当前解析结果
SmilChr02G000615| 统一新 Gene ID | SmilChr02G000615 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G000615 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G000615 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 8958899 - 8960162 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131012954 |
|---|---|
| GeneID | 131012954 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131012954 |
| 原始查询 | LOC131012954 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | OsLIS-L1; symbol=OsLIS-L1; hit=Os08g0162100; species=rice; confidence=low |
| 产物 | OsLIS-L1; symbol=OsLIS-L1; hit=Os08g0162100; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os08g0162100 (OsLIS-L1)- identity=63; qcov=0.326; evalue=7.16e-12; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131012954 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057796918.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057796918.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057796918.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057796918.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057796918.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:8959327 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 6 | B16,B23,B71,C10,C54,C57 |
Chr2:8959330 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B27 |
Chr2:8959538 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B26,C42 |
Chr2:8959546 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B82,C20,C8 |
Chr2:8959556 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B137,B18,B68,B93,C22 |
Chr2:8959571 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D5 |
Chr2:8959582 |
T |
TG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | D5 |
Chr2:8959582 |
T |
TG |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | D5 |
Chr2:8959604 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A7,B129 |
Chr2:8959648 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | D5 |
Chr2:8959648 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D5 |
Chr2:8959681 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 74 | A14,A15,A2,A5,B107,B110,B111,B114,B118,B119,B126,B131,B132,B134,B137,B138,B15,B21,B22,B25,B31,B33,B34,B37,B38,B40,B53,B56,B58,B59,B60,B66,B71,B76,B79,B83,B84,B86,B88,B9,B90,B91,B92,B99,C16,C17,C2,C22,C23,C25,C26,C27,C28,C3,C31,C34,C38,C40,C41,C43,C45,C46,C5,C52,C55,C57,C65,C68,C69,C72,C78,C87,D4,D9 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。