当前解析结果
SmilChr01G005751| 统一新 Gene ID | SmilChr01G005751 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G005751 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G005751 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 73588147 - 73589837 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131012984 |
|---|---|
| GeneID | 131012984 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131012984 |
| 原始查询 | LOC131012984 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | sulfate transporter 4;2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820431]; symbol=SULTR4;2; hit=AT3G12520; species=arabidopsis; confidence=low |
| 产物 | sulfate transporter 4;2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820431]; symbol=SULTR4;2; hit=AT3G12520; species=arabidopsis; confidence=low |
| Arabidopsis | AT3G12520 (SULTR4;2)sulfate transporter 4;2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820431] identity=65.6; qcov=0.425; evalue=7.26e-34; confidence=low |
| Rice | Os09g0240500 (OsSultr4)- identity=70; qcov=0.377; evalue=3.96e-31; confidence=low |
| GO | GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01740 (STAS) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131012984 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.40000 | XP_057796962.1 |
| 2 | Lipid droplet | 脂滴 | 0.40000 | XP_057796962.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057796962.1 |
| 4 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057796962.1 |
| 5 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.20000 | XP_057796962.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:73588372 |
G |
GTC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B52 |
Chr1:73588372 |
G |
GTC |
2bp_insertion | CDS_variant | 1 | B52 |
Chr1:73588373 |
G |
GT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B52 |
Chr1:73588373 |
G |
GT |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | B52 |
Chr1:73588567 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B133,B17,C52 |
Chr1:73588627 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B122 |
Chr1:73588650 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B7 |
Chr1:73588910 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A25,B17,C19,C52 |
Chr1:73588917 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A25,B17,C19,C52 |
Chr1:73589528 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 75 | A11,A16,A19,A2,A20,A9,B1,B100,B108,B112,B113,B117,B120,B125,B126,B13,B130,B133,B136,B139,B140,B2,B20,B22,B24,B27,B3,B34,B40,B42,B43,B45,B48,B55,B58,B59,B60,B61,B66,B85,B88,B89,B90,B92,B93,B97,C11,C14,C16,C18,C2,C21,C22,C23,C28,C4,C41,C42,C5,C52,C55,C57,C61,C68,C69,C72,C76,C78,C79,C8,C86,C87,C9,D11,D2 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057796962.1PF01740
STAS 82-142 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057796962.1 |
Pfam | PF01740 |
STAS | Domain | 82 | 142 | 6.2e-11 | 42.7 | STAS domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。