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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000611

染色体: Chr02 坐标: 8921257-8928200 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000611
名称SmilChr02G000611
描述sulfite exporter TauE/SafE family protein 2-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向8921257 - 8928200 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012941
GeneID131012941
locus_tag-
NCBI NameLOC131012941
原始查询LOC131012941

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述sulfite exporter TauE/SafE family protein 2-like
产物sulfite exporter TauE/SafE family protein 2-like
ArabidopsisAT1G61740 (AT1G61740)
Sulfite exporter TauE/SafE family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842471]
identity=54; qcov=1.03; evalue=1.53e-141; confidence=high
RiceOs01g0786800
-
identity=48.1; qcov=0.914; evalue=4.89e-102; confidence=high
GOGO:0016020 (membrane); GO:0016567 (protein ubiquitination); GO:0031464 (Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex)
KEGG-
PfamPF01925 (TauE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012941

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 1.00000 XP_057796898.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 1.00000 XP_057796898.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057796898.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057796898.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057796898.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:8921655 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr2:8921718 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A4,B45,B90,B92,C12
Chr2:8922395 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C33
Chr2:8922703 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B14,C13
Chr2:8922743 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C33
Chr2:8927705 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr2:8927788 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,B131,B78,C85
Chr2:8927830 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796898.1
443 aa
N
1
222
443
TauE
TauE
C
PF01925 TauE 66-174 aa PF01925 TauE 266-413 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796898.1 Pfam PF01925 TauE Family 66 174 1.3e-24 87.9 Sulfite exporter TauE/SafE
XP_057796898.1 Pfam PF01925 TauE Family 266 413 1.3e-24 87.9 Sulfite exporter TauE/SafE

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940915.1
TAAAAAGTATTTTGTCATATAATATATCATCATAGTGAGTAAGACAAAACATAATTCTTTTTTTTTTCTTTATTAACGCAACAAATTGTTACACAATATTAAACCCGTAATCGAATTGTGTACGCCTCTATGAATTGTCACCACAAGCCCACAACATATCCACAGAGAAAACCACAAAATGCAGAGAACCAAAGTAACGAAGCACAAATTCCCAACACTCCTTTTCCTTGTCATCTTCACCACCACCTTCGATATTTCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012941
ATGCAGAGAACCAAAGTAACGAAGCACAAATTCCCAACACTCCTTTTCCTTGTCATCTTCACCACCACCTTCGATATTTCCCATGCAAAATCCATTTCTCAACATCTCCTCTTCCACCAAACCCTAAATTCAACTCATCCATGGCTGAAACTCCCCCAATTTCCGCAAGTCCACATCCAATCCCTCCTCGCCGGAATCCTCTCCTTCCTCGCGGCCGCAGTCTCCAGCGCCGGCGGAATCGGCGGCGGCGGCCTATTCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796898.1
MQRTKVTKHKFPTLLFLVIFTTTFDISHAKSISQHLLFHQTLNSTHPWLKLPQFPQVHIQSLLAGILSFLAAAVSSAGGIGGGGLFIPILTIAAGLDLKTASSYSAFMVTGGSIANVGCHMVSRRRTAGIDYDIALLSEPCMLLGVSCGVILNVMLPEWLITISFAIFLAFCTFKTCKSGVFFWNLESEIGRNRDREIEGGECKVPLLRDEKGKSEIPWVKVGMLLLIWFSFFVLYLLRGNSHGQGIINIESCGKGYWII...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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