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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004307`

染色体: Chr02 坐标: 65445620-65449962 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004307`
名称	SmilChr02G004307
描述	phenylalanine--tRNA ligase, chloroplastic/mitochondrial
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	65445620 - 65449962 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013047`
GeneID	`131013047`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013047`
原始查询	`LOC131013047`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	phenylalanine--tRNA ligase, chloroplastic/mitochondrial
产物	phenylalanine--tRNA ligase%2C chloroplastic/mitochondrial
Arabidopsis	`AT3G58140` (AT3G58140) phenylalanyl-tRNA synthetase class IIc family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824983] identity=79.5; qcov=0.889; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os12g0533700` - identity=82.8; qcov=0.846; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000049 (tRNA binding); GO:0004826 (phenylalanine-tRNA ligase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005739 (mitochondrion); GO:0006432 (phenylalanyl-tRNA aminoacylation)
KEGG	smil00970 (Aminoacyl-tRNA biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01409 (tRNA-synt_2d); PF03147 (FDX-ACB)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013047

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057797027.1`
2	Mitochondrion matrix	线粒体基质	0.60000	`XP_057797027.1`
3	Chloroplast	叶绿体	0.40000	`XP_057797027.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057797027.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057797027.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:65447044`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B46
`Chr2:65447406`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B63,B75,B83,C4
`Chr2:65448143`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr2:65448454`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	157	A11,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A23,A4,A7,A8,A9,B1,B100,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B107,B11,B110,B111,B112,B114,B115,B118,B119,B121,B122,B123,B124,B125,B127,B129,B130,B131,B133,B134,B136,B138,B14,B16,B17,B18,B20,B21,B22,B23,B24,B26,B29,B3,B30,B31,B35,B36,B37,B38,B39,B45,B48,B50,B52,B53,B54,B56,B57,B59,B61,B62,B63,B67,B68,B7,B71,B73,B75,B78,B79,B8,B82,B84,B85,B86,B88,B90,B91,B92,B94,B95,B96,B98,B99,C10,C11,C14,C15,C17,C18,C19,C20,C21,C22,C25,C32,C33,C34,C35,C36,C37,C38,C4,C42,C43,C44,C45,C46,C48,C5,C50,C51,C52,C55,C56,C57,C58,C6,C60,C61,C63,C64,C65,C66,C68,C69,C7,C71,C72,C73,C75,C76,C79,C80,C82,C84,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D8,D9
`Chr2:65448456`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	149	A11,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A23,A4,A7,A8,A9,B1,B100,B101,B102,B103,B104,B105,B107,B11,B110,B111,B112,B114,B118,B119,B121,B122,B123,B124,B125,B129,B130,B131,B133,B134,B136,B138,B14,B17,B18,B20,B21,B22,B23,B24,B26,B29,B3,B30,B31,B35,B36,B37,B38,B39,B45,B48,B50,B52,B53,B54,B56,B57,B59,B61,B62,B63,B67,B68,B7,B71,B73,B75,B78,B79,B8,B82,B84,B85,B86,B88,B90,B91,B92,B94,B95,B96,B98,B99,C10,C11,C14,C15,C17,C18,C20,C21,C22,C32,C33,C34,C35,C36,C37,C38,C4,C42,C43,C44,C45,C46,C48,C50,C51,C52,C55,C56,C57,C58,C6,C61,C63,C64,C65,C66,C68,C69,C7,C71,C72,C73,C75,C76,C79,C80,C82,C84,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D8,D9
`Chr2:65449701`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B90,B92
`Chr2:65449773`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797027.1

434 aa

217

434

tRNA-synt_2d

FDX-ACB

PF01409 tRNA-synt_2d 121-331 aa PF03147 FDX-ACB 344-434 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057797027.1`	Pfam	`PF01409`	tRNA-synt_2d	Domain	121	331	1.3e-49	169.6	tRNA synthetases class II core domain (F)
`XP_057797027.1`	Pfam	`PF03147`	FDX-ACB	Domain	344	434	4.9e-22	78.9	Ferredoxin-fold anticodon binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057941044.1
AACAAATCGAGTCCTTCACCACAGCCACTGTTGTGTGAGAAAGCTTAACTGGGAGCAGACACAGCTTCCATGGCGTCTTCATTTTCATTGGTTCACTCCGCCACCTTATTGAAGAATTCTATCCTTTTTCGACGCACCAGAACCTTAGCTTTTTCCCTCCACCTCTCGCCTTTCTCCACCTCATCCTCCGCTTTTTCTTCCGATACACTTTACGCGCATAAGAAGTCGAGGCAACCAGTTTCCGCCACGCTTCTCGAACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131013047
ATGGCGTCTTCATTTTCATTGGTTCACTCCGCCACCTTATTGAAGAATTCTATCCTTTTTCGACGCACCAGAACCTTAGCTTTTTCCCTCCACCTCTCGCCTTTCTCCACCTCATCCTCCGCTTTTTCTTCCGATACACTTTACGCGCATAAGAAGTCGAGGCAACCAGTTTCCGCCACGCTTCTCGAACTCGGCGGCGTGCCAATTTGCAGGGATGAAATTGTGAAGGATGATCCGACGAACAATGTTCCTGATTCCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057797027.1
MASSFSLVHSATLLKNSILFRRTRTLAFSLHLSPFSTSSSAFSSDTLYAHKKSRQPVSATLLELGGVPICRDEIVKDDPTNNVPDSIFSKLGLQLHRRNNHPLGILKNAIFDYFDTNYPNKFAKFDNLCPIVSVKANFDDVLVPADHVSRSLNDTYYVDSQTVLRCHTSAHQAELLREGHTHFLVIGDVYRRDSIDATHYPVFHQMEGVRVFNPADWEGSGKDGTLFAAEDLKKCLEGLARHLFGGVEMRWIDTYFPFTN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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