Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004259`

染色体: Chr02 坐标: 64803428-64805227 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004259`
名称	SmilChr02G004259
描述	tetrahydroberberine oxidase-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	64803428 - 64805227 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012994`
GeneID	`131012994`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012994`
原始查询	`LOC131012994`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	tetrahydroberberine oxidase-like
产物	tetrahydroberberine oxidase-like
Arabidopsis	`AT4G20820` (AT4G20820) FAD-binding Berberine family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827830] identity=51; qcov=0.972; evalue=6.78e-177; confidence=high
Rice	`Os06g0548100` - identity=47; qcov=0.987; evalue=1.94e-158; confidence=high
GO	GO:0016491 (oxidoreductase activity); GO:0071949 (FAD binding)
KEGG	-
Pfam	PF01565 (FAD_binding_4); PF08031 (BBE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012994

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	0.80000	`XP_057796976.1`
2	Cell wall	细胞壁	0.20000	`XP_057796976.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057796976.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057796976.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057796976.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:64803586`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	19	A3,B102,B106,B109,B128,B19,B20,B24,B30,B60,B75,B90,B92,B99,C21,C28,C38,C44,C50
`Chr2:64803652`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B40
`Chr2:64803703`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B20,B90,B92,C21,C73
`Chr2:64803705`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B17,B61
`Chr2:64803750`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C47
`Chr2:64803750`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C47
`Chr2:64803760`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B19,B60,B84
`Chr2:64803760`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B19,B60,B84
`Chr2:64803865`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B80
`Chr2:64804128`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr2:64804214`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C54
`Chr2:64804280`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A10,B14,B140,B19,B28

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057796976.1

531 aa

266

531

FAD_binding_4

BBE

PF01565 FAD_binding_4 77-213 aa PF08031 BBE 467-525 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057796976.1`	Pfam	`PF01565`	FAD_binding_4	Domain	77	213	9.5e-25	87.6	FAD binding domain
`XP_057796976.1`	Pfam	`PF08031`	BBE	Domain	467	525	4.9e-20	71.9	Berberine and berberine like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057940993.1
ATTAATAAAAATGAATCATCGACCCTCACTAAAAAGAAAAAAGAAAAAGAAAAAGAGAAAATGAAGACATCTGGGCTGCTCCTGAAAATCAGCCTAATTTGTTCATTATCATGCACAGTTGTTGTTACTCAGAGCGATGAGAAATTTGTCCAATGCCTCGAATCCCATCACAACTCATCATCAAACCCCATTTCCGAAGTCGTTTACACCCAAAAAAACTCGTCCTACACATCTACACTGCTTTTCTCCATACAAAACAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012994
ATGAAGACATCTGGGCTGCTCCTGAAAATCAGCCTAATTTGTTCATTATCATGCACAGTTGTTGTTACTCAGAGCGATGAGAAATTTGTCCAATGCCTCGAATCCCATCACAACTCATCATCAAACCCCATTTCCGAAGTCGTTTACACCCAAAAAAACTCGTCCTACACATCTACACTGCTTTTCTCCATACAAAACATACGTTTCGTGTCGCCTTGGATGCCCAAGCCAGCATTCATCGTCACCCCTTTCACCGAGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057796976.1
MKTSGLLLKISLICSLSCTVVVTQSDEKFVQCLESHHNSSSNPISEVVYTQKNSSYTSTLLFSIQNIRFVSPWMPKPAFIVTPFTESHIQAAVVCSKAHALQLRVRCGGHDYEGLSYSSNLPFVIIDLKNLTSIDIDAQNRVAWVGGGVLLGNLSYEIAKVSPNFAFPNGLCPTVGVGGHFSGGGYGTLLRKYGLAADNVVDARIVNARGQVLDRKSMGEDLFWAIRGGGGASFGIITAWKITLVQVPDAVTVFTVNRSL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器