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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000019

染色体: Chr02 坐标: 148845-149771 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000019
名称SmilChr02G000019
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向148845 - 149771 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013209
GeneID131013209
locus_tag-
NCBI NameLOC131013209
原始查询LOC131013209

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700, mitochondrial
产物putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700%2C mitochondrial
ArabidopsisAT1G12700 (RPF1)
RNA processing FACTOR [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837825]
identity=32.1; qcov=1.09; evalue=1.54e-53; confidence=low
RiceOs10g0495200 (Rf4)
-
identity=27.2; qcov=1.09; evalue=2.57e-37; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013209

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.60000 XP_057797254.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057797254.1
3 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057797254.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797254.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797254.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:148871 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr2:148878 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B126,B29,D11
Chr2:148927 ACC A 2bp_deletion frameshift_variant 1 B22
Chr2:148927 ACC A 2bp_deletion CDS_variant 1 B22
Chr2:148931 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B126,D11
Chr2:148992 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:149153 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr2:149240 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A15
Chr2:149244 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 7 B23,B53,B65,B71,C32,C6,D3
Chr2:149384 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C24,C27
Chr2:149447 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B8,D11
Chr2:149467 AGT A 2bp_deletion frameshift_variant 7 A22,B17,B38,B39,B65,B70,C59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797254.1
308 aa
N
1
154
308
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR_1
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
C
PF13041 PPR_2 8-56 aa PF01535 PPR 13-39 aa PF23276 TPR_24 130-239 aa PF12854 PPR_1 141-170 aa PF01535 PPR 147-175 aa PF13812 PPR_3 169-224 aa PF12854 PPR_1 173-206 aa PF13041 PPR_2 178-225 aa PF01535 PPR 181-208 aa PF13812 PPR_3 201-242 aa PF12854 PPR_1 210-241 aa PF01535 PPR 215-242 aa PF13812 PPR_3 253-307 aa PF13041 PPR_2 264-308 aa PF01535 PPR 268-297 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797254.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 8 56 1.1e-47 160.6 PPR repeat family
XP_057797254.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 13 39 1.4e-34 116.6 PPR repeat
XP_057797254.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 130 239 1.5e-15 58.0 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057797254.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 141 170 6.2e-40 135.3 PPR repeat
XP_057797254.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 147 175 1.4e-34 116.6 PPR repeat
XP_057797254.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 169 224 6.9e-23 81.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057797254.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 173 206 6.2e-40 135.3 PPR repeat
XP_057797254.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 178 225 1.1e-47 160.6 PPR repeat family
XP_057797254.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 181 208 1.4e-34 116.6 PPR repeat
XP_057797254.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 201 242 6.9e-23 81.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057797254.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 210 241 6.2e-40 135.3 PPR repeat
XP_057797254.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 215 242 1.4e-34 116.6 PPR repeat
XP_057797254.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 253 307 6.9e-23 81.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057797254.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 264 308 1.1e-47 160.6 PPR repeat family
XP_057797254.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 268 297 1.4e-34 116.6 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941271.1
ATGGTGAAAACGCGGCCACGCCCTTCTGCTATTGAGTTCAATAACATATTGACTGCTGCGGTGAAGATGGAACAATACTCTGTTGCCCTTCATATGTTCGACGAAATGCTTCGAAGGGATGCTCCAACAGATCACTGCACCTTTAATATTGCGATTAATTGCTTTTGCCTTATGAAAAGAGCTGATTTTGGGTTTGCAGTACTAGGAAGCATTTTCAAGCGTGGATACGAGCCTGCTGTGTTAACATTCAGAGCCCTCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013209
ATGGTGAAAACGCGGCCACGCCCTTCTGCTATTGAGTTCAATAACATATTGACTGCTGCGGTGAAGATGGAACAATACTCTGTTGCCCTTCATATGTTCGACGAAATGCTTCGAAGGGATGCTCCAACAGATCACTGCACCTTTAATATTGCGATTAATTGCTTTTGCCTTATGAAAAGAGCTGATTTTGGGTTTGCAGTACTAGGAAGCATTTTCAAGCGTGGATACGAGCCTGCTGTGTTAACATTCAGAGCCCTCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797254.1
MVKTRPRPSAIEFNNILTAAVKMEQYSVALHMFDEMLRRDAPTDHCTFNIAINCFCLMKRADFGFAVLGSIFKRGYEPAVLTFRALIHGLLLVGKSLDAAKLLKRLLTEEWFKPDANTCLKMITMFATPDMLSLLEKGRRKPHVYPYNPVIHCLCNDGMVDEALQLISVMDGKGILLDAMIYNSIIQGLCNFRRWDEVEEMLKKMVASKIHPDVYTFNILLDALCEEGMVDATENIFKMMRKGEMVEAQGLGILQLVVKS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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