当前解析结果
SmilChr02G004272| 统一新 Gene ID | SmilChr02G004272 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G004272 |
| 描述 | dehydrin ERD14-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 64921711 - 64922918 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131013014 |
|---|---|
| GeneID | 131013014 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131013014 |
| 原始查询 | LOC131013014 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | dehydrin ERD14-like |
| 产物 | dehydrin ERD14-like |
| Arabidopsis | AT1G20440 (COR47)cold-regulated 47 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838632] identity=40.6; qcov=1.14; evalue=6.96e-17; confidence=low |
| Rice | Os02g0669100 (LIP9)- identity=38.2; qcov=0.537; evalue=1.74e-09; confidence=low |
| GO | GO:0009415 (response to water); GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00257 (Dehydrin) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131013014 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057796997.1 |
| 2 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.80000 | XP_057796997.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057796997.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057796997.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057796997.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:64921938 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C7 |
Chr2:64922069 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A4,C20 |
Chr2:64922570 |
GCC |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 2 | A18,B16 |
Chr2:64922570 |
GCC |
G |
2bp_deletion | CDS_variant | 2 | A18,B16 |
Chr2:64922574 |
A |
AGG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 2 | A18,B16 |
Chr2:64922574 |
A |
AGG |
2bp_insertion | CDS_variant | 2 | A18,B16 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057796997.1PF00257
Dehydrin 37-164 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057796997.1 |
Pfam | PF00257 |
Dehydrin | Family | 37 | 164 | 2.6e-23 | 83.9 | Dehydrin |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。