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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005907

染色体: Chr01 坐标: 74929291-74932311 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005907
名称SmilChr01G005907
描述receptor-like protein 7
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向74929291 - 74932311 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013289
GeneID131013289
locus_tag-
NCBI NameLOC131013289
原始查询LOC131013289

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 7
产物receptor-like protein 7
ArabidopsisAT1G47890 (RLP7)
receptor like protein 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841206]
identity=34.3; qcov=1.03; evalue=1.95e-136; confidence=low
RiceOs12g0211500
-
identity=37.9; qcov=0.949; evalue=1.79e-166; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013289

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057797344.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797344.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797344.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797344.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057797344.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:74929331 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,B124,C69,C9
Chr1:74929370 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,B19,B73,C51,C57
Chr1:74929429 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 13 A14,A18,B101,B17,B18,B28,B29,B34,B49,B58,B9,C11,C47
Chr1:74929451 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C25
Chr1:74929473 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B115,B62,C19
Chr1:74929502 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C84
Chr1:74929512 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B131,B67,C29,D6
Chr1:74929513 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B14,B67,B93
Chr1:74929543 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 2 B25,D9
Chr1:74929543 A AT 1bp_insertion CDS_variant 2 B25,D9
Chr1:74929560 CAA C 2bp_deletion frameshift_variant 17 A21,B103,B26,B4,B61,B62,B71,C10,C11,C28,C38,C45,C57,C69,C74,C78,C87
Chr1:74929563 G GCA 2bp_insertion frameshift_variant 17 A21,B103,B26,B4,B61,B62,B71,C10,C11,C28,C38,C45,C57,C69,C74,C78,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797344.1
1006 aa
N
1
503
1006
LRRNT_2
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 29-70 aa PF23598 LRR_14 202-459 aa PF00560 LRR_1 204-226 aa PF00560 LRR_1 252-274 aa PF00560 LRR_1 300-322 aa PF00560 LRR_1 374-393 aa PF00560 LRR_1 399-418 aa PF13855 LRR_8 402-459 aa PF00560 LRR_1 424-444 aa PF00560 LRR_1 525-543 aa PF00560 LRR_1 618-636 aa PF00560 LRR_1 639-658 aa PF00560 LRR_1 664-685 aa PF13855 LRR_8 801-853 aa PF00560 LRR_1 818-840 aa PF13855 LRR_8 818-877 aa PF00560 LRR_1 842-864 aa PF00560 LRR_1 867-883 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797344.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 29 70 1.9e-08 35.1 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057797344.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 202 459 1.5e-38 133.2 Leucine-rich repeat region
XP_057797344.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 204 226 7.8e-57 177.6 Leucine Rich Repeat
XP_057797344.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 252 274 7.8e-57 177.6 Leucine Rich Repeat
XP_057797344.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 300 322 7.8e-57 177.6 Leucine Rich Repeat
XP_057797344.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 374 393 7.8e-57 177.6 Leucine Rich Repeat
XP_057797344.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 399 418 7.8e-57 177.6 Leucine Rich Repeat
XP_057797344.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 402 459 1.4e-44 150.3 Leucine rich repeat
XP_057797344.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 424 444 7.8e-57 177.6 Leucine Rich Repeat
XP_057797344.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 525 543 7.8e-57 177.6 Leucine Rich Repeat
XP_057797344.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 618 636 7.8e-57 177.6 Leucine Rich Repeat
XP_057797344.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 639 658 7.8e-57 177.6 Leucine Rich Repeat
XP_057797344.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 664 685 7.8e-57 177.6 Leucine Rich Repeat
XP_057797344.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 801 853 1.4e-44 150.3 Leucine rich repeat
XP_057797344.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 818 840 7.8e-57 177.6 Leucine Rich Repeat
XP_057797344.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 818 877 1.4e-44 150.3 Leucine rich repeat
XP_057797344.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 842 864 7.8e-57 177.6 Leucine Rich Repeat
XP_057797344.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 867 883 7.8e-57 177.6 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941361.1
ATGCTTCCAAAGCTATTCTTCATCATTTCTACACTAATTTCCTCCTTCATTTTCACTACTCATTCTTATAATACCCAATGCCTTCACGATCAAAAAACCTTGTTGCTTCAGTTCAAGAACGACTTGACATTCGATTCTTCTCTTTCAACAAAATTGGTGCGATGGAATGAAAGTGATGAGTGCTGCAAGTGGCCCGGTGTGGAATGTGATGCTGCTGGCTACGTCGTTAGTTTGCAGCTCGATAATGAGTCCATTATTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013289
ATGCTTCCAAAGCTATTCTTCATCATTTCTACACTAATTTCCTCCTTCATTTTCACTACTCATTCTTATAATACCCAATGCCTTCACGATCAAAAAACCTTGTTGCTTCAGTTCAAGAACGACTTGACATTCGATTCTTCTCTTTCAACAAAATTGGTGCGATGGAATGAAAGTGATGAGTGCTGCAAGTGGCCCGGTGTGGAATGTGATGCTGCTGGCTACGTCGTTAGTTTGCAGCTCGATAATGAGTCCATTATTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797344.1
MLPKLFFIISTLISSFIFTTHSYNTQCLHDQKTLLLQFKNDLTFDSSLSTKLVRWNESDECCKWPGVECDAAGYVVSLQLDNESIISGGIKDSSSLFRLVHLQKLNLAHNFFNYTPIPKGIHNLTYLTHLNLSHAYFGGQVPAEISSLRRLVSLDISYFTTSVKLEMLVRNLTGLRELYLDYAYVTSSHERRKWSHIIASYLPNLTVLSLTDCGLSGPLAKSFGQLHSLSFLRLDWNDLGPELPDLFANFPSLTTLSLCF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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