Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004370`

染色体: Chr02 坐标: 66025735-66034194 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004370`
名称	SmilChr02G004370
描述	transcription factor MYB114-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	66025735 - 66034194 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013117`
GeneID	`131013117`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013117`
原始查询	`LOC131013117`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcription factor MYB114-like
产物	transcription factor MYB114-like
Arabidopsis	`AT5G52600` (MYB82) myb domain protein 82 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835337] identity=63.1; qcov=0.631; evalue=4.25e-45; confidence=medium
Rice	`Os01g0695900` (OsMyb4) - identity=59.5; qcov=0.688; evalue=1.35e-45; confidence=medium
GO	GO:0000976 (transcription cis-regulatory region binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0030154 (cell differentiation)
KEGG	-
Pfam	PF00249 (Myb_DNA-binding); PF13921 (Myb_DNA-bind_6)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013117

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057797113.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057797113.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057797113.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057797113.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057797113.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:66026241`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C76
`Chr2:66026241`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C76
`Chr2:66033980`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797113.1

176 aa

176

Myb_DNA-binding

Myb_DNA-bind_6

Myb_DNA-binding

Myb_DNA-bind_6

PF00249 Myb_DNA-binding 17-64 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 20-69 aa PF00249 Myb_DNA-binding 70-111 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 70-115 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057797113.1`	Pfam	`PF00249`	Myb_DNA-binding	Domain	17	64	2e-33	114.9	Myb-like DNA-binding domain
`XP_057797113.1`	Pfam	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	Domain	20	69	6.7e-19	68.5	Myb-like DNA-binding domain
`XP_057797113.1`	Pfam	`PF00249`	Myb_DNA-binding	Domain	70	111	2e-33	114.9	Myb-like DNA-binding domain
`XP_057797113.1`	Pfam	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	Domain	70	115	6.7e-19	68.5	Myb-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057941130.1
AACTATAAAAAGAGAGTTGTTCACATTTTAAAGCAAGAATTTTTTTTTCCATGGTAGCCTCAACTTCGATCAAAGAGAAGCAGCGGCCGTCCAAGAAGAGAGGGCCGTGGACGGCGGAGGAGGACCAGAAAATCACGGCCGCTGTCGCTGTCCACGGCGCCAAGCAGTGGGCCACCATTGCTGCTAGTTCAGGTTTATCGCGTGGTGCTAAGAGCTGCAGGGTGAGATGGATGAATTATCTGAGGCCAAACATCATGTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131013117
ATGGTAGCCTCAACTTCGATCAAAGAGAAGCAGCGGCCGTCCAAGAAGAGAGGGCCGTGGACGGCGGAGGAGGACCAGAAAATCACGGCCGCTGTCGCTGTCCACGGCGCCAAGCAGTGGGCCACCATTGCTGCTAGTTCAGGTTTATCGCGTGGTGCTAAGAGCTGCAGGGTGAGATGGATGAATTATCTGAGGCCAAACATCATGTCTGATCAAGAAGAGGACTTGATCATCAGGCTGCATAAACTCCTCGGAAACAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057797113.1
MVASTSIKEKQRPSKKRGPWTAEEDQKITAAVAVHGAKQWATIAASSGLSRGAKSCRVRWMNYLRPNIMSDQEEDLIIRLHKLLGNRWSLIAARLPGRTDNEIKNYWKHHLSKKRLEKKGVVVAGISSDQHKGTSVSSKSVEISVSEAKIDDFFDFSNEHPSTLEWVTKFLEFGDT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器