Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004381`

染色体: Chr02 坐标: 66165166-66169186 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004381`
名称	SmilChr02G004381
描述	phospholipid:diacylglycerol acyltransferase 1-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	66165166 - 66169186 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013127`
GeneID	`131013127`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013127`
原始查询	`LOC131013127`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	phospholipid:diacylglycerol acyltransferase 1-like
产物	phospholipid:diacylglycerol acyltransferase 1-like
Arabidopsis	`AT5G13640` (PDAT) phospholipid:diacylglycerol acyltransferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831208] identity=74.4; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os09g0444200` (P0046G12.50-1) - identity=75.9; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006629 (lipid metabolic process); GO:0008374 (GO:0008374)
KEGG	smil00561 (Glycerolipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF02450 (LCAT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013127

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	0.80000	`XP_057797137.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.60000	`XP_057797137.1`
3	Golgi apparatus	高尔基体	0.40000	`XP_057797137.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057797137.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057797137.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:66165590`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B109,B34
`Chr2:66167319`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr2:66167422`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6
`Chr2:66167915`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B136,B56,B96,C20
`Chr2:66168311`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B14
`Chr2:66168584`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B109,B34
`Chr2:66168773`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B130,B137
`Chr2:66168806`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B109,B34,B84,C37,C82
`Chr2:66168817`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B86
`Chr2:66168915`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797137.1

658 aa

329

658

LCAT

PF02450 LCAT 120-371 aa PF02450 LCAT 459-618 aa

XP_057797138.1

516 aa

258

516

LCAT

PF02450 LCAT 3-229 aa PF02450 LCAT 317-476 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057797137.1`	Pfam	`PF02450`	LCAT	Family	120	371	1.8e-63	215.9	Lecithin:cholesterol acyltransferase
`XP_057797137.1`	Pfam	`PF02450`	LCAT	Family	459	618	1.8e-63	215.9	Lecithin:cholesterol acyltransferase
`XP_057797138.1`	Pfam	`PF02450`	LCAT	Family	3	229	9.6e-59	200.3	Lecithin:cholesterol acyltransferase
`XP_057797138.1`	Pfam	`PF02450`	LCAT	Family	317	476	9.6e-59	200.3	Lecithin:cholesterol acyltransferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057941154.1
AACAGTAATAAAAAAAGTGGCAAAAAAAAGAAAATAAAAGGAATGTGTTCATAACTGCAAACAGCAGAAATTCAACCGCTAAACACAATCCACCACTTCCTCTCTCTCTCTCACAGTCTCACTCCATCCACCCAATCCCCAGCCCCTTCCAGAACTCCCGCCATCTTTCCTCCGCCGCAGCGCCACTGATCCCACCATCACACAATCTTCCAATCAATGCAAGCACCAACTAGCAACTATGCCTAGCTATTTGTTGGCTG...

XM_057941155.1
GAGGATACATGTCGCTGCTGAGGAGAAGAAGGGGCGGGCAGGATGAGCCGGGAAGGGCGCCCGACGCGGAGGAGAGGAAGCCGGAGCACCGGAGAGCCGAGAAGAAGTGGTCTTGCTTGGACAACTGCTGCTGGTTCATCGGTACGTCACGGATGCGATAAGGGGCCCACTGCCCGATCCGCCCGGGCTGAAGCTGAAGAAGGAGGGGCTGGCGGCGAAGCACCCCGTCGTCTTCGTGCCCGGGATTGTGACCGCCGGAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131013127
ATGTCGCTGCTGAGGAGAAGAAGGGGCGGGCAGGATGAGCCGGGAAGGGCGCCCGACGCGGAGGAGAGGAAGCCGGAGCACCGGAGAGCCGAGAAGAAGTGGTCTTGCTTGGACAACTGCTGCTGGTTCATCGGGTGCGTGTGCGTTACGTGGTGGGTGCTGCTCTTCTTGTATAATTTGATGCCTTCCTCTTTTCCGCAGTACGTCACGGATGCGATAAGGGGCCCACTGCCCGATCCGCCCGGGCTGAAGCTGAAGAA...

LOC131013127
ATGTCGTTGGACAACGAGACTGGTTTGGATCCACCTGGTGTGAGGGTCAGACCTGTGACTGGTCTAGTAGCTGCAGATTACTTTGCACCGGGATACTTTGTGTGGGCGGTTCTGATTGCAAATCTTGCTCAGATTGGATACGAGGAGAAGACTATGTACATGGCTACGTATGATTGGAGACTCTCGTTTCAGAACACAGAGGTGCGCGACCAGTCACTCAGTAGGATTAAGAGTAACATAGAACTTATGGTTTCTACAAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057797137.1
MSLLRRRRGGQDEPGRAPDAEERKPEHRRAEKKWSCLDNCCWFIGCVCVTWWVLLFLYNLMPSSFPQYVTDAIRGPLPDPPGLKLKKEGLAAKHPVVFVPGIVTAGLELWEGHQCAEGLFRKRLWGGTFGSVYKRPLCWVEHMSLDNETGLDPPGVRVRPVTGLVAADYFAPGYFVWAVLIANLAQIGYEEKTMYMATYDWRLSFQNTEVRDQSLSRIKSNIELMVSTNGGNKAVIIPHSMGVLYFLHFMKWVEVPAPMG...

XP_057797138.1
MSLDNETGLDPPGVRVRPVTGLVAADYFAPGYFVWAVLIANLAQIGYEEKTMYMATYDWRLSFQNTEVRDQSLSRIKSNIELMVSTNGGNKAVIIPHSMGVLYFLHFMKWVEVPAPMGGGGGPDWCAKHIKAVLNIGGPFLGVPKAVSGLFSAEAKDIAVARAIAPGVLDQDLFHIQTLQYLMKMTRTWDSTMSMIPKGGDTIWGDLDCSPEDSYIPSRRRRNTTDEPILTEDESKETKPKRRHYGRIISFGKDIAQADS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器