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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004429`

染色体: Chr02 坐标: 66640131-66645275 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004429`
名称	SmilChr02G004429
描述	protein PAF1 homolog
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	66640131 - 66645275 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013179`
GeneID	`131013179`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013179`
原始查询	`LOC131013179`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein PAF1 homolog
产物	protein PAF1 homolog
Arabidopsis	`AT1G79730` (ELF7) hydroxyproline-rich glycoprotein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844312] identity=54; qcov=0.853; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os08g0157100` - identity=58.4; qcov=0.575; evalue=2.32e-155; confidence=medium
GO	GO:0000993 (RNA polymerase II complex binding); GO:0003682 (chromatin binding); GO:0006368 (transcription elongation by RNA polymerase II); GO:0016570 (GO:0016570); GO:0016593 (Cdc73/Paf1 complex)
KEGG	-
Pfam	PF03985 (Paf1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013179

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057797214.1`
2	Nucleoplasm	核质	1.00000	`XP_057797214.1`
3	Nuclear speckle	核斑点	0.40000	`XP_057797214.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057797214.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057797214.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:66640822`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B65
`Chr2:66640832`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B40,D11
`Chr2:66641045`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B32
`Chr2:66641046`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C85
`Chr2:66641100`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A20
`Chr2:66641255`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A21,B53,B71,C45
`Chr2:66641592`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C13
`Chr2:66641613`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C37
`Chr2:66642142`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A21,B53,B71,C45
`Chr2:66642584`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B65
`Chr2:66643059`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B84
`Chr2:66643880`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797214.1

694 aa

347

694

Paf1

PF03985 Paf1 297-618 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057797214.1`	Pfam	`PF03985`	Paf1	Family	297	618	4.8e-48	164.9	Paf1

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XR_009097588.1
TTGACTACCCAATTATAGAACGTAACCCATCCTACACAAATATTCAATTCATAGTTTTTTAGGAAATTGTCAAATAATTTTCTTCAAAATTTCCTCTAGAACTTTTTTGCCCATAATTAATTGACAAGAGAAAAGGAAAATAGAGATTGCATCATCACACACATATATTTTCTATATATAAAAACCTGAGCGCCTGCCACAGATTTTACTGTTCCTTGTTGTTCAGCCTACACAAAGAACACACAGTGATGCATGGTTTT...

XM_057941231.1
TATAGAACGTAACCCATCCTACACAAATATTCAATTCATAGTTTTTTAGGAAATTGTCAAATAATTTTCTTCAAAATTTCCTCTAGAACTTTTTTGCCCATAATTAATTGACAAGAGAAAAGGAAAATAGAGATTGCATCATCACACACATATATTTTCTATATATAAAAACCTGAGCGCCTGCCACAGATTTTACTGTTCCTTGTTGTTCAGCCTACACAAAGAACACACAGTGATGCATGGTTTTTCTCAGAATTTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131013179
ATGGCGTCGTATAGGCCGTTCCATCCACCGCCGCAGTCAACGTTTGCTCCGCCACCACCGCCTCCACCGCCGTCGAATCAGAACCCGCTGCAGCCTCCAGCAGCTGCGGCGCCGCCTCCGCCGCCGCCACCGCGAGGCGGCAGTCAGTATTCGCAGAATTGGGGTCCTTACAGCGGCGGCGATGGCTCAAATTACAATTACCAGCTTCCAGGTTATGGATCATCGTCATCACAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057797214.1
MASYRPFHPPPQSTFAPPPPPPPPSNQNPLQPPAAAAPPPPPPPRGGSQYSQNWGPYSGGDGSNYNYQLPGYGSSSSQQQQQQQQQHFNPPARSQLPPAHQQQPFQFPPPPPPPESSSYPPPPPPLQSASASAMYYPSSQYSQFNQPPSMQPPPPPPPPSSPPPPPPPLQPLSPPPLPSSLPLSAGVSRESRQPNPAASSRKEQKPPLSNKRPGGRVETEEERRLRKKREFEKQKQEEKLKQHLRESQNKVLQKTQMLAS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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