Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001739`

染色体: Chr02 坐标: 31954366-31956063 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001739`
名称	SmilChr02G001739
描述	wall-associated receptor kinase 2
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	31954366 - 31956063 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013362`
GeneID	`131013362`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013362`
原始查询	`LOC131013362`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	wall-associated receptor kinase 2
产物	wall-associated receptor kinase 2
Arabidopsis	`AT1G11915` (AT1G11915) wall-associated receptor kinase galacturonan-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837741] identity=61.6; qcov=1.03; evalue=7.17e-135; confidence=high
Rice	`Os06g0364500` - identity=52.4; qcov=1.03; evalue=1.05e-115; confidence=high
GO	GO:0030247 (polysaccharide binding)
KEGG	-
Pfam	PF13947 (GUB_WAK_bind)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013362

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057797410.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057797410.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057797410.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057797410.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057797410.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:31954585`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr2:31954683`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B13,B29,B97,C52
`Chr2:31955147`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B55,B56,B96
`Chr2:31955158`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B103,C1
`Chr2:31955331`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr2:31955442`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C80
`Chr2:31955676`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B97
`Chr2:31955758`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797410.1

320 aa

160

320

GUB_WAK_bind

PF13947 GUB_WAK_bind 26-86 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057797410.1`	Pfam	`PF13947`	GUB_WAK_bind	Domain	26	86	3.9e-11	43.9	Wall-associated receptor kinase galacturonan-binding

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057941427.1
AGGAAAAAAGGGCAAAATAAAAGAAGCTAAAGAAACAACAAATTAAAAGCAAAAGTTGCGAAAAGCAAAAAACCAACGAGTATATGAGATTCTTAACTTGATCTAATCGTCAAACACACTTAAAATCTGATGAAAACCAACATTGAACTAAAACTCGAAAACAATTAACTCCCTTTTCCTCGAAACACGAACACGATGGCTCCAACAAAGTTGATCTTGATCTCAATGCTGGTGACGCTAGCACACACCCAATCCAAACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131013362
ATGGCTCCAACAAAGTTGATCTTGATCTCAATGCTGGTGACGCTAGCACACACCCAATCCAAACGCACCCAATTATGCCGCAGCTCCTGCGGGCAGATCCCAATCAGTTACCCGTTCGGAGTGGACGACGGCTGCGGCAGCCCCTACTACCGCCGCATCCTCGTCTGCTCCGACTCGGGCGACCTCGAGTTCCGCACCCCCTCGGGGCGCTACCCGGTCCTCAACATCAGCTACTCCGACCCCCACCTCCTCATCACCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057797410.1
MAPTKLILISMLVTLAHTQSKRTQLCRSSCGQIPISYPFGVDDGCGSPYYRRILVCSDSGDLEFRTPSGRYPVLNISYSDPHLLITDPSMWSCRDGDGDAFRPTTAFSLDTSTHFRLSPQNDYLFFNCSHDDVIMEPKPVFCERFPDQCDSACDTASYLCRHLPHCGAALHAASCCSYYPKGSDSLRMMLNHCSTYTTVYWRNLGVTPAYNQVPEYGIRIDFDIPVTTRCLWCQDAAKGAGTCGFDVGTLDFTCLCDKGN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器