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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000541

染色体: Chr02 坐标: 7452971-7461152 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000541
名称SmilChr02G000541
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向7452971 - 7461152 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012894
GeneID131012894
locus_tag-
NCBI NameLOC131012894
原始查询LOC131012894

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
产物probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
ArabidopsisAT4G20140 (GSO1)
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827760]
identity=34.3; qcov=1.07; evalue=0; confidence=low
RiceOs02g0216000 (B1307A11.13)
-
identity=38.2; qcov=1.02; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012894

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057796857.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796857.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796857.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057796857.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057796857.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:7453022 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B42,B43,B85,C50
Chr2:7453025 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B16,B20,B90,C7
Chr2:7453107 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 1 B120
Chr2:7453107 C CA 1bp_insertion CDS_variant 1 B120
Chr2:7453115 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B103,B36,C63
Chr2:7453167 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B34,B49
Chr2:7453185 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr2:7453247 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13
Chr2:7453317 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B13,B24,B35
Chr2:7453328 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,C1,C19,D8
Chr2:7453456 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,D11
Chr2:7453539 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B105,B32,B40,C53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796857.1
1154 aa
N
1
577
1154
LRRNT_2
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 30-70 aa PF13855 LRR_8 130-182 aa PF00560 LRR_1 147-169 aa PF00560 LRR_1 171-193 aa PF00560 LRR_1 195-216 aa PF00560 LRR_1 268-290 aa PF00560 LRR_1 292-314 aa PF00560 LRR_1 366-387 aa PF00560 LRR_1 438-459 aa PF13855 LRR_8 438-496 aa PF00560 LRR_1 461-483 aa PF00560 LRR_1 562-584 aa PF00560 LRR_1 610-631 aa PF00560 LRR_1 659-680 aa PF00560 LRR_1 706-728 aa PF13855 LRR_8 706-765 aa PF00560 LRR_1 730-751 aa PF00560 LRR_1 754-771 aa PF00069 Pkinase 873-1141 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 876-1144 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796857.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 30 70 2.1e-08 35.0 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057796857.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 130 182 2e-48 162.7 Leucine rich repeat
XP_057796857.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 147 169 6.1e-64 198.8 Leucine Rich Repeat
XP_057796857.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 171 193 6.1e-64 198.8 Leucine Rich Repeat
XP_057796857.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 195 216 6.1e-64 198.8 Leucine Rich Repeat
XP_057796857.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 268 290 6.1e-64 198.8 Leucine Rich Repeat
XP_057796857.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 292 314 6.1e-64 198.8 Leucine Rich Repeat
XP_057796857.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 366 387 6.1e-64 198.8 Leucine Rich Repeat
XP_057796857.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 438 459 6.1e-64 198.8 Leucine Rich Repeat
XP_057796857.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 438 496 2e-48 162.7 Leucine rich repeat
XP_057796857.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 461 483 6.1e-64 198.8 Leucine Rich Repeat
XP_057796857.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 562 584 6.1e-64 198.8 Leucine Rich Repeat
XP_057796857.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 610 631 6.1e-64 198.8 Leucine Rich Repeat
XP_057796857.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 659 680 6.1e-64 198.8 Leucine Rich Repeat
XP_057796857.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 706 728 6.1e-64 198.8 Leucine Rich Repeat
XP_057796857.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 706 765 2e-48 162.7 Leucine rich repeat
XP_057796857.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 730 751 6.1e-64 198.8 Leucine Rich Repeat
XP_057796857.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 754 771 6.1e-64 198.8 Leucine Rich Repeat
XP_057796857.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 873 1141 2.7e-39 135.9 Protein kinase domain
XP_057796857.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 876 1144 9e-40 137.3 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940874.1
ATCACAATTTGCAGCCATGGAGAAAAAGCTTTATTGCATTTTTGCATTCCTCACCATAACCTTCCAAATGCTTTCTACTGAAGCCAAACAACCTATGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACTACACATCACCTCCGACCCTTCTCTTTTACTTTCAACTAATTGGACCAATTCGAGCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTACGCCACCAAAGAGTAACTGCGTTGAATCTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012894
ATGGAGAAAAAGCTTTATTGCATTTTTGCATTCCTCACCATAACCTTCCAAATGCTTTCTACTGAAGCCAAACAACCTATGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACTACACATCACCTCCGACCCTTCTCTTTTACTTTCAACTAATTGGACCAATTCGAGCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTACGCCACCAAAGAGTAACTGCGTTGAATCTCTCCAACATGGCTCTCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796857.1
MEKKLYCIFAFLTITFQMLSTEAKQPMSLATDQTALLSLKLHITSDPSLLLSTNWTNSSSVCSWIGVTCSLRHQRVTALNLSNMALSGTIPPQLGHLSFLVSLDLTSNLFHGDLPQELSLLRRLKFISFRLNNFTGDIPPMFGQLPKLEYLNLRNNSFAGFIPKSLSNLTNLQFLDLTSNSLSGEIPNELGRLQSLQILSVQYNHLSGTIPSAIFNISTLVAIGFTDNELSGSLPTDMCRNLPSFTGLYLSDNQLSGAIP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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