当前解析结果
SmilChr02G004297| 统一新 Gene ID | SmilChr02G004297 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G004297 |
| 描述 | 14 kDa zinc-binding protein |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 65342364 - 65344829 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131013038 |
|---|---|
| GeneID | 131013038 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131013038 |
| 原始查询 | LOC131013038 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | 14 kDa zinc-binding protein |
| 产物 | 14 kDa zinc-binding protein |
| Arabidopsis | AT1G31160 (HINT 2)HISTIDINE TRIAD NUCLEOTIDE-BINDING 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840001] identity=62.7; qcov=1.04; evalue=4.58e-74; confidence=high |
| Rice | Os03g0322500- identity=64.9; qcov=0.708; evalue=2.6e-60; confidence=high |
| GO | GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006790 (sulfur compound metabolic process); GO:0009150 (purine ribonucleotide metabolic process); GO:0047627 (adenylylsulfatase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01230 (HIT); PF11969 (DcpS_C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131013038 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057797013.1 |
| 2 | Chloroplast stroma | 叶绿体基质 | 0.60000 | XP_057797013.1 |
| 3 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.20000 | XP_057797013.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057797013.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057797013.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:65342747 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A7,B45,B73,C37,D3 |
Chr2:65343250 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B33,B46 |
Chr2:65344248 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B133 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057797013.1PF11969
DcpS_C 74-176 aa
PF01230
HIT 82-179 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057797013.1 |
Pfam | PF11969 |
DcpS_C | Family | 74 | 176 | 5.4e-23 | 82.3 | Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding |
XP_057797013.1 |
Pfam | PF01230 |
HIT | Domain | 82 | 179 | 1.1e-27 | 97.2 | HIT domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。