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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001636

染色体: Chr02 坐标: 30358252-30362714 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001636
名称SmilChr02G001636
描述general transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向30358252 - 30362714 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013283
GeneID131013283
locus_tag-
NCBI NameLOC131013283
原始查询LOC131013283

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述general transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4-like
产物general transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4-like
ArabidopsisAT1G18340 (AT1G18340)
basal transcription factor complex subunit-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838415]
identity=65; qcov=1.06; evalue=3.47e-125; confidence=high
RiceOs02g0125800
-
identity=61.1; qcov=1.05; evalue=6.31e-101; confidence=high
GOGO:0000439 (transcription factor TFIIH core complex); GO:0005675 (transcription factor TFIIH holo complex); GO:0006289 (nucleotide-excision repair); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGGsmil03022 (Basal transcription factors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03420 (Nucleotide excision repair - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF03850 (Tfb4)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013283

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057797331.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057797331.1
3 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057797333.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057797333.1
5 Vesicle 囊泡 0.20000 XP_057797331.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:30359399 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B6
Chr2:30361209 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,B137,B33,B79,C36
Chr2:30361222 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,B68,B98,C12
Chr2:30361543 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A1,A16,C49
Chr2:30361577 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C67
Chr2:30362398 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B129,B91
Chr2:30362421 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B129,B91

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797331.1
298 aa
N
1
149
298
Tfb4
C
PF03850 Tfb4 18-273 aa
XP_057797332.1
293 aa
N
1
146
293
Tfb4
C
PF03850 Tfb4 13-268 aa
XP_057797333.1
291 aa
N
1
146
291
Tfb4
C
PF03850 Tfb4 18-266 aa
XP_057797334.1
286 aa
N
1
143
286
Tfb4
C
PF03850 Tfb4 13-261 aa
XP_057797336.1
285 aa
N
1
142
285
Tfb4
C
PF03850 Tfb4 18-260 aa
XP_057797337.1
280 aa
N
1
140
280
Tfb4
C
PF03850 Tfb4 13-255 aa
XP_057797338.1
277 aa
N
1
138
277
Tfb4
C
PF03850 Tfb4 2-252 aa
XP_057797339.1
264 aa
N
1
132
264
Tfb4
C
PF03850 Tfb4 2-239 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797331.1 Pfam PF03850 Tfb4 Domain 18 273 8e-91 305.1 Transcription factor Tfb4
XP_057797332.1 Pfam PF03850 Tfb4 Domain 13 268 7.5e-91 305.2 Transcription factor Tfb4
XP_057797333.1 Pfam PF03850 Tfb4 Domain 18 266 7.1e-77 259.4 Transcription factor Tfb4
XP_057797334.1 Pfam PF03850 Tfb4 Domain 13 261 7e-77 259.4 Transcription factor Tfb4
XP_057797336.1 Pfam PF03850 Tfb4 Domain 18 260 1.8e-79 267.9 Transcription factor Tfb4
XP_057797337.1 Pfam PF03850 Tfb4 Domain 13 255 1.7e-79 268.0 Transcription factor Tfb4
XP_057797338.1 Pfam PF03850 Tfb4 Domain 2 252 4.2e-89 299.5 Transcription factor Tfb4
XP_057797339.1 Pfam PF03850 Tfb4 Domain 2 239 7e-78 262.7 Transcription factor Tfb4

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941349.1
AACTAATTTATCAAACACAACCTTAGATTATTCATCCACATTTATCTGCAGTGGGCTCTCTCAAACTAATTTATCAAACACAACCCTAGATTATTAAAAATTAACGAGCCTTAACTAGTTTTCGCAATCAAATGGACTCGTGCATGTAGAAAGTAGATTATATATTTTAATTTTGATTTTGATTATTAATTTTGCCGAATTGCCGCCGTCCGTGTCTGGTCTACCCGTCGCTCATTGTCAACAGCCACCGGTCGCCGCCG...
XM_057941350.1
AACACAACCTTAGATTATTCATCCACATTTATCTGCAGTGGGCTCTCTCAAACTAATTTATCAAACACAACCCTAGATTATTAAAAATTAACGAGCCTTAACTAGTTTTCGCAATCAAATGGACTCGTGCATGTAGAAAGTAGATTATATATTTTAATTTTGATTTTGATTATTAATTTTGCCGAATTGCCGCCGTCCGTGTCTGGTCTACCCGTCGCTCATTGTCAACAGCCACCGGTCGCCGCCGCGTCGTTTCAGTA...

CDS

8 records

下载 CDS FASTA
LOC131013283
ATGACCCCTGTCTCATCCAAGCTTTATGCAGGTCCTCTTTTCTTCTATGATGTGAGTCTGTTGATGGTACTAATTGACACGAATCCATTCTTTTGGAACTCGGCTCAATCCACGCTTCCTTTCTCCAAGTTCTTGACCCATTTCCTCCACTTCTATGAAAAAATCAAGGCTCAATGCTTATTTGCAATATGTAAAGCTGGTAATGTGGGATTTTTCTTTACAGACCCACAGAGCCAAAATCAACGGGCAGAGGATTTGCT...
LOC131013283
ATGACCCCTGTCTCATCCAAGCTTTATGCAGGTCCTCTTTTCTTCTATGATGTGAGTCTGTTGATGGTACTAATTGACACGAATCCATTCTTTTGGAACTCGGCTCAATCCACGCTTCCTTTCTCCAAGTTCTTGACCCATGTACTTGCATTTTTGAATTCTATACTTTTGCTGAATCAGATGAACCAAGTGGTTGTCATTGCAGCTGGTTATAATTCGTGTGGCTACATATTTGATTCCTCAGACCCACAGAGCCAAAA...

Protein

8 records

下载 Protein FASTA
XP_057797331.1
MTPVSSKLYAGPLFFYDVSLLMVLIDTNPFFWNSAQSTLPFSKFLTHVLAFLNSILLLNQMNQVVVIAAGYNSCGYIFDSSDPQSQNQRAEDLLDKLEEFVDNDQELCREQSVDGPGFSLLSGSLSMALCYIQRVFRTVPLHPQPRILCLHGSPDGPGQYVAIMNSIFSAQRSMVPIDACVIGAQHSAFLQQASYITGGVYLKPQILDGLFQYLSTVFATDLHSRCFLQLPKPAGVDFRASCFCHKNTIDMGYICSVCLS...
XP_057797332.1
MTPVSSKLYADDVSLLMVLIDTNPFFWNSAQSTLPFSKFLTHVLAFLNSILLLNQMNQVVVIAAGYNSCGYIFDSSDPQSQNQRAEDLLDKLEEFVDNDQELCREQSVDGPGFSLLSGSLSMALCYIQRVFRTVPLHPQPRILCLHGSPDGPGQYVAIMNSIFSAQRSMVPIDACVIGAQHSAFLQQASYITGGVYLKPQILDGLFQYLSTVFATDLHSRCFLQLPKPAGVDFRASCFCHKNTIDMGYICSVCLSIFCKH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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