Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004236`

染色体: Chr02 坐标: 64545081-64552300 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004236`
名称	SmilChr02G004236
描述	uncharacterized SmilChr02G004236
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	64545081 - 64552300 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012979`
GeneID	`131012979`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012979`
原始查询	`LOC131012979`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834226]; symbol=AT5G42210; hit=AT5G42210; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834226]; symbol=AT5G42210; hit=AT5G42210; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G42210` (AT5G42210) Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834226] identity=57.3; qcov=0.946; evalue=3.96e-173; confidence=high
Rice	`Os11g0151500` (OsENA1) - identity=35; qcov=0.966; evalue=9.49e-89; confidence=medium
GO	GO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG	-
Pfam	PF07690 (MFS_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012979

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole membrane	液泡膜	0.60000	`XP_057796951.1`
2	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	0.20000	`XP_057796951.1`
3	Secretory vesicle	Secretory vesicle	0.20000	`XP_057796951.1`
4	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057796951.1`
5	Lysosome membrane	溶酶体膜	0.20000	`XP_057796951.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:64545245`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B12,C57
`Chr2:64545329`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B129,C22
`Chr2:64545340`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B126,B95,C11,C47,C69
`Chr2:64550056`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C15
`Chr2:64550532`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B140,B69,C26,C4,C5
`Chr2:64550982`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B109,D10
`Chr2:64551703`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B131,C27,D8
`Chr2:64551733`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B120,B77,C49,C71
`Chr2:64551931`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B131,B57,B9,C47,C67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796951.1

443 aa

222

443

MFS_1

PF07690 MFS_1 10-378 aa PF07690 MFS_1 243-425 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057796951.1`	Pfam	`PF07690`	MFS_1	Family	10	378	1.5e-35	123.5	Major Facilitator Superfamily
`XP_057796951.1`	Pfam	`PF07690`	MFS_1	Family	243	425	1.5e-35	123.5	Major Facilitator Superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940968.1
ATAATAAAGAGGAGCTTGTAGACACTATATATACACACACCTCTGCAAGCTTCAATATTAGAGAGCTGAGAACTTCTTCTTCTCTTCACTACTTCATTTTTCTCCCCCCCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACACAATGGAGAAGGTGTTAGGGCTGAGCCACCTCTTCATGACGGTGTTCCTCTACTGCTTCGCCAACTTCATGGTGGGTCCGGCCATCACCGACGTCACCATGGCGGCGCTTTGCCCCGGAAAAGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012979
ATGGAGAAGGTGTTAGGGCTGAGCCACCTCTTCATGACGGTGTTCCTCTACTGCTTCGCCAACTTCATGGTGGGTCCGGCCATCACCGACGTCACCATGGCGGCGCTTTGCCCCGGAAAAGACGAATGCTCCTTGGCCATATATCTCACCGGAGCTCAACAGGCGGTGACTGGATTGGGATCACTCATGATAATGCCTTTGGTTGGGAATCTTTCCGACATTTATGGAAGAAAAGTGATGCTCACAGTTCCCATGACTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057796951.1
MEKVLGLSHLFMTVFLYCFANFMVGPAITDVTMAALCPGKDECSLAIYLTGAQQAVTGLGSLMIMPLVGNLSDIYGRKVMLTVPMTLSIFPLLILAYSRTRYYFYAYYVLKTLFSMATEGSVQFLALAYVADNVSESRRAAVFGVMSGFASSSFVFGNFSTRFLSTSAVFQVAAAMSVVALVYMRIFLQESVANHAASCKTSETDCLLEKSPSKNWKLFKTLPSLNESISLLKTSPTFSKAAMVAFFINVADVGLFASLT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器