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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004439

染色体: Chr02 坐标: 66765171-66767613 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004439
名称SmilChr02G004439
描述probable inactive nicotinamidase At3g16190
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向66765171 - 66767613 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013190
GeneID131013190
locus_tag-
NCBI NameLOC131013190
原始查询LOC131013190

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable inactive nicotinamidase At3g16190
产物probable inactive nicotinamidase At3g16190
ArabidopsisAT3G16190 (AT3G16190)
Isochorismatase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820865]
identity=62.7; qcov=0.99; evalue=1.12e-86; confidence=high
RiceOs02g0276400
-
identity=60.9; qcov=0.969; evalue=1.28e-77; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00857 (Isochorismatase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013190

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057797236.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057797236.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057797236.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797236.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797236.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:66765244 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 67 A11,A13,A19,A2,A22,A3,A5,A9,B10,B101,B102,B105,B110,B111,B113,B117,B118,B120,B122,B131,B133,B134,B135,B15,B16,B18,B21,B22,B23,B25,B27,B31,B37,B49,B5,B52,B57,B68,B76,B8,B88,B89,B9,B91,B93,C1,C18,C25,C35,C4,C41,C42,C44,C48,C49,C50,C51,C55,C58,C61,C64,C72,C79,C82,C84,D2,D7
Chr2:66765403 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr2:66765407 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B139
Chr2:66766894 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B112,B26
Chr2:66766957 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B53,B71,C45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797236.1
195 aa
N
1
98
195
Isochorismatase
C
PF00857 Isochorismatase 8-186 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797236.1 Pfam PF00857 Isochorismatase Domain 8 186 5.9e-38 131.4 Isochorismatase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941253.1
GCGTAGTGCTGATTATCTATAAAAGGAACTCCTACGGACGTTGTTTGTAATACTAGAATTGAAGAAATGGAGTTAAAGTGGAAGCACACTGCACTTATTGTCATGGATATGCAGAGAGGTTTGATCTTGCCTTACAGTCGGGCTTCTGTAAAAGGTGGTGAAGCTATTGTGCCGAATGTTATCAAGGCCGTCCAAGTAGCTCGGAGCCGTCAAATTCCTATTATTTGGGTTGTTCGTGAGCACGATTCTCTGGGAAGAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013190
ATGGAGTTAAAGTGGAAGCACACTGCACTTATTGTCATGGATATGCAGAGAGGTTTGATCTTGCCTTACAGTCGGGCTTCTGTAAAAGGTGGTGAAGCTATTGTGCCGAATGTTATCAAGGCCGTCCAAGTAGCTCGGAGCCGTCAAATTCCTATTATTTGGGTTGTTCGTGAGCACGATTCTCTGGGAAGAGACGTGGAATTATTCCGCAGGCATTTGTATGCCGCGGATGAAACAAAACTTGTTGTGAAGGGTAGCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797236.1
MELKWKHTALIVMDMQRGLILPYSRASVKGGEAIVPNVIKAVQVARSRQIPIIWVVREHDSLGRDVELFRRHLYAADETKLVVKGSAGAELIEGLEIKPHDYKLVKTRFSAFLNTHLHSYLHGAGINSLVVIGVQTPNCIRQTVFDAVSLDYHEVTVIVDATAAATSEIHNANVFDMKNIGVATPTLEEWCHSDN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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