Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000622`

染色体: Chr02 坐标: 9212839-9216753 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000622`
名称	SmilChr02G000622
描述	nuclear transport factor 2-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	9212839 - 9216753 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012955`
GeneID	`131012955`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012955`
原始查询	`LOC131012955`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	nuclear transport factor 2-like
产物	nuclear transport factor 2-like
Arabidopsis	`AT1G11570` (NTL) NTF2-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837700] identity=64.3; qcov=0.991; evalue=4.98e-48; confidence=medium
Rice	`Os08g0532300` (NTF2) - identity=60.8; qcov=0.836; evalue=9.93e-38; confidence=medium
GO	GO:0006913 (nucleocytoplasmic transport); GO:0044613 (nuclear pore central transport channel)
KEGG	-
Pfam	PF02136 (NTF2); PF22602 (NXF_NTF2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012955

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057796919.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057796919.1`
3	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057796919.1`
4	Nucleoplasm	核质	0.60000	`XP_057796919.1`
5	Nucleus membrane	核膜	0.20000	`XP_057796919.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:9212990`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	31	A10,A18,B107,B118,B123,B131,B139,B140,B27,B35,B4,B44,B5,B72,B77,B9,B93,C11,C2,C32,C44,C51,C67,C68,C69,C73,C80,C81,C83,D7,D9
`Chr2:9213011`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A8,B25,B68,B97
`Chr2:9213017`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B17
`Chr2:9213920`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	5	B113,B135,B74,C17,C86
`Chr2:9213920`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	5	B113,B135,B74,C17,C86
`Chr2:9214030`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C32,C68
`Chr2:9214098`	`AGT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B72
`Chr2:9214098`	`AGT`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796919.1

135 aa

135

NTF2

NXF_NTF2

PF02136 NTF2 18-132 aa PF22602 NXF_NTF2 20-49 aa

XP_057796920.1

116 aa

116

NTF2

NXF_NTF2

PF02136 NTF2 18-111 aa PF22602 NXF_NTF2 20-49 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057796919.1`	Pfam	`PF02136`	NTF2	Domain	18	132	1.3e-35	123.0	Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain
`XP_057796919.1`	Pfam	`PF22602`	NXF_NTF2	Domain	20	49	2.5e-12	47.9	Nuclear RNA export factor, NTF2 domain
`XP_057796920.1`	Pfam	`PF02136`	NTF2	Domain	18	111	8.8e-26	91.4	Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain
`XP_057796920.1`	Pfam	`PF22602`	NXF_NTF2	Domain	20	49	1.7e-07	32.2	Nuclear RNA export factor, NTF2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940936.1
TGTTCGTGCTCTTCGTGTCGTTCTGGGCCGTGAAGAAGGTGATTTTCTTGGATAATTGGAAGACAGGGTATGGCATTCACGGCTACATGCCTACGAGCTGGCAGTGATTGTGATGAATGTGTGTGGTTCTCTGGCTTTAGCTATGGAAGAACAGGCCAAAGTTGTGGGAGCAGCCTTCGTCGACCACTACTACCACCTCTTCGACCACGACCGGACCGCCCTCATCTCGCTCTATCATCCGACGTCTATGCTCACGTTCG...

XM_057940937.1
TGTTCGTGCTCTTCGTGTCGTTCTGGGCCGTGAAGAAGGTGATTTTCTTGGATAATTGGAAGACAGGGTATGGCATTCACGGCTACATGCCTACGAGCTGGCAGTGATTGTGATGAATGTGTGTGGTTCTCTGGCTTTAGCTATGGAAGAACAGGCCAAAGTTGTGGGAGCAGCCTTCGTCGACCACTACTACCACCTCTTCGACCACGACCGGACCGCCCTCATCTCGCTCTATCATCCGACGTCTATGCTCACGTTCG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131012955
ATGAATGTGTGTGGTTCTCTGGCTTTAGCTATGGAAGAACAGGCCAAAGTTGTGGGAGCAGCCTTCGTCGACCACTACTACCACCTCTTCGACCACGACCGGACCGCCCTCATCTCGCTCTATCATCCGACGTCTATGCTCACGTTCGAGGGGCAGAGGATTCAAGGGGCCGATCACATCTCAGCTAAGATCAACCAGCTGCCGTTTGATCAATGCCACCATGTCATCAGCACCGTTGATTGCCAGCCTTCGGCCTTTGC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057796919.1
MNVCGSLALAMEEQAKVVGAAFVDHYYHLFDHDRTALISLYHPTSMLTFEGQRIQGADHISAKINQLPFDQCHHVISTVDCQPSAFAGGVVVFVSGSLQLEGEEHPLRFSQMFQLIPTGEGSYFVQNDMFRLNYG

XP_057796920.1
MNVCGSLALAMEEQAKVVGAAFVDHYYHLFDHDRTALISLYHPTSMLTFEGQRIQGADHISAKINQLPFDQCHHVISTVDCQPSAFAGGVVVFVSGSLQLEGEEHPLRFSQCRCFS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器