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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004416

染色体: Chr02 坐标: 66500323-66504938 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004416
名称SmilChr02G004416
描述protein HEADING DATE 3B-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向66500323 - 66504938 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013166
GeneID131013166
locus_tag-
NCBI NameLOC131013166
原始查询LOC131013166

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein HEADING DATE 3B-like
产物protein HEADING DATE 3B-like
ArabidopsisAT3G21320 (AT3G21320)
EARLY FLOWERING protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821686]
identity=34.2; qcov=0.633; evalue=2.53e-44; confidence=low
RiceOs06g0142600 (HD3B)
-
identity=34.1; qcov=0.694; evalue=5.57e-39; confidence=low
GOGO:2000028 (regulation of photoperiodism, flowering)
KEGGsmil04712 (Circadian rhythm - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF27565 (ELF3_helical)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013166

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057797195.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797195.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797195.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057797195.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057797195.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:66500870 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:66500875 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr2:66501052 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B118,B78,C27,C8
Chr2:66501053 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D2
Chr2:66501396 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B62,C64,C66,C77
Chr2:66502787 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B3,B31,B46
Chr2:66503977 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B42,B43
Chr2:66504030 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B53,B71,C45
Chr2:66504059 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B69,C36
Chr2:66504078 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,B120,B19,B77
Chr2:66504779 A AAG 2bp_insertion frameshift_variant 69 A10,A11,A16,A18,A2,A21,A23,A3,A8,B103,B104,B106,B109,B110,B118,B119,B120,B124,B132,B138,B14,B19,B23,B24,B3,B31,B33,B34,B43,B46,B49,B53,B58,B60,B65,B7,B70,B71,B73,B77,B78,B79,B80,B82,B9,B98,C17,C24,C25,C26,C27,C38,C40,C42,C45,C50,C51,C54,C56,C60,C63,C73,C74,C8,C83,C86,D3,D4,D6
Chr2:66504793 G GAT 2bp_insertion frameshift_variant 1 C5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797195.1
715 aa
N
1
358
715
ELF3_helical
C
PF27565 ELF3_helical 387-412 aa
XP_057797196.1
713 aa
N
1
356
713
ELF3_helical
C
PF27565 ELF3_helical 387-409 aa
XP_057797197.1
614 aa
N
1
307
614
ELF3_helical
C
PF27565 ELF3_helical 281-311 aa
XP_057797198.1
593 aa
N
1
296
593
ELF3_helical
C
PF27565 ELF3_helical 260-290 aa
XP_057797199.1
591 aa
N
1
296
591
ELF3_helical
C
PF27565 ELF3_helical 260-287 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797195.1 Pfam PF27565 ELF3_helical Domain 387 412 1.9e-09 37.9 ELF3 helical domain
XP_057797196.1 Pfam PF27565 ELF3_helical Domain 387 409 4.7e-08 33.4 ELF3 helical domain
XP_057797197.1 Pfam PF27565 ELF3_helical Domain 281 311 1.6e-09 38.1 ELF3 helical domain
XP_057797198.1 Pfam PF27565 ELF3_helical Domain 260 290 1.5e-09 38.2 ELF3 helical domain
XP_057797199.1 Pfam PF27565 ELF3_helical Domain 260 287 3.8e-08 33.7 ELF3 helical domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941213.1
AAAAGAATGTTGTCCGAAAAATAAAACCAAGCTCACCTCCCATTTCTTACTCTATTTTGCAGCCCAAAGATCGATTTTTTTTTTTTTTTTTAACATTCAAAGATCGAAAATTTGACCCCAAAAAATATGTTCTTTCAATTGATATCTATCTCTCTCTCTTTCCAATTTTTAGGTGATGCGATCTTTTTTTCAGGTCATGAGCTTAGGTTAATTTATCTGCAATGGTGTGGAATAAGTGGGATTTTGTTATTTAGTTTGAG...
XM_057941212.1
AAAGAATGTTGTCCGAAAAATAAAACCAAGCTCACCTCCCATTTCTTACTCTATTTTGCAGCCCAAAGATCGATTTTTTTTTTTTTTTTTAACATTCAAAGATCGAAAATTTGACCCCAAAAAATATGTTCTTTCAATTGATATCTATCTCTCTCTCTTTCCAATTTTTAGGTGATGCGATCTTTTTTTCAGGTCATGAGCTTAGGTTAATTTATCTGCAATGGTGTGGAATAAGTGGGATTTTGTTATTTAGTTTGAGG...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131013166
ATGTTCTTTCAATTGATATCTATCTCTCTCTCTTTCCAATTTTTAGGTGATGCGATCTTTTTTTCAGGTCATGAGGTTGCTGGTGTAAAACGGAAAGTACGGCCTGTATTAGCTGCAATGAACGAATATCCTCACTCTCCAGAGTGGTACTACTCTCATTGTTCTGGTGGGGTGTCAGGAACATCAAATTATCAGAATCCAGGTTCCTCGTCCGGCCTAATGATGAAAGCCAAGTGTATCTCGGTTCAACCACCATGTGG...
LOC131013166
ATGTTCTTTCAATTGATATCTATCTCTCTCTCTTTCCAATTTTTAGGTGATGCGATCTTTTTTTCAGGTCATGAGCTTAGGTTAATTTATCTGCAATGGTGTGGAATAAGTGGGATTTTGTTATTTAGTTTGAGGGAGAGTGGAATGAAAGGTGAAAAAGATGAAGGGAAGCAAATGGTTCCTCTGTTTCCTGGCCTTCATATTAGTGATGGAGATAAAGGAGGGCCTAGGGCGCCTCCTAGGAACAAGATGGCTCTTTT...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057797195.1
MFFQLISISLSFQFLGDAIFFSGHELRLIYLQWCGISGILLFSLRESGMKGEKDEGKQMVPLFPGLHISDGDKGGPRAPPRNKMALFEEYSVNSQGPELRSGPRPLLPVPLGSGCTNFVSQASSSNVAGVKRKVRPVLAAMNEYPHSPEWYYSHCSGGVSGTSNYQNPGSSSGLMMKAKCISVQPPCGFSSYSNCCTDENDFGVSSFLQSGKILNYGNPQLHVKKEKLDAFSSKLSKVTKTGDQENSKLTLNNVGNRISH...
XP_057797196.1
MFFQLISISLSFQFLGDAIFFSGHELRLIYLQWCGISGILLFSLRESGMKGEKDEGKQMVPLFPGLHISDGDKGGPRAPPRNKMALFEEYSVNSQGPELRSGPRPLLPVPLGSGCTNFVSQASSSNVAGVKRKVRPVLAAMNEYPHSPEWYYSHCSGGVSGTSNYQNPGSSSGLMMKAKCISVQPPCGFSSYSNCCTDENDFGVSSFLQSGKILNYGNPQLHVKKEKLDAFSSKLSKVTKTGDQENSKLTLNNVGNRISH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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