XP_057796819.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 573 625 9.5e-63 208.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057796819.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 574 606 4.7e-111 362.9 PPR repeat
XP_057796819.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 578 626 1.5e-142 464.3 PPR repeat family
XP_057796819.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 581 611 1.1e-85 276.8 PPR repeat
XP_057796819.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 613 658 1.5e-142 464.3 PPR repeat family
XP_057796819.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 616 646 1.1e-85 276.8 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940836.1
ATGATCTTCCCAAGATTCTTCTCCAATTCTTCATTCAAATCCTTCCCTGCTTATCACTCTTTTCTTGCATCCCTATTCAATTTTCATAACATCACACACTTTTCAACCACACCCAGATTCGATTCCAAGTCGCCCATCGCTCTATTTCACAAACTGGTGAAAACGCGGCCACGCCCTTCTGCTATTGAGTTCAATAACTTATTGACTGCTGCGGTGAAGATGGAACAGTACTATGTTGCCCTTCATATGTTCGATGAAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012845
ATGATCTTCCCAAGATTCTTCTCCAATTCTTCATTCAAATCCTTCCCTGCTTATCACTCTTTTCTTGCATCCCTATTCAATTTTCATAACATCACACACTTTTCAACCACACCCAGATTCGATTCCAAGTCGCCCATCGCTCTATTTCACAAACTGGTGAAAACGCGGCCACGCCCTTCTGCTATTGAGTTCAATAACTTATTGACTGCTGCGGTGAAGATGGAACAGTACTATGTTGCCCTTCATATGTTCGATGAAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796819.1
MIFPRFFSNSSFKSFPAYHSFLASLFNFHNITHFSTTPRFDSKSPIALFHKLVKTRPRPSAIEFNNLLTAAVKMEQYYVALHMFDEMLRRDAPTDHYTFNIAINCFCLLKRADFGFAVLGSILLVGKSLDAAKLLKRLLTEEWCKPDANTCLKMITMFSTPDMLSLLEKGRRKPHVYPYNPVIHCLCNDGMVDEVLELISVMDGKGILLDTMIYNSIIQGLCNFRRWDEVEEMLKKMVASKIHPDVYTFNILLDALCEEG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器