Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001732`

染色体: Chr02 坐标: 31804658-31811253 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001732`
名称	SmilChr02G001732
描述	protein DETOXIFICATION 18-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	31804658 - 31811253 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013357`
GeneID	`131013357`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013357`
原始查询	`LOC131013357`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein DETOXIFICATION 18-like
产物	protein DETOXIFICATION 18-like
Arabidopsis	`AT3G23560` (ALF5) MATE efflux family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821935] identity=57.4; qcov=0.944; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os07g0108200` - identity=55.2; qcov=0.912; evalue=1.01e-165; confidence=high
GO	GO:0015297 (antiporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0042910 (xenobiotic transmembrane transporter activity); GO:1990961 (xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane)
KEGG	-
Pfam	PF01554 (MatE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013357

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.60000	`XP_057797403.1`
2	Vacuole	液泡	0.60000	`XP_057797403.1`
3	Vacuole membrane	液泡膜	0.60000	`XP_057797403.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057797403.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057797403.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:31804807`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B1,B104,B75,C60
`Chr2:31804809`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B41
`Chr2:31804809`	`G`	`GA`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B41
`Chr2:31804818`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B41
`Chr2:31804818`	`T`	`TA`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B41
`Chr2:31804837`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B1,B104,B75,C60
`Chr2:31805109`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr2:31805282`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr2:31805348`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B48
`Chr2:31805581`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B38
`Chr2:31805581`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B38
`Chr2:31805987`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797403.1

480 aa

240

480

MatE

PF01554 MatE 42-201 aa PF01554 MatE 263-424 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057797403.1`	Pfam	`PF01554`	MatE	Family	42	201	1.8e-57	194.3	MatE
`XP_057797403.1`	Pfam	`PF01554`	MatE	Family	263	424	1.8e-57	194.3	MatE

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057941420.1
GATATGAATTGAGATCAAAACATCCGTTCTTAAAAATTATTGATATGTTCATCAAAATGAAATGATTTATTCACAACTGTTTGGACAATTTTCAATTCTCAACACATTTAGCATTCTAAATTGAACCTTTCTCTCTCTATATATATAGTTATATTAGGTAGTGTTTGAAGTCGGGAAAAGGATCGTGAGAGGGTAGTTAGAGGCGATGGATTCAGCTTCAAGCAGCGGCAAGGAGGGAACACCGCTTCTGGAGAGGAAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131013357
ATGGATTCAGCTTCAAGCAGCGGCAAGGAGGGAACACCGCTTCTGGAGAGGAAGCCTTCGGATGGGCTGCTGAACAAGCTGATCGATGTGGCGGAAGCCAAGAATCAGGTGGTGTTCGCGCTGCCCATGATTCTCACCACCGCCACCTATTACTTCATCCCTCTCGTCTCCGTCATGTTCGTCGGCCACCTCGGCGAACTCCAACTCGCTGCCTCTAATCTCGCCAGTTCCTGGGCTTCTGTCACCGGTTACTCTTTCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057797403.1
MDSASSSGKEGTPLLERKPSDGLLNKLIDVAEAKNQVVFALPMILTTATYYFIPLVSVMFVGHLGELQLAASNLASSWASVTGYSFMVGLGGALETLCGQGYGAKMYRIMGVYLQTSCIVSLIFTVIVSVLWWYSDIILILLHQEPRIAYAAGAYLKCLIPGLFAYAFLQNMLRFLQTQSVVMPLVVCSTVSLALHIGIAYALVKWSPLGYRGAPAAASISLWISVFMLATYLLRSKKFEQTWDGFTSECLSHIWTHLKL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器