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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004306

染色体: Chr02 坐标: 65443613-65445499 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004306
名称SmilChr02G004306
描述urease accessory protein D
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向65443613 - 65445499 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013048
GeneID131013048
locus_tag-
NCBI NameLOC131013048
原始查询LOC131013048

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述urease accessory protein D
产物urease accessory protein D
ArabidopsisAT2G35035 (URED)
urease accessory protein D [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818068]
identity=47.5; qcov=1.19; evalue=1.15e-70; confidence=high
RiceOs02g0173000
-
identity=57.7; qcov=0.254; evalue=4.03e-17; confidence=weak
GOGO:0006807 (GO:0006807); GO:0016151 (nickel cation binding)
KEGG-
PfamPF01774 (UreD)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013048

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057797028.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057797033.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057797028.1
4 Autophagic vesicle Autophagic vesicle 0.20000 XP_057797030.1
5 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.20000 XP_057797031.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:65443894 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B108,B50,C23
Chr2:65443901 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C22
Chr2:65443974 C CAA 2bp_insertion frameshift_variant 79 A1,A15,A22,A24,A4,A7,B10,B100,B105,B108,B11,B113,B126,B13,B134,B135,B14,B140,B15,B18,B19,B2,B20,B22,B27,B28,B29,B34,B41,B43,B45,B48,B49,B55,B58,B63,B65,B67,B7,B71,B72,B73,B75,B83,B85,B87,B89,B91,B93,B94,C11,C16,C18,C20,C23,C26,C33,C35,C36,C37,C38,C4,C48,C49,C55,C57,C58,C60,C62,C69,C70,C76,C78,C83,D3,D4,D5,D6,D8
Chr2:65443980 TCG T 2bp_deletion frameshift_variant 79 A1,A15,A22,A24,A4,A7,B10,B100,B105,B108,B11,B113,B126,B13,B134,B135,B14,B140,B15,B18,B19,B2,B20,B22,B27,B28,B29,B34,B41,B43,B45,B48,B49,B55,B58,B63,B65,B67,B7,B71,B72,B73,B75,B83,B85,B87,B89,B91,B93,B94,C11,C16,C18,C20,C23,C26,C33,C35,C36,C37,C38,C4,C48,C49,C55,C57,C58,C60,C62,C69,C70,C76,C78,C83,D3,D4,D5,D6,D8
Chr2:65444005 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,B69,C12,C74,D7
Chr2:65444010 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109
Chr2:65444011 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109
Chr2:65444047 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B16,C7
Chr2:65444646 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B95
Chr2:65444646 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 B95
Chr2:65444958 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B40,B46,C1,C53
Chr2:65444997 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D10,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797028.1
307 aa
N
1
154
307
UreD
C
PF01774 UreD 8-305 aa
XP_057797029.1
303 aa
N
1
152
303
UreD
C
PF01774 UreD 8-301 aa
XP_057797030.1
283 aa
N
1
142
283
UreD
C
PF01774 UreD 6-281 aa
XP_057797031.1
279 aa
N
1
140
279
UreD
C
PF01774 UreD 6-277 aa
XP_057797032.1
229 aa
N
1
114
229
UreD
C
PF01774 UreD 7-120 aa
XP_057797033.1
205 aa
N
1
102
205
UreD
C
PF01774 UreD 6-96 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797028.1 Pfam PF01774 UreD Domain 8 305 3.3e-48 165.1 UreD urease accessory protein
XP_057797029.1 Pfam PF01774 UreD Domain 8 301 3.5e-50 171.6 UreD urease accessory protein
XP_057797030.1 Pfam PF01774 UreD Domain 6 281 1.4e-51 176.2 UreD urease accessory protein
XP_057797031.1 Pfam PF01774 UreD Domain 6 277 1.5e-53 182.7 UreD urease accessory protein
XP_057797032.1 Pfam PF01774 UreD Domain 7 120 2.4e-21 77.0 UreD urease accessory protein
XP_057797033.1 Pfam PF01774 UreD Domain 6 96 1.1e-24 88.0 UreD urease accessory protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941047.1
TTTTGCTACACATTTTCTTTTGTTAAGTGCCACCTGCAAATTCTTGTTCTTGGGAGTATTCCTATGCCTATCCTAGCATGTTCTGTGCAATTGGCAGATAATATTAATCAAAACTTAAATAATTTAGATAATTTTTTAGTATAAAATCCTCAAACAAGGCTATATGTGCTGAGAGAGTCGTCTTTCTACTTTCATATTGAAGAGAGAGAGAAAAGGATGGAGAGAGGAAAGTTGATTGTGGAGAGGGTGGAAGGGAAGTC...
XM_057941048.1
TTTTGCTACACATTTTCTTTTGTTAAGTGCCACCTGCAAATTCTTGTTCTTGGGAGTATTCCTATGCCTATCCTAGCATGTTCTGTGCAATTGGCAGATAATATTAATCAAAACTTAAATAATTTAGATAATTTTTTAGTATAAAATCCTCAAACAAGGCTATATGTGCTGAGAGAGTCGTCTTTCTACTTTCATATTGAAGAGAGAGAGAAAAGGATGGAGAGAGGAAAGTTGATTGTGGAGAGGGTGGAAGGGAAGTC...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131013048
ATGGAGAGAGGAAAGTTGATTGTGGAGAGGGTGGAAGGGAAGTCGACGCTAACTCGCTGCTTTTCCAAGTACCCCTTCAAATTTATCGTCCCCAAAAAGGTGGCTTTTTCAATTTTGTTTAGATTGAAAATCGTATCTCCATTTTCAAATATCGTATCATTCCAACACCAGGTGGGCTCCTCCCAAACCGATGCTGTCTGGATTTACACCATCACCTACGGCGGCGGCATCGTCTCTGGGGATTCAATTGCTTTTGATGT...
LOC131013048
ATGGAGAGAGGAAAGTTGATTGTGGAGAGGGTGGAAGGGAAGTCGACGCTAACTCGCTGCTTTTCCAAGTACCCCTTCAAATTTATCGTCCCCAAAAAGGTGGCTTTTTCAATTTTGTTTAGATTGAAAATCGTATCTCCATTTTCAAATATCGTATCATTCCAACACCAGGTGGGCTCCTCCCAAACCGATGCTGTCTGGATTTACACCATCACCTACGGCGGCGGCATCGTCTCTGGGGATTCAATTGCTTTTGATGT...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057797028.1
MERGKLIVERVEGKSTLTRCFSKYPFKFIVPKKVAFSILFRLKIVSPFSNIVSFQHQVGSSQTDAVWIYTITYGGGIVSGDSIAFDVTVADGCNAVLTTQSSTKVYKSIESKCSEQVLEASIGQDALLVVIPDPVTCFSTARYSQTQNFKLVTDSSLLLVDWITSGRHERGEKWAFSHYKSTNRILLQPTQPLFLDTLLMQILLEQGSHGSIADRMNDYQAIAMIVLLGPKLKHIQNQIEEDVRKIMSQRPSISSSKPNF...
XP_057797029.1
MERGKLIVERVEGKSTLTRCFSKYPFKFIVPKKVAFSILFRLKIVSPFSNIVSFQHQVGSSQTDAVWIYTITYGGGIVSGDSIAFDVTVADGCNAVLTTQSSTKVYKSIESKCSEQVLEASIGQDALLVVIPDPVTCFSTARYSQTQNFKLVTDSSLLLVDWITSGRHERGEKWAFSHYKSTNRILLQPTQPLFLDTILLEQGSHGSIADRMNDYQAIAMIVLLGPKLKHIQNQIEEDVRKIMSQRPSISSSKPNFIASC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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