Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004264`

染色体: Chr02 坐标: 64843914-64845650 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004264`
名称	SmilChr02G004264
描述	uncharacterized SmilChr02G004264
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	64843914 - 64845650 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013020`
GeneID	`131013020`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013020`
原始查询	`LOC131013020`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838631]; symbol=AT1G20430; hit=AT1G20430; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838631]; symbol=AT1G20430; hit=AT1G20430; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT1G20430` (AT1G20430) uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838631] identity=47.1; qcov=0.791; evalue=1.36e-24; confidence=medium
Rice	`Os06g0213900` - identity=43.2; qcov=0.736; evalue=2.23e-18; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013020

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057797005.1`
2	Mitochondrion membrane	线粒体膜	1.00000	`XP_057797005.1`
3	Mitochondrion inner membrane	线粒体内膜	0.20000	`XP_057797005.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057797005.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057797005.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:64844123`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B57
`Chr2:64844143`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	4	B113,B25,B29,C74
`Chr2:64844143`	`A`	`AG`	1bp_insertion	CDS_variant	4	B113,B25,B29,C74
`Chr2:64844150`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A24
`Chr2:64844173`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B134,B35,B98,C59,C62
`Chr2:64844198`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	45	A11,A14,A19,A21,A7,A8,A9,B100,B101,B113,B122,B129,B131,B137,B14,B2,B20,B21,B28,B29,B32,B35,B39,B51,B60,B61,B65,B7,B81,B92,B99,C11,C14,C25,C29,C30,C41,C43,C45,C5,C51,C55,C64,C74,D10
`Chr2:64844291`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A10,B14,B19,B28
`Chr2:64844320`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B101,B66,B91
`Chr2:64844337`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C47
`Chr2:64844438`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	37	A10,A24,A6,A8,B100,B103,B11,B123,B125,B129,B136,B138,B139,B17,B2,B21,B25,B29,B32,B39,B5,B57,B7,B79,B82,B86,B9,B91,B94,C23,C25,C30,C31,C36,C45,C64,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA

XM_057941022.1
ATTAAACAGTGAATAAATTAGAATCCTAAATAGCCCAGAACATTGACCAATTGGGCCTTGAAACCACATTTTTCAGTCTAATTCGGCAAATTCCCCAAATCATCCCATTCTCCAAGTTTCACCCTCACTCACTCACCGGAAGCCGCCTCAAGAAAATGAGCACCCCCACTCCACCGTCTGTTGAAACCCGTTTTCGAACCGCTGACGGTCGCCTCAAGTATCCTGGCCTCATCACAACTGCTAAGAAACACAAATCAAAC...

XM_057941023.1
AAATTAGAATCCTAAATAGCCCAGAACATTGACCAATTGGGCCTTGAAACCACATTTTTCAGTCTAATTCGGCAAATTCCCCAAATCATCCCATTCTCCAAGTTTCACCCTCACTCACTCACCGGAAGCCGCCTCAAGCTCTATTGATTAGGTTTCTGAGGTGTTGAATTGTTGTTTGAGGACAGAAAATGAGCACCCCCACTCCACCGTCTGTTGAAACCCGTTTTCGAACCGCTGACGGTCGCCTCAAGTATCCTGGC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA

LOC131013020
ATGAGCACCCCCACTCCACCGTCTGTTGAAACCCGTTTTCGAACCGCTGACGGTCGCCTCAAGTATCCTGGCCTCATCACAACTGCTAAGAAACACAAATCAAACTTTGTGCAGCTCTTCATTATGTCTGGAGTCCTACTGATGAGCATAGGATCTCTCGGCCAGAAGTACCGCCTTCACGAGCTCACGGAGGATGCCATTGTCCTCAAAGAAGAGCAAGAGAGCATCATTGCTCGCATGAATCACATCAAGCAGAGCCT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA

XP_057797005.1
MSTPTPPSVETRFRTADGRLKYPGLITTAKKHKSNFVQLFIMSGVLLMSIGSLGQKYRLHELTEDAIVLKEEQESIIARMNHIKQSLRAEAAAEPTGAFAARLRLLLGDE

XP_057797006.1
MSTPTPPSVETRFRTADGRLKYPGLITTAKKHKSNFVQLFIMSGVLLMSIGSLGQKYRLHELTEDAIVLKEEQESIIARMNHIKQSLRAEAAAEPTGAFAARLRLLLGDE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器