Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001354`

染色体: Chr02 坐标: 25302267-25304190 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001354`
名称	SmilChr02G001354
描述	uncharacterized SmilChr02G001354
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	25302267 - 25304190 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131013380`
GeneID	`131013380`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131013380`
原始查询	`LOC131013380`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	proline-rich spliceosome-associated (PSP) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828253]; symbol=AT4G21660; hit=AT4G21660; species=arabidopsis; confidence=high
产物	proline-rich spliceosome-associated (PSP) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828253]; symbol=AT4G21660; hit=AT4G21660; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT4G21660` (AT4G21660) proline-rich spliceosome-associated (PSP) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828253] identity=74.1; qcov=1.04; evalue=7.28e-77; confidence=high
Rice	`Os02g0827300` - identity=76.9; qcov=0.956; evalue=1.89e-74; confidence=high
GO	GO:0000398 (mRNA splicing, via spliceosome); GO:0005684 (U2-type spliceosomal complex); GO:0005686 (U2 snRNP); GO:0005689 (U12-type spliceosomal complex); GO:0071011 (precatalytic spliceosome); GO:0071013 (catalytic step 2 spliceosome)
KEGG	-
Pfam	PF04046 (PSP)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131013380

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057797429.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057797429.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.60000	`XP_057797429.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057797429.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057797429.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:25303115`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A24
`Chr2:25303172`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B1,B125
`Chr2:25303223`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A3,B120,C22,D5
`Chr2:25303354`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	D7
`Chr2:25303354`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr2:25303525`	`T`	`TGC`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B128
`Chr2:25303525`	`T`	`TGC`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B128
`Chr2:25303773`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B107

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057797429.1

181 aa

181

PSP

PF04046 PSP 2-47 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057797429.1`	Pfam	`PF04046`	PSP	Family	2	47	1.6e-22	79.7	PSP

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057941446.1
CAGTTGCCTGTTTTAACTTTTGTAGGTTCTTCATGATGCCTTCTTCAAACATCAGACTAAGCCGAAATTGACAAATCACGGTGATTTGTATTATGAGGGGAAGGAATTTGAGGTGAAACTGCGAGAAATGAAGCCAGTGACATTGTCACATGAGTTAAAAGAGGCTCTAGGCATGCCTGATGGTGCCCCCCCACCATGGCTCATCAATATGCAGAGATATGGTCCTCCACCTTCTTATCCTCATTTAAAAATCCCTGGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131013380
ATGAAGCCAGTGACATTGTCACATGAGTTAAAAGAGGCTCTAGGCATGCCTGATGGTGCCCCCCCACCATGGCTCATCAATATGCAGAGATATGGTCCTCCACCTTCTTATCCTCATTTAAAAATCCCTGGCCTTAATGCACCAATCCCCGCTGGAGCTAAATTTGGCTATGGGCATGGAGAATGGGGCAAACCACCTGTTGATGAATATGGACGTCCCCTCTATGGAGGTGTTTTCGGCTTTGTGCAACAAGAACAGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057797429.1
MKPVTLSHELKEALGMPDGAPPPWLINMQRYGPPPSYPHLKIPGLNAPIPAGAKFGYGHGEWGKPPVDEYGRPLYGGVFGFVQQEQPNYEKEPVDKTKHWGDLEEEEEEEEEEEEEEEEEELMAEEELEDGIQSVDSLSSTPTGVETPDVIDLRKQQRKEPDRPLYQVIIFLFSLHCYTLF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器