Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004299`

染色体: Chr02 坐标: 65371560-65372703 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004299`
名称	SmilChr02G004299
描述	F-box/kelch-repeat protein At3g23880-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	65371560 - 65372703 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013039`
GeneID	`131013039`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013039`
原始查询	`LOC131013039`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	F-box/kelch-repeat protein At3g23880-like
产物	F-box/kelch-repeat protein At3g23880-like
Arabidopsis	`AT3G06240` (AT3G06240) F-box family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819798] identity=30.6; qcov=0.994; evalue=4.15e-22; confidence=low
Rice	`Os09g0517800` (OsFbox499) - identity=24.9; qcov=1.18; evalue=2.65e-13; confidence=weak
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00646 (F-box); PF07734 (FBA_1); PF08268 (FBA_3); PF12937 (F-box-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013039

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057797014.1`
2	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057797014.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057797014.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057797014.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057797014.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:65371685`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C39
`Chr2:65371777`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr2:65371828`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	7	B13,B132,B41,B51,C49,C70,C78
`Chr2:65371912`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B48,B73,B76
`Chr2:65371912`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B48,B73,B76
`Chr2:65371926`	`G`	`GCT`	2bp_insertion	frameshift_variant	4	B48,B68,B73,B76
`Chr2:65371926`	`G`	`GCT`	2bp_insertion	CDS_variant	4	B48,B68,B73,B76
`Chr2:65371933`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	6	A14,C46,C5,C67,C7,C75
`Chr2:65371934`	`C`	`CG`	1bp_insertion	frameshift_variant	41	A13,A22,A4,A7,A9,B11,B130,B131,B132,B14,B23,B37,B47,B49,B51,B52,B6,B67,B9,B98,C1,C13,C20,C29,C33,C37,C41,C57,C6,C63,C64,C65,C66,C70,C76,C79,C85,D2,D3,D7,D8
`Chr2:65371947`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	34	A14,A15,A20,B109,B111,B119,B121,B123,B125,B135,B137,B2,B21,B39,B54,B59,B66,B77,B87,B96,B97,C15,C17,C31,C37,C42,C43,C45,C46,C49,C52,C7,C75,D9
`Chr2:65371962`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B131,B48,B73,B76
`Chr2:65371985`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	53	A14,A15,A20,B109,B111,B118,B119,B121,B123,B125,B127,B13,B135,B137,B16,B2,B20,B21,B24,B29,B39,B45,B54,B59,B6,B66,B72,B77,B80,B84,B87,B97,C13,C15,C17,C20,C31,C34,C37,C39,C42,C43,C44,C45,C46,C49,C52,C67,C7,C75,C78,D5,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797014.1

332 aa

166

332

F-box

F-box-like

FBA_3

FBA_1

PF00646 F-box 10-49 aa PF12937 F-box-like 11-47 aa PF08268 FBA_3 66-256 aa PF07734 FBA_1 84-259 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057797014.1`	Pfam	`PF00646`	F-box	Domain	10	49	3.3e-09	37.0	F-box domain
`XP_057797014.1`	Pfam	`PF12937`	F-box-like	Domain	11	47	3.4e-07	30.6	F-box-like
`XP_057797014.1`	Pfam	`PF08268`	FBA_3	Repeat	66	256	2.3e-21	76.9	F-box associated beta propeller domain
`XP_057797014.1`	Pfam	`PF07734`	FBA_1	Repeat	84	259	6.1e-23	82.0	F-box associated beta propeller domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057941031.1
TCTGTCGAAATCAGTGGCGCCGCCAGCCATGGAGACCCGAAACACACGCCGATCTCTCCATCTCCCAGAAGAAATCATCGAAGAAATACTGTCAAGACTTGCGGTGAAATCAGTGTTGAGATTGAGGTGCGTTTTGAAGTCATGGCGGTCTTTGATCGACAGCGAAAGATTCATCAAAACCCACCTCCAAAATTCACTAAAAGACACAGCTTTTTCCCATCACAGGCTCATTCCTTATTATTCTCTGACCTTGAGCGGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131013039
ATGGAGACCCGAAACACACGCCGATCTCTCCATCTCCCAGAAGAAATCATCGAAGAAATACTGTCAAGACTTGCGGTGAAATCAGTGTTGAGATTGAGGTGCGTTTTGAAGTCATGGCGGTCTTTGATCGACAGCGAAAGATTCATCAAAACCCACCTCCAAAATTCACTAAAAGACACAGCTTTTTCCCATCACAGGCTCATTCCTTATTATTCTCTGACCTTGAGCGGCTATAGGGAGTTGTTTTATATCGTGGGTTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057797014.1
METRNTRRSLHLPEEIIEEILSRLAVKSVLRLRCVLKSWRSLIDSERFIKTHLQNSLKDTAFSHHRLIPYYSLTLSGYRELFYIVGCCNGLVCCIIHELGRFFLWNPATRISKELPKIENVDRLLSTYGFGWDESTGVYKVFVLFYPSSRGSKRMGKVYSSNTNSWKTVERCDFLRVHGKGHFVNGKLHWLREEKNVREIVTFDLKKEEFGLMKLPYESISVRLGVNEGRLITTCENKDEFDIWVMEQDSSWVKVKATDV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器