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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000021

染色体: Chr02 坐标: 162502-166593 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000021
名称SmilChr02G000021
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向162502 - 166593 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013211
GeneID131013211
locus_tag-
NCBI NameLOC131013211
原始查询LOC131013211

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
产物probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
ArabidopsisAT4G20140 (GSO1)
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827760]
identity=33.5; qcov=1.08; evalue=0; confidence=low
RiceOs02g0216000 (B1307A11.13)
-
identity=38.3; qcov=1.03; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0033612 (receptor serine/threonine kinase binding)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013211

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057797256.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797256.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797256.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797256.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057797256.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:162880 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B59
Chr2:162880 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 B59
Chr2:162909 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C24,C27
Chr2:162912 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B34,B81
Chr2:162952 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B117,B119,C85
Chr2:162954 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C24,C27
Chr2:163041 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C47
Chr2:163041 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 C47
Chr2:163044 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B11,B117,C51,C84,C85
Chr2:163088 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B140
Chr2:163088 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr2:163446 GGC G 2bp_deletion frameshift_variant 1 C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797256.1
1139 aa
N
1
570
1139
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 33-73 aa PF00560 LRR_1 150-172 aa PF00560 LRR_1 174-196 aa PF13855 LRR_8 198-258 aa PF00560 LRR_1 247-269 aa PF00560 LRR_1 271-293 aa PF00560 LRR_1 349-371 aa PF13855 LRR_8 349-408 aa PF00560 LRR_1 373-394 aa PF00560 LRR_1 423-444 aa PF13855 LRR_8 423-481 aa PF00560 LRR_1 446-468 aa PF00560 LRR_1 498-520 aa PF00560 LRR_1 572-593 aa PF00560 LRR_1 644-665 aa PF00560 LRR_1 670-689 aa PF00560 LRR_1 691-713 aa PF13855 LRR_8 691-750 aa PF00560 LRR_1 715-736 aa PF00069 Pkinase 858-1127 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 861-1129 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797256.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 33 73 1.1e-09 39.2 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057797256.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 150 172 1.5e-55 173.8 Leucine Rich Repeat
XP_057797256.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 174 196 1.5e-55 173.8 Leucine Rich Repeat
XP_057797256.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 198 258 1.9e-50 169.2 Leucine rich repeat
XP_057797256.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 247 269 1.5e-55 173.8 Leucine Rich Repeat
XP_057797256.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 271 293 1.5e-55 173.8 Leucine Rich Repeat
XP_057797256.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 349 371 1.5e-55 173.8 Leucine Rich Repeat
XP_057797256.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 349 408 1.9e-50 169.2 Leucine rich repeat
XP_057797256.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 373 394 1.5e-55 173.8 Leucine Rich Repeat
XP_057797256.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 423 444 1.5e-55 173.8 Leucine Rich Repeat
XP_057797256.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 423 481 1.9e-50 169.2 Leucine rich repeat
XP_057797256.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 446 468 1.5e-55 173.8 Leucine Rich Repeat
XP_057797256.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 498 520 1.5e-55 173.8 Leucine Rich Repeat
XP_057797256.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 572 593 1.5e-55 173.8 Leucine Rich Repeat
XP_057797256.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 644 665 1.5e-55 173.8 Leucine Rich Repeat
XP_057797256.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 670 689 1.5e-55 173.8 Leucine Rich Repeat
XP_057797256.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 691 713 1.5e-55 173.8 Leucine Rich Repeat
XP_057797256.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 691 750 1.9e-50 169.2 Leucine rich repeat
XP_057797256.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 715 736 1.5e-55 173.8 Leucine Rich Repeat
XP_057797256.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 858 1127 5.2e-39 134.9 Protein kinase domain
XP_057797256.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 861 1129 9.3e-39 134.0 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941273.1
ATGGAGATAAAGTTTCATTGCATTTTTGCATATGCATTCCTAATTACCATATCCTTCCAAATGCTTTCTTCTGAAGCCAAACAACCTATGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACAACACATCACCTCCGACCCTTCTCTTTTACTTGCTACTAATTGGACCAACTCGACCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTACGCCACTACAGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCTCACAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013211
ATGGAGATAAAGTTTCATTGCATTTTTGCATATGCATTCCTAATTACCATATCCTTCCAAATGCTTTCTTCTGAAGCCAAACAACCTATGAGCCTTGCAACTGATCAAACTGCCCTTCTTTCACTCAAACAACACATCACCTCCGACCCTTCTCTTTTACTTGCTACTAATTGGACCAACTCGACCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGCGTCACTTGCAGCTTACGCCACTACAGAGTAGCTGCCTTGAATCTCTCTCACAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797256.1
MEIKFHCIFAYAFLITISFQMLSSEAKQPMSLATDQTALLSLKQHITSDPSLLLATNWTNSTSVCSWIGVTCSLRHYRVAALNLSHMALSGTIPPQLGHLSFLIYLNLKSNLFHGDLPQELSLLRRLKFISLELNNFTGDIPPMFGQLPKLEHLNLRNNGFVGSIPKSLSNLTNLQFLDLDSNSLSGEIPKELGRLQSLQILSVEYNHLSGAIPSAIFNTSTLVTIALTGNELSGSLPTDICSNLPSLTRIHLSYNQLSG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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