当前解析结果
SmilChr02G004397| 统一新 Gene ID | SmilChr02G004397 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G004397 |
| 描述 | transcription factor MYB26-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 66326188 - 66327944 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131013146 |
|---|---|
| GeneID | 131013146 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131013146 |
| 原始查询 | LOC131013146 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | transcription factor MYB26-like |
| 产物 | transcription factor MYB26-like |
| Arabidopsis | AT3G13890 (MYB26)myb domain protein 26 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820602] identity=60.7; qcov=0.622; evalue=2.3e-73; confidence=high |
| Rice | Os01g0709000- identity=72.6; qcov=0.476; evalue=1.8e-73; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00249 (Myb_DNA-binding); PF13921 (Myb_DNA-bind_6) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131013146 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057797163.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057797163.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057797163.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057797163.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057797163.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:66326467 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 14 | A6,B124,B128,B19,B5,B6,B60,B65,B75,B86,B99,C28,C63,D2 |
Chr2:66326478 |
AGG |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 21 | A10,A23,A6,B124,B128,B19,B5,B6,B60,B65,B75,B86,B99,C10,C2,C28,C32,C63,C68,C81,D2 |
Chr2:66326610 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B138 |
Chr2:66327320 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B115,C45 |
Chr2:66327591 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B16 |
Chr2:66327727 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B69 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057797163.1PF00249
Myb_DNA-binding 45-92 aa
PF13921
Myb_DNA-bind_6 48-105 aa
PF00249
Myb_DNA-binding 98-141 aa
PF13921
Myb_DNA-bind_6 101-146 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057797163.1 |
Pfam | PF00249 |
Myb_DNA-binding | Domain | 45 | 92 | 4.1e-34 | 117.2 | Myb-like DNA-binding domain |
XP_057797163.1 |
Pfam | PF13921 |
Myb_DNA-bind_6 | Domain | 48 | 105 | 5.2e-20 | 72.1 | Myb-like DNA-binding domain |
XP_057797163.1 |
Pfam | PF00249 |
Myb_DNA-binding | Domain | 98 | 141 | 4.1e-34 | 117.2 | Myb-like DNA-binding domain |
XP_057797163.1 |
Pfam | PF13921 |
Myb_DNA-bind_6 | Domain | 101 | 146 | 5.2e-20 | 72.1 | Myb-like DNA-binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。