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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004419

染色体: Chr02 坐标: 66519711-66520752 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004419
名称SmilChr02G004419
描述jacalin-related lectin 19-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向66519711 - 66520752 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013170
GeneID131013170
locus_tag-
NCBI NameLOC131013170
原始查询LOC131013170

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述jacalin-related lectin 19-like
产物jacalin-related lectin 19-like
ArabidopsisAT1G73040 (AT1G73040)
Mannose-binding lectin superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843635]
identity=59.5; qcov=0.742; evalue=2.84e-71; confidence=high
RiceOs01g0775500
-
identity=50.3; qcov=0.765; evalue=3.7e-47; confidence=medium
GOGO:0030246 (carbohydrate binding)
KEGG-
PfamPF01419 (Jacalin)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013170

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057797203.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057797203.1
3 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057797203.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797203.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797203.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:66520031 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B136,B56,B96,C20
Chr2:66520061 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C14,C37
Chr2:66520086 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B131,B40,C14,D11
Chr2:66520336 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B13,B69,C36
Chr2:66520356 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B109,B34
Chr2:66520410 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B136,B56,B96,C20
Chr2:66520566 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B56,B96,C20
Chr2:66520575 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B56,B96,C20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797203.1
213 aa
N
1
106
213
Jacalin
C
PF01419 Jacalin 39-175 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797203.1 Pfam PF01419 Jacalin Repeat 39 175 5.9e-43 147.2 Jacalin-like lectin domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941220.1
CACATATTCAAAGCAATGAGATGGAATTTAAACCGCTAATATTTGAACCTCTAAACTAGAAAAGGCAAACTTTATTCCTCTTGCTTGTAATGGAATTAGATACTAGAGCAAAAGTAAAACATTCTTCTTGTATATATATATAGTGATTAGTGATGATGTGTTTCAGCATTGCAATCAGCAAATTTGCTCTCACTTTTCTTGCAGGCCCTCCTAGGTTAAACATGCAAGGGGAAAAGGACGAGACGGGGGAGGGGAAGGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013170
ATGATGTGTTTCAGCATTGCAATCAGCAAATTTGCTCTCACTTTTCTTGCAGGCCCTCCTAGGTTAAACATGCAAGGGGAAAAGGACGAGACGGGGGAGGGGAAGGAGATCGTCGTGGGCCCGTGGGGAGGAAATGGAGGGAGTAACTGGGATGACGGGAGCTTCAAAGGAGTGAGGGAGATCAAGCTCATGTACGGCCGTTGCATCGATTCAATACGCATGGTGTACGACAGGAACGGAAGGCCAGTTCCCGCTGAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797203.1
MMCFSIAISKFALTFLAGPPRLNMQGEKDETGEGKEIVVGPWGGNGGSNWDDGSFKGVREIKLMYGRCIDSIRMVYDRNGRPVPAEKRGGGGGSKTAEVKLQFPEEYLTGVSGHYAPVVHGGSPVIRSLTLRSNRRTFGPFGVEEGTPFSLSMEGGQIVGFKGKCGWYVDAIGFHIAKVKPTNKGVQKAQPSFFKRLTSSVTFADQTRAKPSA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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