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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001666

染色体: Chr02 坐标: 30931189-30935233 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001666
名称SmilChr02G001666
描述glycosyl hydrolase 5 family protein-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向30931189 - 30935233 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013308
GeneID131013308
locus_tag-
NCBI NameLOC131013308
原始查询LOC131013308

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glycosyl hydrolase 5 family protein-like
产物glycosyl hydrolase 5 family protein-like
ArabidopsisAT1G13130 (AT1G13130)
Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837870]
identity=42; qcov=0.972; evalue=4.38e-148; confidence=medium
RiceOs04g0481200
-
identity=42; qcov=0.977; evalue=1.06e-142; confidence=medium
GOGO:0004553 (hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds); GO:0071704 (GO:0071704)
KEGGsmil00500 (Starch and sucrose metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00150 (Cellulase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013308

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057797368.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797368.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797368.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797368.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057797368.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:30931326 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr2:30931557 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr2:30931613 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B50,B80,C3,C86
Chr2:30931682 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr2:30933810 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr2:30933995 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C22
Chr2:30934719 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,B137,B33,B79,C36

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797368.1
531 aa
N
1
266
531
Cellulase
C
PF00150 Cellulase 61-344 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797368.1 Pfam PF00150 Cellulase Domain 61 344 1.8e-21 77.5 Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941385.1
ACAAACATTTGAGGCTCAATTAATCACTAATAATAGTTGAACCATAACCCATGAAGAAAATCCTCGGACATTTGTTGCTTCTCTCCTTAGCAAATCTCTGCTTCTCACTTCCTCTCTCAACTAGGTCAAGATGGATCGTGGATGACCATAGCCGGGCACGGGTGAAGCTCGCGTGCACCAATTGGGCAGCCCACCTCGAGCCCATGTTGGCCGAAGGGCTTGATAAGAAGCCCGTCGACCACATTGCAACGCACGTGAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013308
ATGAAGAAAATCCTCGGACATTTGTTGCTTCTCTCCTTAGCAAATCTCTGCTTCTCACTTCCTCTCTCAACTAGGTCAAGATGGATCGTGGATGACCATAGCCGGGCACGGGTGAAGCTCGCGTGCACCAATTGGGCAGCCCACCTCGAGCCCATGTTGGCCGAAGGGCTTGATAAGAAGCCCGTCGACCACATTGCAACGCACGTGAAAGAAATGGGATACAATTGTGTGCGCCTCACTTGGGCCACCTACATGTTCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797368.1
MKKILGHLLLLSLANLCFSLPLSTRSRWIVDDHSRARVKLACTNWAAHLEPMLAEGLDKKPVDHIATHVKEMGYNCVRLTWATYMFTRYATTTVAQSFRSLELHEAADGIARNNPGFLNLTVVDAQRAVVEELVRKGLMVVLDNHVSQPMWCCGDHDGNGFFGDENFDANEWLHGLEIVAKRYKHTPMVVGMSMRNELRGTLQNSSVWYKYVQKGARTIHKANPNLLVIVSGLHYDLSFEFLKQKPLKKIFKNKLVFEFH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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