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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004428

染色体: Chr02 坐标: 66636450-66640662 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004428
名称SmilChr02G004428
描述uncharacterized SmilChr02G004428
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向66636450 - 66640662 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013180
GeneID131013180
locus_tag-
NCBI NameLOC131013180
原始查询LOC131013180

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Rhodanese/Cell cycle control phosphatase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825147]; symbol=AT3G59780; hit=AT3G59780; species=arabidopsis; confidence=high
产物Rhodanese/Cell cycle control phosphatase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825147]; symbol=AT3G59780; hit=AT3G59780; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G59780 (AT3G59780)
Rhodanese/Cell cycle control phosphatase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825147]
identity=56.8; qcov=0.736; evalue=4.22e-177; confidence=high
RiceOs01g0896500 (OsStr10)
-
identity=50.7; qcov=0.696; evalue=1.78e-148; confidence=high
GOGO:0009704 (de-etiolation); GO:0071277 (cellular response to calcium ion); GO:0090333 (regulation of stomatal closure)
KEGG-
PfamPF00581 (Rhodanese)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013180

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057797215.1
2 Chloroplast thylakoid 类囊体 1.00000 XP_057797215.1
3 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 1.00000 XP_057797216.1
4 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.80000 XP_057797215.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797215.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:66637195 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr2:66637392 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B53,B71,C45
Chr2:66637749 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B115,C45,C83
Chr2:66638133 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr2:66638586 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B53,B71,C45
Chr2:66638766 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B53,B71,C45
Chr2:66639437 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B131,B95,C14
Chr2:66640086 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,C2,C32,C68
Chr2:66640190 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 2 A23,B35
Chr2:66640190 A AG 1bp_insertion CDS_variant 2 A23,B35
Chr2:66640222 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 36 A15,A20,A4,B11,B127,B130,B132,B137,B138,B14,B20,B32,B34,B42,B43,B54,B62,B67,B85,B87,C10,C12,C26,C30,C36,C44,C5,C64,C66,C72,C76,C77,C81,D11,D6,D8
Chr2:66640227 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797215.1
691 aa
N
1
346
691
Rhodanese
C
PF00581 Rhodanese 347-467 aa
XP_057797216.1
629 aa
N
1
314
629
Rhodanese
C
PF00581 Rhodanese 347-467 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797215.1 Pfam PF00581 Rhodanese Domain 347 467 2.6e-05 25.3 Rhodanese-like domain
XP_057797216.1 Pfam PF00581 Rhodanese Domain 347 467 2.1e-05 25.6 Rhodanese-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941232.1
CCAAAATCTGTCCCCACAATAGAGAAACGAGTGGCCAAGCAGATGAAGCAAACACTTTCAGACAATCCACACAATTTTCCCACCTCTCATGTTTGATTACACGTCAATTCACTGGATAATTCTTTAAAATCAAACATATTTAGAGACAAAAATAAAATCCCATCTCAGAAAACGGTTGAATTCGCTACATAAACAGTGTTGTCGTCTCATTTTCTGTCAGAACCTATTTCAAGAATTTTGATTTGGCGCCGTAACTGTTG...
XM_057941233.1
CCAAAATCTGTCCCCACAATAGAGAAACGAGTGGCCAAGCAGATGAAGCAAACACTTTCAGACAATCCACACAATTTTCCCACCTCTCATGTTTGATTACACGTCAATTCACTGGATAATTCTTTAAAATCAAACATATTTAGAGACAAAAATAAAATCCCATCTCAGAAAACGGTTGAATTCGCTACATAAACAGTGTTGTCGTCTCATTTTCTGTCAGAACCTATTTCAAGAATTTTGATTTGGCGCCGTAACTGTTG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131013180
ATGTTGCCTGTTTCTTCAGCTAGTACCAGCTGCTCCTGCCATGGACAGATTCCTGTCTATGGAGGTTTGAAATCTTTTCCGTCACACCCTAAGGCATTTGATTGCAGCCATGCGAATAAATCAGTTAAGAAACTTTCGAATTTCTCTAGGCGAAGAGGCGCTATGTGTATTTACTCAGATTATGTTGTGAAAGATGAACAATGTAGCTCCATACACACTATTAATCAATCATTGTATCAGAGTGGATGCACCACTCAATT...
LOC131013180
ATGTTGCCTGTTTCTTCAGCTAGTACCAGCTGCTCCTGCCATGGACAGATTCCTGTCTATGGAGGTTTGAAATCTTTTCCGTCACACCCTAAGGCATTTGATTGCAGCCATGCGAATAAATCAGTTAAGAAACTTTCGAATTTCTCTAGGCGAAGAGGCGCTATGTGTATTTACTCAGATTATGTTGTGAAAGATGAACAATGTAGCTCCATACACACTATTAATCAATCATTGTATCAGAGTGGATGCACCACTCAATT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057797215.1
MLPVSSASTSCSCHGQIPVYGGLKSFPSHPKAFDCSHANKSVKKLSNFSRRRGAMCIYSDYVVKDEQCSSIHTINQSLYQSGCTTQFGVSDEMSGLGPNLVFVDNSSESQLTDFINKAVDSTDLQPSYVNPDLPISVSGVTIDPAVASDSLLVDVNPLSVQNTQLSDIVEGGEDVLNNSIETITSSLNAVLTSASEAVDGVINDINTFLAQTGESAGNKLSGVSSGLKEGSGAAASAALDVLRRTVVVVEDLLTKNVGYA...
XP_057797216.1
MLPVSSASTSCSCHGQIPVYGGLKSFPSHPKAFDCSHANKSVKKLSNFSRRRGAMCIYSDYVVKDEQCSSIHTINQSLYQSGCTTQFGVSDEMSGLGPNLVFVDNSSESQLTDFINKAVDSTDLQPSYVNPDLPISVSGVTIDPAVASDSLLVDVNPLSVQNTQLSDIVEGGEDVLNNSIETITSSLNAVLTSASEAVDGVINDINTFLAQTGESAGNKLSGVSSGLKEGSGAAASAALDVLRRTVVVVEDLLTKNVGYA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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