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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005917

染色体: Chr01 坐标: 75006217-75008694 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005917
名称SmilChr01G005917
描述receptor-like protein 7
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向75006217 - 75008694 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131013334
GeneID131013334
locus_tag-
NCBI NameLOC131013334
原始查询LOC131013334

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 7
产物receptor-like protein 7
ArabidopsisAT1G47890 (RLP7)
receptor like protein 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841206]
identity=35.3; qcov=1.09; evalue=3.05e-117; confidence=medium
RiceOs01g0163000
-
identity=35.7; qcov=1.12; evalue=1.7e-137; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13516 (LRR_6); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131013334

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057797392.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057797392.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057797392.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057797392.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057797392.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:75006223 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr1:75006334 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr1:75006341 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B108
Chr1:75006341 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B108
Chr1:75006351 TTA T 2bp_deletion frameshift_variant 5 A15,B125,B65,C11,C69
Chr1:75006351 TTA T 2bp_deletion CDS_variant 5 A15,B125,B65,C11,C69
Chr1:75006355 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B136,B26,C25,C45,C5
Chr1:75006357 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 5 A15,B125,B65,C11,C69
Chr1:75006357 TG T 1bp_deletion CDS_variant 5 A15,B125,B65,C11,C69
Chr1:75006377 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B108,C25,C39,C8
Chr1:75006391 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,C8
Chr1:75006431 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797392.1
825 aa
N
1
412
825
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_6
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 30-70 aa PF00560 LRR_1 100-123 aa PF00560 LRR_1 257-279 aa PF13855 LRR_8 281-341 aa PF00560 LRR_1 306-326 aa PF13516 LRR_6 406-419 aa PF00560 LRR_1 406-426 aa PF00560 LRR_1 476-496 aa PF00560 LRR_1 500-518 aa PF00560 LRR_1 522-540 aa PF00560 LRR_1 546-567 aa PF00560 LRR_1 686-704 aa PF13855 LRR_8 686-741 aa PF00560 LRR_1 707-728 aa PF00560 LRR_1 730-752 aa PF00560 LRR_1 755-771 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057797392.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 30 70 2.9e-07 31.3 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057797392.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 100 123 6.5e-50 157.0 Leucine Rich Repeat
XP_057797392.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 257 279 6.5e-50 157.0 Leucine Rich Repeat
XP_057797392.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 281 341 2.6e-42 143.1 Leucine rich repeat
XP_057797392.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 306 326 6.5e-50 157.0 Leucine Rich Repeat
XP_057797392.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 406 419 1.2e-05 25.7 Leucine Rich repeat
XP_057797392.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 406 426 6.5e-50 157.0 Leucine Rich Repeat
XP_057797392.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 476 496 6.5e-50 157.0 Leucine Rich Repeat
XP_057797392.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 500 518 6.5e-50 157.0 Leucine Rich Repeat
XP_057797392.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 522 540 6.5e-50 157.0 Leucine Rich Repeat
XP_057797392.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 546 567 6.5e-50 157.0 Leucine Rich Repeat
XP_057797392.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 686 704 6.5e-50 157.0 Leucine Rich Repeat
XP_057797392.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 686 741 2.6e-42 143.1 Leucine rich repeat
XP_057797392.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 707 728 6.5e-50 157.0 Leucine Rich Repeat
XP_057797392.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 730 752 6.5e-50 157.0 Leucine Rich Repeat
XP_057797392.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 755 771 6.5e-50 157.0 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057941409.1
ATGCTTCCAAAGTTGTTCTTCGTCATTTCTACACTAATTTCCTCCTTCATTTTCACTACTCATTCTTATAATACCCAATGTCTTCACCATCAGAAAATCTTGTTGCTTCAACTCAAGGATGAGTTGAGCTTCAATTATCCTGTTTCAACAAAATTGGTGCGATGGAATGAAACGGATGAGTGCTGCAAGTGGCCCGGTGTGGAATGTGATGTTGCTGGCTACGTCGTCAGTTTGCAGCTCGATAATGAGTTCATTTATGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131013334
ATGCTTCCAAAGTTGTTCTTCGTCATTTCTACACTAATTTCCTCCTTCATTTTCACTACTCATTCTTATAATACCCAATGTCTTCACCATCAGAAAATCTTGTTGCTTCAACTCAAGGATGAGTTGAGCTTCAATTATCCTGTTTCAACAAAATTGGTGCGATGGAATGAAACGGATGAGTGCTGCAAGTGGCCCGGTGTGGAATGTGATGTTGCTGGCTACGTCGTCAGTTTGCAGCTCGATAATGAGTTCATTTATGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057797392.1
MLPKLFFVISTLISSFIFTTHSYNTQCLHHQKILLLQLKDELSFNYPVSTKLVRWNETDECCKWPGVECDVAGYVVSLQLDNEFIYGGMTDSSSLFRLVHLQKLNLAYNYFDNTPIPKGIQNLTYLTHLNLSDAGFGGQVPAEISSLRRLVCLDISNGYLRPLSPELPNLEMLVQNLTGLRELYLDRVNVTSSHERRKWSHIISSYLPNLTALSMSLCGLSGPLAKSFWQLHSLSILQLDSNPLGTELPDLFANFPSLTT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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