当前解析结果
SmilChr02G004419| 统一新 Gene ID | SmilChr02G004419 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G004419 |
| 描述 | jacalin-related lectin 19-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 66519711 - 66520752 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131013170 |
|---|---|
| GeneID | 131013170 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131013170 |
| 原始查询 | LOC131013170 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | jacalin-related lectin 19-like |
| 产物 | jacalin-related lectin 19-like |
| Arabidopsis | AT1G73040 (AT1G73040)Mannose-binding lectin superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843635] identity=59.5; qcov=0.742; evalue=2.84e-71; confidence=high |
| Rice | Os01g0775500- identity=50.3; qcov=0.765; evalue=3.7e-47; confidence=medium |
| GO | GO:0030246 (carbohydrate binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01419 (Jacalin) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131013170 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057797203.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057797203.1 |
| 3 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057797203.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057797203.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057797203.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:66520031 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B136,B56,B96,C20 |
Chr2:66520061 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C14,C37 |
Chr2:66520086 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B131,B40,C14,D11 |
Chr2:66520336 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B13,B69,C36 |
Chr2:66520356 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B109,B34 |
Chr2:66520410 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A18,B136,B56,B96,C20 |
Chr2:66520566 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B56,B96,C20 |
Chr2:66520575 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B56,B96,C20 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057797203.1PF01419
Jacalin 39-175 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057797203.1 |
Pfam | PF01419 |
Jacalin | Repeat | 39 | 175 | 5.9e-43 | 147.2 | Jacalin-like lectin domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。