当前解析结果
SmilChr02G001724| 统一新 Gene ID | SmilChr02G001724 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G001724 |
| 描述 | early nodulin-like protein 3 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 31753657 - 31754886 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131013349 |
|---|---|
| GeneID | 131013349 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131013349 |
| 原始查询 | LOC131013349 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | early nodulin-like protein 3 |
| 产物 | early nodulin-like protein 3 |
| Arabidopsis | AT5G53870 (ENODL1)early nodulin-like protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835468] identity=47.2; qcov=0.636; evalue=6.22e-47; confidence=medium |
| Rice | Os01g0748150 (OsENODL1)- identity=47.3; qcov=0.51; evalue=2.51e-38; confidence=medium |
| GO | GO:0005886 (plasma membrane); GO:0009055 (electron transfer activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02298 (Cu_bind_like) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131013349 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057797401.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057797401.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057797401.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057797401.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057797401.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:31753898 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr2:31753990 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C56,C65 |
Chr2:31753997 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C17,C61 |
Chr2:31754000 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D3 |
Chr2:31754368 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B37 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057797401.1PF02298
Cu_bind_like 35-118 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057797401.1 |
Pfam | PF02298 |
Cu_bind_like | Domain | 35 | 118 | 3.9e-21 | 75.5 | Plastocyanin-like domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。