Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005751

染色体: Chr01 坐标: 73588147-73589837 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005751
名称SmilChr01G005751
描述uncharacterized SmilChr01G005751
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向73588147 - 73589837 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131012984
GeneID131012984
locus_tag-
NCBI NameLOC131012984
原始查询LOC131012984

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述sulfate transporter 4;2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820431]; symbol=SULTR4;2; hit=AT3G12520; species=arabidopsis; confidence=low
产物sulfate transporter 4;2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820431]; symbol=SULTR4;2; hit=AT3G12520; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT3G12520 (SULTR4;2)
sulfate transporter 4;2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820431]
identity=65.6; qcov=0.425; evalue=7.26e-34; confidence=low
RiceOs09g0240500 (OsSultr4)
-
identity=70; qcov=0.377; evalue=3.96e-31; confidence=low
GOGO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF01740 (STAS)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131012984

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.40000 XP_057796962.1
2 Lipid droplet 脂滴 0.40000 XP_057796962.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057796962.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057796962.1
5 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057796962.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:73588372 G GTC 2bp_insertion frameshift_variant 1 B52
Chr1:73588372 G GTC 2bp_insertion CDS_variant 1 B52
Chr1:73588373 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 1 B52
Chr1:73588373 G GT 1bp_insertion CDS_variant 1 B52
Chr1:73588567 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B133,B17,C52
Chr1:73588627 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr1:73588650 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B7
Chr1:73588910 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A25,B17,C19,C52
Chr1:73588917 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A25,B17,C19,C52
Chr1:73589528 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 75 A11,A16,A19,A2,A20,A9,B1,B100,B108,B112,B113,B117,B120,B125,B126,B13,B130,B133,B136,B139,B140,B2,B20,B22,B24,B27,B3,B34,B40,B42,B43,B45,B48,B55,B58,B59,B60,B61,B66,B85,B88,B89,B90,B92,B93,B97,C11,C14,C16,C18,C2,C21,C22,C23,C28,C4,C41,C42,C5,C52,C55,C57,C61,C68,C69,C72,C76,C78,C79,C8,C86,C87,C9,D11,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796962.1
212 aa
N
1
106
212
STAS
C
PF01740 STAS 82-142 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057796962.1 Pfam PF01740 STAS Domain 82 142 6.2e-11 42.7 STAS domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057940979.1
ATGGTCTACTCTGAGGTGCGGACCCCGCCGGATGTGATACTCCTCCATTCTCAGCCGTCCGATCTCATCCCTAGAAAAACCACTACATTCTTTTCGAATCCGAATGTGAATCCAACTTGTTCATTGTTTTCTCTCTTTGATTCTGCATTATTCACTTGGAAAAGCCGCGGATTCGGCCCTTTTCCATCTCTGATTTGCTGCGCTCCTTTTCCCACCGACTGCTTCTACTTTTGTTGCAAACTCGCTGTCACTTACATAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131012984
ATGGTCTACTCTGAGGTGCGGACCCCGCCGGATGTGATACTCCTCCATTCTCAGCCGTCCGATCTCATCCCTAGAAAAACCACTACATTCTTTTCGAATCCGAATGTGAATCCAACTTGTTCATTGTTTTCTCTCTTTGATTCTGCATTATTCACTTGGAAAAGCCGCGGATTCGGCCCTTTTCCATCTCTGATTTGCTGCGCTCCTTTTCCCACCGACTGCTTCTACTTTTGTTGCAAACTCGCTGTCACTTACATAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057796962.1
MVYSEVRTPPDVILLHSQPSDLIPRKTTTFFSNPNVNPTCSLFSLFDSALFTWKSRGFGPFPSLICCAPFPTDCFYFCCKLAVTYIDSSAVQALKDLYHEYRSRNIQIAVSNPNRDVLLTLTRAEVVDLIGREWFFVRVHDAVQVCLQHVQSLTDSSMSQSPLLEKKSSLFNRLLKQRSEEAALSQLESGNREISASRDDAGHLEPLLSKKT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器